次世代シーケンサーを用いた倍数性シダ類複合体の進化史解明
使用下一代测序仪阐明多倍体蕨类复合体的进化史
基本信息
- 批准号:16F16391
- 负责人:
- 金额:$ 1.41万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2016
- 资助国家:日本
- 起止时间:2016-11-07 至 2019-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本年度の研究では、194のシングルコピー遺伝子を次世代シーケンサーMiSeqを用いて46サンプルの塩基配列を決定した。シーケンスキャプチャーの効率(全リードの中に目的の遺伝子がどれくらい含まれているか)は、標本からのサンプルでは4-8%、標本ではない最近のサンプルでは10-14%となって、過去に報告されたシダ植物を扱った研究(Wolf et al. 2018 Applications in Plant Sciences 6)のおける効率(1-2%)を大幅に上回った。本手法の導入によって、今まで系統解析に含められていなかった重要な種の標本からDNA解析が可能になり、それらの系統樹での位置が初めて明らかになった。たとえば、2種のみから成るとされていたデスモフレビウム科のDesmophlebium longisorum (Baker) Mynssen, A. Vasco, Sylvestre, R.C. Moran & Rouhanは、本研究の結果では Diplazium(ノコギリシダ属)に所属することが明らかになったことや、東南アジアに分布するDiplazium flavoviride Alstonがアメリカ大陸の東部に分布する Homalosorus pycnocarpus Smallに極めて近縁であるという新知見が得られた。また、ヒメシダ科ハシゴシダ近縁種群の研究においては、標本からのDNA解析に成功したことによって、日本産個体とは別系統に属する中国・韓国産種から成るクレードが発見された。さらに、フィリピンに分布するParathelypteris grammitoides (Christ) Chingがハシゴシダ近縁種群に含まれ、その分布の南限になっていることが明らかになった。
This year's study determined the base alignment of 194 groups of individuals and the next generation of individuals. The rate of success in plant research (Wolf et al. 2018 Applications in Plant Sciences 6) has increased significantly, with 4-8% for the first time and 10-14% for the second time. This method is used to analyze the introduction, current and phylogenetic tree, including DNA analysis, possible introduction and phylogenetic tree location. Desmophlebium longisorum (Baker) Mynssen, A. Vasco, Sylvestre, R.C. Moran & Rouhan, the results of this study are: Diplazium flavoviride Alston Homalosorus pycnocarpus Small, Homalosorus pycnocarpus Small, Homalocarpus pycpus pycnocarpus DNA analysis of Japanese and Japanese species was successfully carried out in the study of Chinese and Korean species. The results showed that Japanese and Japanese species belonged to China and Korea species. Parathelypteris grammitoides (Christ) Ching is a member of the Parathelypteris grammitoides (Christ) Ching family.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Applying next-generation DNA sequencing to resolve the Thelypteris angustifrons species complex (Thelypteridaceae).
应用下一代 DNA 测序来解析 Thelypteris angustifrons 物种复合体(Thelypteridaceae)。
- DOI:
- 发表时间:2018
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Nitta;J.H.;Nakato;N.;Ebihara;A.
- 通讯作者:A.
Eupolypods IIシダ類のシーケンスキャプチャー:深い系統関係と近縁種群の系統解析
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- DOI:
- 发表时间:2019
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:新田ジョエル・海老原淳
- 通讯作者:新田ジョエル・海老原淳
Unraveling the evolutionary history of the Parathelypteris angustifrons species complex (Thelypteridaceae)
揭开Parathelypteris angustifrons物种复合体(Thelypteridaceae)的进化史
- DOI:
- 发表时间:2017
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:R.T. Nzogong;F.S.T. Ndjateu;S.E. Ekom;J-A.M. Fosso;M.D. Awouafack;M. Tene;P. Tane;H. Morita;M.I. ChoufChemdhary;J-de-D. Tamokou;Joel Nitta
- 通讯作者:Joel Nitta
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