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原口から脊索を生み出した進化過程のChIP-seq法を用いた解析

原口から脊索を生み出した進化過程のChIP-seq法を用いた解析
使用 ChIP-seq 方法分析从胚孔产生脊索的进化过程
批准号:
12J09531
负责人:
安岡 有理
金额:
$2.32万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2012
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2012-04-01 至 2015-03-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
1)サンゴ胚に薬剤処理を施し、Wnt/β-cateninシグナルを活性化したところ、brachyuryの発現が活性化され、外胚葉全体に発現が広がった。一方、Wnt/β-cateninシグナルを抑制したところ、brachyuryの発現が弱まるもしくは消失した。さらに、サンゴbrachyuryの上流約1 kbをクローニングし、Xenopus胚を用いてLuciferase reporter assayを行った結果、サンゴTcfによってレポーターの発現が制御されることが示された。2)Xenopus特異的な二つのbrachyuryパラログ遺伝子brachyury(主に尾芽に発現)およびbrachyury2(主に脊索に発現)のエンハンサー候補配列の活性について、トランスジェニックレポーター解析を行った。その結果、brachyury U1領域は脊索とともに体節でもエンハンサー活性を持つが、U2領域と組み合わせることで体節でのレポーター遺伝子の発現は弱まり、脊索での発現がより顕著になることが示された。一方、brachyury2のU1領域は体節でのエンハンサー活性が弱く、脊索でのエンハンサー活性が強かった。このU1領域の活性の違いが、二つの遺伝子機能の分化に寄与した可能性が高い。さらに、各brachyury機能阻害胚のRNA-seq解析を行った結果、Brachyury2特異的な標的遺伝子候補として、脊索細胞の液胞化や細胞形態に関わる遺伝子が多く見つかった。3)サンゴbrachyuryの機能阻害胚を用いたRNA-seq解析の結果同定された標的遺伝子候補のうち、brachyury機能阻害胚で発現の減少した遺伝子は原腸胚期で主に外胚葉で発現しており、逆に機能阻害胚で発現が増加した遺伝子は内胚葉で発現することが示された。これは、サンゴBrachyuryが原口において外胚葉と内胚葉の分化のバランスを制御していることを示唆している。4)Xenopus Brachyury2およびホヤBrachyuryの抗原を精製するため、FLAGタグを用いたところ、これまでのGST融合タンパク質よりも安定して大腸菌内で発現させられることがわかった。
英文摘要
1)サンゴ胚に薬剤処理を施し、Wnt/β-cateninシグナルを活性化したところ、brachyuryの発現が活性化され、外胚葉全体に発現が広がった。一方、Wnt/β-cateninシグナルを抑制したところ、brachyuryの発現が弱まるもしくは消失した。さらに、サンゴbrachyuryの上流約1 kbをクローニングし、Xenopus胚を用いてLuciferase reporter assayを行った結果、サンゴTcfによってレポーターの発現が制御されることが示された。2)Xenopus特異的な二つのbrachyuryパラログ遺伝子brachyury(主に尾芽に発現)およびbrachyury2(主に脊索に発現)のエンハンサー候補配列の活性について、トランスジェニックレポーター解析を行った。その結果、brachyury U1領域は脊索とともに体節でもエンハンサー活性を持つが、U2領域と組み合わせることで体節でのレポーター遺伝子の発現は弱まり、脊索での発現がより顕著になることが示された。一方、brachyury2のU1領域は体節でのエンハンサー活性が弱く、脊索でのエンハンサー活性が強かった。このU1領域の活性の違いが、二つの遺伝子機能の分化に寄与した可能性が高い。さらに、各brachyury機能阻害胚のRNA-seq解析を行った結果、Brachyury2特異的な標的遺伝子候補として、脊索細胞の液胞化や細胞形態に関わる遺伝子が多く見つかった。3)サンゴbrachyuryの機能阻害胚を用いたRNA-seq解析の結果同定された標的遺伝子候補のうち、brachyury機能阻害胚で発現の減少した遺伝子は原腸胚期で主に外胚葉で発現しており、逆に機能阻害胚で発現が増加した遺伝子は内胚葉で発現することが示された。これは、サンゴBrachyuryが原口において外胚葉と内胚葉の分化のバランスを制御していることを示唆している。4)Xenopus Brachyury2およびホヤBrachyuryの抗原を精製するため、FLAGタグを用いたところ、これまでのGST融合タンパク質よりも安定して大腸菌内で発現させられることがわかった。
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会议论文
Enhancer Chromatin Signatures during Gastrulation of Xenopus Embryos
非洲爪蟾胚胎原肠胚形成过程中的增强染色质特征
DOI: --
发表时间: 2013
期刊:
影响因子: --
作者: [本田裕樹, 桐ケ谷嘉章, 安岡有理, 鈴木穣, 高橋秀治, 浅島誠, 菅野純夫, 平良眞規, Yuuri Yasuoka]
通讯作者: Yuuri Yasuoka
Transcriptional basis of the head organizer in the amphibian gastrula: ChIP seq analysis of the head organizer transcription facotors, Otx2, Lim1 and Gsc
两栖类原肠胚头部组织者的转录基础:头部组织者转录因子 Otx2、Lim1 和 Gsc 的 ChIP seq 分析
DOI: --
发表时间: 2014
期刊:
影响因子: --
作者: [Yasuoka, Y., Suzuki, Y., Takahashi, S., Someya, H., Sudou, N., Haramoto, Y., Asashima, M., Sugano, S. and Taira, M.]
通讯作者: M.
DOI: --
发表时间: 2014
期刊:
影响因子: --
作者: [Yasuoka, Y., Koyanagi, R., Shinzato, C. and Satoh, N.]
通讯作者: N.
ChIP-Seq analysis of Transcription factor Siamois for mechani sms of head organizer formation, 転写因子SiamoisのChIP-Seq解析による頭部オーガナイザー形成機構の解明
对转录因子 Siamois 进行 ChIP-Seq 分析以了解头部组织者形成机制,通过转录因子 Siamois 的 ChIP-Seq 分析阐明头部组织者形成机制
DOI: --
发表时间: 2013
期刊:
影响因子: --
作者: [本田裕樹, 桐ケ谷嘉章, 安岡有理, 鈴木穣, 高橋秀治, 浅島誠, 菅野純夫, 平良眞規]
通讯作者: 平良眞規
共 10 条
    Functional background of mitochondrial genome evolution unraveled from the atp8 gene of Polypedates leucomystax
    転写因子Lhx1とLhx3に注目した脊椎動物原腸胚オーガナイザーの進化発生生物学的解析
    • 批准号:
      09J02408
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额:
      $1.34万
    • 财政年份:
      2009
    • 负责人:
      安岡 有理
    • 依托单位: