和牛の枝肉形質のゲノム育種価予測に関する研究

まず、昨年度において、特に重要な枝肉形質である枝肉重量および脂肪交雑を対象に、約57万か所の常染色体上のSNPマーカーについて実際に使用する等間隔SNPの数を順次変更しつつ、SNPのジェノタイプ情報を用いて作成される個体間のゲノム関係行列を用いてゲノミック予測（GP）を実施していた。この内容をまとめて論文として1報投稿し、本年度受理された。また、利用可能なSNPのそれぞれを、そのアリルの頻度の値の大小にもとづいて区別し、アリル頻度の異なるSNPが説明する遺伝分散の推定を実施した。ここでも対象形質は枝肉重量および脂肪交雑とし、サンプル個体群内において少数である（マイナーな）方のアリルの頻度の値にもとづいて全SNPを10区分した。結果、マイナーなアリルの頻度の大小に応じて推定された遺伝分散の値に変動が見られたが、そのパターンは、形質間で異なるように見受けられた。以上の内容を本年度に取りまとめて原稿を1報投稿し、受理された。続いて、SNPを染色体ごとに区別して扱い、個々の染色体上のSNPが説明する遺伝分散の推定を実施した。ここでは枝肉6形質を対象とし、位置情報（UMD 3.1）をもとに全SNPを29グループに区分した。結果、枝肉重量については、既報の量的形質遺伝子座が存在する常染色体を取り上げた場合に遺伝分散の値が相対的に高く推定されたものの、総相加的遺伝分散に対する当該染色体上SNPが説明する遺伝分散の割合の推定値は概ね10％を下回った。以上の内容について、本年度に学会発表を行い、さらに内容を取りまとめて原稿を1報投稿し、現在査読中である。これらの分析結果は、対象とした形質の遺伝的構造に関連すると考えられ、GPにおけるSNPの選択的利用において有用ではないかと推察される。

まず、昨年度において、特に重要な枝肉形質である枝肉重量および脂肪交雑を対象に、約57万か所の常染色体上のSNPマーカーについて実際に使用する等間隔SNPの数を順次変更しつつ、SNPのジェノタイプ情報を用いて作成される個体間のゲノム関係行列を用いてゲノミック予測（GP）を実施していた。この内容をまとめて論文として1報投稿し、本年度受理された。また、利用可能なSNPのそれぞれを、そのアリルの頻度の値の大小にもとづいて区別し、アリル頻度の異なるSNPが説明する遺伝分散の推定を実施した。ここでも対象形質は枝肉重量および脂肪交雑とし、サンプル個体群内において少数である（マイナーな）方のアリルの頻度の値にもとづいて全SNPを10区分した。結果、マイナーなアリルの頻度の大小に応じて推定された遺伝分散の値に変動が見られたが、そのパターンは、形質間で異なるように見受けられた。以上の内容を本年度に取りまとめて原稿を1報投稿し、受理された。続いて、SNPを染色体ごとに区別して扱い、個々の染色体上のSNPが説明する遺伝分散の推定を実施した。ここでは枝肉6形質を対象とし、位置情報（UMD 3.1）をもとに全SNPを29グループに区分した。結果、枝肉重量については、既報の量的形質遺伝子座が存在する常染色体を取り上げた場合に遺伝分散の値が相対的に高く推定されたものの、総相加的遺伝分散に対する当該染色体上SNPが説明する遺伝分散の割合の推定値は概ね10％を下回った。以上の内容について、本年度に学会発表を行い、さらに内容を取りまとめて原稿を1報投稿し、現在査読中である。これらの分析結果は、対象とした形質の遺伝的構造に関連すると考えられ、GPにおけるSNPの選択的利用において有用ではないかと推察される。