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Elucidation of modularity in transcriptional regulatory networks

Elucidation of modularity in transcriptional regulatory networks
转录调控网络模块化的阐明
批准号:
23700352
负责人:
JOSE Nacher
金额:
$1.16万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份:
2011
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2011 至 2012

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
在本研究中,我们研究并比较了由非编码rna (ncRNAs)和蛋白质相关生物大分子(PRMs)之间的功能相互作用所定义的网络的社区结构和转录调控网络。研究结果表明,群落规模的分布遵循比例规律,揭示了复杂的结构。此外,k-团亚图和重叠表明,鉴定的ncRNA分子群落可能与某些功能有关。最后,我们还从数学上推导了仅使用二部网络信息预测投影网络结构的方程。
英文摘要
In this research, we investigate and compare the community structure of the network defined by functional interactions between non-coding RNAs (ncRNAs) and proteins related bio-macrolecules (PRMs) and the transcriptional regulatory network. Our findings show that the distributions of community sizes followed a scaling-law revealing a complex structure. In addition, the k-clique sub-graphs and overlaps show that the identified communities of the ncRNA molecules could potentially be associated with certain functions. Finally, we also derived mathematically the equations that predict projected network structure using only bipartite network information.
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会议论文
Community structure of non-coding RNA interaction network IB 2013
非编码RNA相互作用网络的群落结构 IB 2013
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: [J. C. Nacher, T. Akutsu, J.C. Nacher, J.C. Nacher]
通讯作者: J.C. Nacher
DOI: --
发表时间: 2012
期刊: New Journal of Physics
影响因子: 3.3
作者: [Tomoko Sunami, Hidetoshi Kono, Tomoko Sunami and Hidetoshi Kono, Tomoko Sunami and Hidetoshi Kono, Tomoko Sunami and Hidetoshi Kono, J.C. Nacherand T. Akutsu, J.C. Nacher, J.C. Nacher and T. Akutsu]
通讯作者: J.C. Nacher and T. Akutsu
DOI: 10.1088/1367-2630/14/7/073005
发表时间: 2012-07-03
期刊: NEW JOURNAL OF PHYSICS
影响因子: 3.3
作者: [Nacher, Jose C., Akutsu, Tatsuya]
通讯作者: Akutsu, Tatsuya
DOI: 10.2390/biecoll-jib-2013-217
发表时间: 2013-04
期刊: Journal of integrative bioinformatics
影响因子: 1.9
作者: [J. Nacher]
通讯作者: J. Nacher
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    Control of complex biological networks: theory and applications
    • 批准号:
      25330351
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额:
      $2.5万
    • 财政年份:
      2013
    • 负责人:
      JOSE Nacher
    • 依托单位:
    Mathematical modeling of transcriptional regulatory networks based on bipartite graphs.
    • 批准号:
      21700327
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
    • 资助金额:
      $1.25万
    • 财政年份:
      2009
    • 负责人:
      JOSE Nacher
    • 依托单位:
    国内基金
    海外基金
    融合多模态学习与自监督策略的ncRNA计算挖掘、药物筛选与平台构建研究
    • 批准号:
      2026JJ80253
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2026
    • 负责人:
      李雯
    • 依托单位:
    基于CNN的电化学-SERS多模态数据融合技术在膜性肾病复发相关ncRNA研究中的应用
    • 批准号:
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2025
    • 负责人:
      张明磊
    • 依托单位:
    nCRNA HIF1A-AS1介导间充质干细胞线粒体转移修复ARDS内皮损伤的作用及机制研究
    外泌体1ncRNA ZFAS1通过调节STAT3去乙酰化调控食管鳞癌转移的机 制研究