Development of high-throughput gene profiling system to monitor genetic background for mouse strains

开发高通量基因分析系统来监测小鼠品系的遗传背景

• 批准号: 24700441
• 负责人: MIURA IKUO
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24700441/
• 关键词: 遺伝学; 育種学; ゲノム; SNPｓ; 遺伝背景; 実験用マウス; SNPs; 遺伝子マッピング; SNPｓマーカー

It was considered that there was affection of ununiformed genetic background of the mouse on analyzing its phenotyping. We constructed the high-throughput gene profiling system for the evaluation of genetic background configured with 192 markers (consisted of 184 SNPs and 8 transgenes) using 384 well plate format based on TaqMan assay technologies. This system was possible to get information such as the ratio of replacement to backcrossing strain, the detailed difference in each B6 substrains and production breeders of B6/J and B6/N and the paternal or maternal origin from SNPs markers and the existence of transgenes as gene modification (i.e. neo, cre, and Gfp etc.) from these detection markers. We developed tool to convert the table from the raw genotyping data to the strain distribution patterns and enabled effective to detection detailed genetic background. In addition, we have improved to effective gene mapping among B6 substrains by using SNPs markers.

认为遗传背景的不均一性对表型分析有影响。本研究采用TaqMan分析技术构建了高通量基因谱分析系统，该系统采用384孔板设计，包含192个标记（包括184个SNP和8个转基因）。该系统可以从SNPs标记中获得诸如替换与回交品系的比率、B6/J和B6/N的每个B6亚系和生产育种者的详细差异、父系或母系起源以及作为基因修饰的转基因（即neo、cre和Gfp等）的存在等信息。从这些检测标记。我们开发了一种工具，可以将原始基因分型数据转换为菌株分布模式，从而有效地检测详细的遗传背景。此外，我们还改进了利用SNPs标记在B6亚株之间进行有效基因定位的方法。

项目成果

日本マウスクリニックにおける遺伝子改変マウス系統の遺伝背景の現状とプロファイリングシステムの重要性

日本小鼠诊所转基因小鼠品系遗传背景的现状和分析系统的重要性

• 发表时间: 2012
• 作者: 三浦郁生;他
• 通讯作者: 他

C57BL/6亜系統間の遺伝子マッピングシステムの構築とその有用性

C57BL/6亚系间基因定位系统的构建及其应用

• 发表时间: 2013
• 作者: 三浦郁生;他
• 通讯作者: 他

理研BRC 日本マウスクリニック：高速遺伝子プロファイリングシステムによる遺伝背景検査の実際とその重要性

RIKEN BRC 日本小鼠诊所：使用高速基因分析系统进行遗传背景测试的现实和重要性

• 发表时间: 2012
• 作者: 三浦郁生;他;三浦 郁生
• 通讯作者: 三浦 郁生

理研BRC日本マウスクリニック : 高速遺伝子プロファイリングシステムによる遺伝背景検査の実際とその重要性

RIKEN BRC 日本小鼠诊所：使用高速基因分析系统进行遗传背景测试的现实和重要性

• 发表时间: 2012
• 作者: 三浦郁生;若菜茂晴
• 通讯作者: 若菜茂晴

C57BL/6系統を精細に判別可能な高速遺伝子プロファイリングシステムの改良

改进高速基因分析系统，可精确区分 C57BL/6 菌株

• 发表时间: 2014
• 作者: 三浦郁生;他
• 通讯作者: 他