低酸素下遺伝子誘導における網羅的なクロマチン立体構造変化の解明

阐明缺氧条件下基因诱导过程中全面染色质构象的变化

• 批准号: 12J08634
• 负责人: 三村 維真理
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12J08634/
• 关键词: 低酸素; HIF1; クロマチン立体構造; KDM3A; Hypoxia; ヒストン; ヒストン修飾酵素

特別研究員三村維真理は、これまで低酸素刺激条件下におけるHIF1(hypoxia inducible factor 1)を介した転写制御メカニズムを明らかにすることを目的として実験を行ってきた。これまでにHUVEC(ヒト臍帯静脈血管内皮細胞:human umbilical vein endothelial cell)におけるHIF1の結合部位をCHIP(クロマチン免疫沈降)と高速シークエンサーを組み合わせて網羅的に解析した。さらにHIF1の下流遺伝子群の一つでヒストン脱メチル化酵素のKDM3A(lysine-specific demethylase 3A)がHIF1と協調してSLC2A3(solute carrier family 2A3)を制御することを明らかにした。今年度はさらに、HUVECに塩化コバルトを投与して低酸素と同様のHIF1が増加する条件を作り出した。すわなち、300μMの塩化コバルトを16時間培地中に投与すると、正常酸素分圧下でもHIF1のDegradationが阻害され、低酸素下と同様にHIF1が増加する。そこで、この塩化コバルト投与条件下で、HIF1とKDM3Aが低酸素下において同じ複合体にあることを共免沈の実験から明らかにした。また、HUVECにおいて低酸素下でHIF1とKDM3Aの双方に発現が制御されると考えられる下流遺伝子群の中で、SLC2A3だけでなく、BNIP3(BCL2/adenovirus E1B 19kDa interacting protein3)、PFKFB3（6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphospatase 3）、ENO2(enolase 2)についても、低酸素条件下でKDM3AがHIF1結合領域にリクルートされることをChIP-qPCRの実験から見出した。以上の結果より、HIF1とKDM3AはSLC2A3だけでなく、それ以外の共通の下流遺伝子群についてともに低酸素下でHIFの結合領域にリクルートされて発現を制御すると考えられた。

Special Researcher Mimura Mimari's HIF1(hypoxia inducible factor) 1)として実験を行ってきた。これまでにHUVEC(ヒトumbilical vein endothelial cells) Cell) HIF1 binding site CHIP (HIF1 immunoprecipitation) and high-speed HIF1 binding site analysis of the high-speed HIF1 group. KDM3A (lysine-specific demethylase 3A), HIF1, SLC2A3 (solute carrier family) 2A3) することを明らかにした. This year, HUVEC's HUVEC chemical products and HUVEC's low-acid HIF1 HIF1 have been added and the conditions have been improved.すわなち, 300μM の桩コバルトを16-hour peidichu and すると, normal acid concentration under pressure The degradation of HIF1 is a hindrance and the increase of HIF1 is the same under low acidity.そこで, この塩コバルト で, HIF1 and KDM3A are low acid under the conditions of administration The original complex is the same as the original one. It is the same as the complex one.また、HUVECにおいてlow acid contentでHIF1とKDM3Aのboth sides are now controlledされるとtestえられの中で, SLC2A3だけでなく, BNIP3(BCL2/adenovirus E1B 19kDa interacting protein3), PFKFB3 (6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphospatase 3), ENO2 (enolase 2) The binding area of KDM3A and HIF1 under low-acid conditions has been determined. The above results are shared by other than HIF1, KDM3A, SLC2A3, and Nako. Group についてともにlow acid level でHIFのcombination field にリクルートされて発appears をcontrol すると卡えられた.

项目成果

ChIP-seq revealed dynamic change of the chromatin conformation of GL UT3 in response to hypoxia via epigenetic modification.

ChIP-seq 通过表观遗传修饰揭示了 GL UT3 染色质构象响应缺氧的动态变化。

• 发表时间: 2012
• 作者: Mimura I;et al.
• 通讯作者: et al.

血管医学13巻4号

血管医学第 13 卷第 4 期

• 发表时间: 2012
• 作者: 三村維真理; 油谷浩幸; 児玉龍彦; 南学正臣;三村維真理
• 通讯作者: 三村維真理

Cross-enhancement of ANGPTL4 transcription by HIF1 alpha and PPAR beta/delta is the result of the conformational proximity of two response elements.

• DOI: 10.1186/gb-2014-15-4-r63
• 发表时间: 2014-04-10
• 期刊: Genome biology
• 影响因子: 12.3
• 作者: Inoue T;Kohro T;Tanaka T;Kanki Y;Li G;Poh HM;Mimura I;Kobayashi M;Taguchi A;Maejima T;Suehiro J;Sugiyama A;Kaneki K;Aruga H;Dong S;Stevens JF;Yamamoto S;Tsutsumi S;Fujita T;Ruan X;Aburatani H;Nangaku M;Ruan Y;Kodama T;Wada Y
• 通讯作者: Wada Y

慢性腎臓病の進展とエピゲノム~低酸素刺激によるクロマチン立体構造変化

慢性肾脏病的进展与缺氧刺激引起的表观基因组染色质构象变化

• 发表时间: 2014
• 作者: 平川陽亮;三村維真理;吉原利忠;神谷真子;浦野泰照;飛田成史;南学正臣;三村 維真理
• 通讯作者: 三村 維真理

Revolution of nephrology research by deep sequencing : ChIP-seq and RNA-seq.

深度测序肾病学研究的革命：ChIP-seq 和 RNA-seq。

• DOI: 10.1038/ki.2013.321
• 发表时间: 2014
• 期刊: Kidney International
• 影响因子: 19.6
• 作者: Mimura I;Kanki Y;Kodama T;Nangaku M.
• 通讯作者: Nangaku M.