核内構造体を構築する長鎖Ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ　ＲＮＡの探索法の開発

构建核结构的长链非编码RNA搜索方法的开发

基本信息

批准号：
15J01473
负责人：
中條岳志
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-04-24 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J01473/
关键词：
architectural RNA Architectural RNA 核内RNA顆粒 RNAの難溶性 Prion-like domain NEAT1 FUS RNA 核内RNAボディ構造構築RNA

项目摘要

昨年度までの研究から、核内構造体を構築するアーキテクチュラルRNAの候補の探索には難溶性RNAの同定が有効であることを明らかにした。この成果は2017年5月15日にEMBO Journalに掲載された。その後、論文で報告した新しい難溶性RNAが構成する構造体について、その構造体形成に関与するタンパク質を探した。その結果、パラスペックルの形成に必要なある複合体が着目している新規長鎖noncoding RNAの構造体形成にも必要であることを見出した。この結果より、この複合体が様々なアーキテクチュラルRNAによる構造体形成に共通して関与することが支持された。また、難溶性の長鎖noncoding RNAが作る複数の新規構造体は、タンパク質間の疎水性相互作用を阻害する処理により、細かく分離した。この結果より、これら難溶性RNAが作る新規核内構造体は、タンパク質間の疎水性相互作用に依存して複数のRNA-タンパク複合体が集まって作られていると考えられる。様々な真核生物種における既知の6種類のアーキテクチュラルRNAは、いずれも細胞がストレスにさらされた時や特定の発生段階で発現して機能を発揮することが明らかにされている（Chujo et al., Molecules and Cells (2017)）。また、ヒトには2万種類以上の機能未知ncRNAが存在する。これらの知見から、ストレスに応答して発現する新たなアーキテクチュラルRNAが存在することが期待される。そこで、ストレス下等に発現する新たなアーキテクチュラルRNAを同定するために、様々なストレスを与えた細胞や疾患モデル細胞における難溶性RNAを同定しようと考えた。このために必要な多サンプルの次世代シーケンス解析を実現するために、本研究の成果を基にして所属研究室が新学術領域先進ゲノム支援に申請して採用され、26種類のRNAサンプルの次世代シーケンス解析を依頼し、その結果を待っている状況である。

直到去年的研究表明，对可溶性RNA的鉴定可有效寻找用于构建核结构的候选建筑RNA。该结果于2017年5月15日发表在EMBO杂志上。此后，我们搜索了参与本文报道的蛋白质涉及的蛋白质。结果，发现形成羊皮纸所需的复合物对于形成新型长链非编码RNA的结构也是必要的。这些结果支持该复合物在各种建筑RNA形成结构中的共同参与。另外，通过抑制蛋白质之间疏水相互作用的处理，通过溶解不良的长链非编码RNA产生的多种新型结构细成了。基于这些结果，人们认为，这些溶解度不佳的RNA产生的新型核结构是通过将多种RNA-蛋白蛋白复合物结合起来的，具体取决于蛋白质之间的疏水相互作用。当细胞暴露于应力或特定发育阶段时，已经证明各种真核物种中的所有六个已知的建筑RNA均表达并发挥作用（Chujo等人，分子和细胞（2017））。此外，人类中有20,000多种未知的功能性NCRNA。基于这些发现，预计将出现新的建筑RNA来应对压力。因此，为了确定在应力下表达的新建筑RNA，我们决定鉴定在受各种应力和疾病模型细胞受到的细胞中的可溶性RNA。为了实现为此目的所需的多个样本的下一代测序分析，研究人员已申请支持新的学术领域的高级基因组，现在正在接受应用，要求对26种RNA样本进行下一代测序分析，并正在等待结果。