DExH/D-Box RNA-Helikasen: Funktionsanalyse und Charakterisierung zentraler Komponenten bei der RNA-Prozessierung in Mitochondrien von Pflanzen

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Das vorgeschlagene Projekt sieht eine funktionelle Analyse fünf mitochondrialer DExH/D-Box RNA-Helikasen in Pflanzen vor. diese Proteine sind ideale Ausgangspunkte für die Untersuchung verschiedener RNA-Prozessierungen und daran beteiligter Komponenten. Hervorgehend aus einem zuvor geförderten Projekt zur Untersuchung der mitochondrialen 3'-mRNA-Prozessierung und des RNA-Abbaus, sollen die RNA-Helikasen auf ihre Beteiligung und Funktion bei diesen Prozessen untersucht werden. Es wird aber auch erwartet, dass RNA-Helikasen an anderen Prozessierungen wie RNA-Editing oder dem 'Splicing' beteiligt sein könnten. Mit RNA-'Unwinding'-Assays sollen die NTP-abhängigen Helikaseaktivitäten untersucht werden. Die Entfernung von RNA-Helikasen aus prozessierungsaktiven Lysaten, FAR-Westernanalysen und Interaktionsstudien auf der Basis der Oberflächenplasmonenresonanztechnik sollen in vitro Informationen über die Beteiligung einzelner Helikasen an bestimmten RNA-Prozessierungen bzw. über die Interaktion mit anderen Proteinen liefern. Analysen mitochondrialer RNA aus entsprechenden KO-Mutanten bzw. induzierbaren RNAi-Pflanzenlinien sollen in vivo Daten zur Funktion der Proteine liefern. Mit den Helikasen interagierende Proteine sollen unter anderem in transgenen Pflanzen, die 'Tag'-markierte Proteine exprimieren, und im Two-hybrid-System in vivo untersucht werden.