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小分子によるＲＮＡシュードノット構造の形成と遺伝子発現制御への応用

小分子RNA假结结构的形成及其在基因表达调控中的应用

基本信息

批准号：
14J05460
负责人：
松本咲
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2014
资助国家：
日本
起止时间：
2014-04-25 至 2017-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

これまでに合成小分子NCTnがRNA中のCGG/CGG配列に特異的に結合することによりシュードノット構造を誘起し、さらに誘起されたシュードノット構造により－1リボソームフレームシフト（－1PRF）が引き起こされ、下流の遺伝子が発現することをin vitroと細胞内の両方で実証してきた。本年度はNCTn誘起型－１PRFのカイネティクス解析を行った。クエンチフローシステムを用いて翻訳時間0.05秒～200秒で産出するペプチド鎖を調べたところ、NCT8結合配列であるCGG/CGG配列をもつmRNAに対しては、NCT8非存在下と比べてNCT8を添加したときに、０フレーム産物より－１フレーム産物の生成速度が速いことが示された。また、これまでにRT-PCRによる細胞内RNAの定量解析により、NCT添加から12～24時間の間にNCT8の副次的な影響が出ていることが示唆されていた。そこで本年度は、次世代シーケンサーを用いたRNA-seqにより、NCT8の添加により細胞内のトランスクリプトームがどのように変動するのかを解析した。その結果、化合物添加後１２時間及び２４時間後に発現促進及び発現抑制した遺伝子が見つかった。プロモーター領域をTSSの上流５００塩基と定義し、配列解析を行ったところ、NCT8により遺伝子の発現が上昇した遺伝子のプロモーター領域にはGCリッチな配列が多いことが明らかになった。SPR解析によりNCT8とプロモーター領域により多く発見された４塩基を持つDNAとの相互作用が確認できた。一方、プロモーター領域で発見頻度の低い４塩基をもつDNAではNCTとの相互作用は観測されなかった。このことから、NCTがGCリッチなプロモーター配列と相互作用することにより、遺伝子発現を上昇させる可能性が示唆された。

This is a synthesis of small molecules NCTn in the RNA CGG/CGG alignment specific binding, this is induced by the structure of the structure This year, NCTn induced type-1 PRF was analyzed. In the absence of NCT8, the CGG/CGG alignment was reversed. The quantitative analysis of RNA in cells by RT-PCR showed the secondary effects of NCT addition between 12 and 24 hours. This year, the next generation of RNA-seq, NCT8 addition, intracellular growth and development analysis The results showed that 12 hours and 24 hours after the addition of the compound, the promotion and inhibition of the development of the gene were observed. The TSS's upper 500-level definition, configuration analysis, and NCT8 are all based on the GCS's configuration. SPR analysis of NCT8 and NCT8 in the field of multiple detection of DNA interactions The frequency of detection of DNA is low in the four bases of a single molecule, and the interaction between them is detected. The possibility of GC separation and interaction is shown in this paper.