Development of multi-resolution methods for large conformational changes coupling with biological reactions

开发与生物反应耦合的大构象变化的多分辨率方法

• 批准号: 16K05526
• 负责人: IWAHASHI Chigusa
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-01 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K05526/
• 关键词: 分子動力学法(MD); 粗視化モデル; レアイベントサンプリング; ドメイン運動; DoMEモデル; 分子動力学法; String法; 膜タンパク質; string法; レプリカ交換アンブレラポテンシャル(REUS)法; マルチレゾリューションシミュレーション; 生物物理; 化学物理; マルチドメインタンパク質

项目成果

超並列分子動力学ソフトウェア「GENESIS」最新版を公開

大规模并行分子动力学软件“GENESIS”最新版本发布

GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms

• DOI: 10.1002/jcc.24874
• 发表时间: 2017-09-30
• 期刊: JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY
• 影响因子: 3
• 作者: Kobayashi, Chigusa;Jung, Jaewoon;Sugita, Yuji
• 通讯作者: Sugita, Yuji

Conformational fluctuations and changes of SR-Ca2+-ATPase on the E1/E2 transition

E1/E2 转变时 SR-Ca2-ATPase 的构象波动和变化

• 发表时间: 2019
• 作者: Kobayashi Chigusa;Jung Jaewoon;Matsunaga Yasuhiro;Mori Takaharu;Ando Tadashi;Tamura Koichi;Kamiya Motoshi;Sugita Yuji;小林千草
• 通讯作者: 小林千草

Molecular dynamics simulations for conformational changes on E1/E2 transition of Ca2+-ATPase

Ca2-ATPase E1/E2 转变构象变化的分子动力学模拟

• 发表时间: 2017
• 作者: Kobayashi Chigusa;Jung Jaewoon;Matsunaga Yasuhiro;Mori Takaharu;Ando Tadashi;Tamura Koichi;Kamiya Motoshi;Sugita Yuji;小林千草;小林千草;Chigusa Kobayashi;Chigusa Kobayashi
• 通讯作者: Chigusa Kobayashi

GENESIS

• DOI: 10.1145/2629651
• 发表时间: 2015-01
• 期刊: ACM Transactions on Embedded Computing Systems (TECS)
• 作者: D. Diamantopoulos;K. Siozios;S. Xydis;D. Soudris