先史時代人骨ゲノムによる二重構造モデルの検証

利用史前人类骨骼基因组验证双结构模型

• 批准号: 15J10824
• 负责人: 小金渕 佳江
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Kitasato University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J10824/
• 关键词: 古人骨; 古代ゲノム; 次世代シーケンサー; ターゲットキャプチャー; BAC; 日本列島ヒト集団; 集団史; 次世代シークエンサー

【背景・目的】これまで日本列島のヒト集団史の推定は主に現代人のゲノムを用いてきたが、古人骨を分析すれば過去の情報を直接的に明らかにできる。しかし、古人骨ゲノム解析を行うには様々な技術的改良が必要となる。そこで本研究では、常染色体の比較的大きな遺伝子座に関してNGSを用いて安価に分析する方法の開発を試みた。この方法で現代の日本列島ヒト集団のゲノム中に存在する東アジア特異的疾患リスク変異が、いつごろ、どこで誕生し、どのように日本列島に入ってきたかを明らかにするため患者および健常者のゲノム解析を実施した。【成果1】申請者は、バクテリア人工染色体（BAC）をベイト（釣り針）として数百kbpの常染色体を濃縮するBACダブルキャプチャー（BDC）法を考案し最適条件を検討した。その結果、BDC法では長さ350‐750bpのベイトを用い、ハイブリダイゼーションを65度で2回行うと高いオンターゲット率が得られた。次に商用キットMYbaitsと比較した。その結果、コスト面ではBDC法がMYbaitsよりも安価だった。データクオリティでは、オンターゲット率はBDC法とMYbaitsはほぼ同値だった。一方、重複リード率はBDCがMYbaitsよりも劣っていた。重複リード率を下げることでBDC法での濃縮効率の向上を達成できる見積で、今後は本手法の古代ゲノムの濃縮への応用を行う。【成果2】東アジア特異的なリスクアレルが報告されているもやもや病感受性遺伝子RNF213を患者集団にてNGSで配列解析し、健常者集団と共に解析した。その結果、リスクアレルを含む配列は均一性が高いことが示された。またそのアレルは約4,500－2,000年前頃に誕生したと推定された。この時期は日本列島における弥生時代の始まりと一致している。よって、リスクアレルが弥生時代に大陸からの渡来人とともに日本列島に拡散した可能性を示唆した。

[Background] This is the estimation of the history of the Japanese archipelago, the analysis of the ancient bones and the direct information of the past. It is necessary to improve the technology of the ancient people. In this study, we tried to develop a method for analyzing autosomal DNA sequences. This method is used to analyze the existence of special diseases in the modern Japanese archipelago. It is used to analyze the existence of special diseases in the modern Japanese archipelago. [Result 1] The applicant investigated the optimal conditions for the BAC (Artificial Chromosome) method and the BDC method for concentrating autosomes of hundreds of kbp. The BDC method is 350 - 750bp in length, 65 degrees in length and 2 cycles in length. The next commercial MYbaits are compared. The result is that the BDC method is used to solve the problem.データクオリティでは、オンターゲット率はBDC法とMYbaitsはほぼ同値だった。One side, repeat rate BDC The BDC method is used to reduce the concentration efficiency of the BDC method. [Result 2] The patient group analysis of NGS and the healthy group analysis of RNF213 were carried out in the report of the disease susceptibility gene. The results show that there is a high degree of uniformity in the distribution. It is estimated that it was born about 4,500-2,000 years ago. This period is the beginning of the Yayoi era in the Japanese archipelago. In the Yayoi era, the Japanese archipelago was divided into two groups: the mainland and the Japanese archipelago.

项目成果

An evolutionary study of the RNF213 gene associated with Moyamoya disease in the people of the Japanese archipelago

日本列岛人群与烟雾病相关的 RNF213 基因的进化研究

• 发表时间: 2015
• 作者: Kae Koganebuchi;Shigeki Nakagome;Shuhei Mano;Naoya Ishizaki;Shoji Kawamura;Ryosuke Kimura;Hajime Ishida;Keiichiro Joh;Kazuma Fujimoto;Hidenobu Soejima;Kimitoshi Sato;Yoshie Yasui;Toshihiro Kumabe;Kiyotaka Fujii;Tokiho Akiyama;Motoyuki Ogawa
• 通讯作者: Motoyuki Ogawa

北里大学医学部解剖学研究室太田グループ

北里大学医学院解剖实验室大田组

古代ゲノム解析への応用に向けたBACダブル・キャプチャー法の開発

开发用于古代基因组分析的 BAC 双捕获方法

• 发表时间: 2016
• 作者: 小金渕佳江;覚張隆史;柴田弘紀;笠木聡;佐藤丈寛;田嶋敦;小川元之;太田博樹
• 通讯作者: 太田博樹

The allele frequency of ALDH2*Glu504Lys and ADH1B*Arg47His for the Ryukyu islanders and their history of expansion among East Asians

• DOI: 10.1002/ajhb.22933
• 发表时间: 2017-03-01
• 期刊: AMERICAN JOURNAL OF HUMAN BIOLOGY
• 影响因子: 2.9
• 作者: Koganebuchi, Kae;Haneji, Kuniaki;Oota, Hiroki
• 通讯作者: Oota, Hiroki

The allele frequency distributions of alcohol-metabolism related genes and peopling history in the Japanese archipelago

日本列岛酒精代谢相关基因的等位基因频率分布与人类历史

• 发表时间: 2016
• 作者: 小金渕佳江;覚張隆史;柴田弘紀;笠木聡;佐藤丈寛;田嶋敦;小川元之;太田博樹;Kae Koganebuchi
• 通讯作者: Kae Koganebuchi