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和牛の枝肉形質のゲノム育種価予測に関する研究

和牛胴体性状基因组育种价值预测研究

基本信息

批准号：
15J02417
负责人：
小川伸一郎
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-04-24 至 2017-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J02417/
关键词：
和牛枝肉形質 SNPマーカーゲノム育種価 SNP

项目摘要

まず、昨年度において、特に重要な枝肉形質である枝肉重量および脂肪交雑を対象に、約57万か所の常染色体上のSNPマーカーについて実際に使用する等間隔SNPの数を順次変更しつつ、SNPのジェノタイプ情報を用いて作成される個体間のゲノム関係行列を用いてゲノミック予測（GP）を実施していた。この内容をまとめて論文として1報投稿し、本年度受理された。また、利用可能なSNPのそれぞれを、そのアリルの頻度の値の大小にもとづいて区別し、アリル頻度の異なるSNPが説明する遺伝分散の推定を実施した。ここでも対象形質は枝肉重量および脂肪交雑とし、サンプル個体群内において少数である（マイナーな）方のアリルの頻度の値にもとづいて全SNPを10区分した。結果、マイナーなアリルの頻度の大小に応じて推定された遺伝分散の値に変動が見られたが、そのパターンは、形質間で異なるように見受けられた。以上の内容を本年度に取りまとめて原稿を1報投稿し、受理された。続いて、SNPを染色体ごとに区別して扱い、個々の染色体上のSNPが説明する遺伝分散の推定を実施した。ここでは枝肉6形質を対象とし、位置情報（UMD 3.1）をもとに全SNPを29グループに区分した。結果、枝肉重量については、既報の量的形質遺伝子座が存在する常染色体を取り上げた場合に遺伝分散の値が相対的に高く推定されたものの、総相加的遺伝分散に対する当該染色体上SNPが説明する遺伝分散の割合の推定値は概ね10％を下回った。以上の内容について、本年度に学会発表を行い、さらに内容を取りまとめて原稿を1報投稿し、現在査読中である。これらの分析結果は、対象とした形質の遺伝的構造に関連すると考えられ、GPにおけるSNPの選択的利用において有用ではないかと推察される。

In the past year, the number of equally-spaced SNPs on autosomes of about 570,000 individuals has been sequentially changed, and SNP information has been used to create inter-individual relationship arrays. The content of this paper is submitted to the first newspaper and accepted this year. The estimation of the dispersion of SNPs is carried out by using the differences in the frequencies of SNPs, the differences in the frequencies of SNPs, and the differences in the frequencies of SNPs. The number of SNPs in the population is small, and the number of SNPs in the population is small. The results show that the frequency of the disease is different from that of the control group. The above contents were selected for submission and acceptance this year. The genetic diversity of SNPs on chromosomes is estimated. The 6-character map and the position information (UMD 3.1) are all SNPs. The results showed that the weight of branch meat was higher than that of the reported quantity of morphological loci, and the estimated value of genetic dispersion was lower than that of genetic dispersion when the SNP on the chromosome was explained. The above contents are included in the list of this year's society, and the contents are included in the original manuscript. The results of this analysis are useful for the investigation of the structural relationship between the image and the genetic material, and for the investigation of the utilization of SNP selection by GP.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Genomic prediction for carcass traits in Japanese Black cattle using single nucleotide polymorphism markers of different densities.

使用不同密度的单核苷酸多态性标记对日本黑牛胴体性状进行基因组预测。

DOI：
10.1071/an15696
发表时间：
2016
期刊：
Animal Production Science
影响因子：
1.4
作者：
Ogawa S.;Matsuda H.;Taniguchi Y.;Watanabe T.;Kitamura Y.;Tabuchi I.;Sugimoto Y.;Iwaisaki H.
通讯作者：
Iwaisaki H.

Estimation of additive genetic variance due to each autosome for carcass traits in Japanese Black cattle.

日本黑牛胴体性状各常染色体造成的加性遗传方差的估计。