Entwicklung eines impliziten Membran-Modells und Monte Carlo Algorithmus für die Simulation der Faltung von Membran-Proteinen

开发隐式膜模型和蒙特卡罗算法来模拟膜蛋白的折叠

• 批准号: 5446174
• 负责人: Dr. Jakob P. Ulmschneider
• 金额: --
• 依托单位: Dipartimento di Chimica
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Emmy Noether International Fellowships
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2004-12-31 至 2007-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5446174?language=en
• 关键词: Entwicklung; eines; impliziten; Membran; Modells

Ziel des Forschungsvorhabens ist es, den Faltungsprozess von Membran-Proteinen auf atomarer Ebene detailgetreu zu simulieren und zu analysieren. Membran-Proteine stellen nicht nur ein Drittel der im menschlichen Genom kodierten Proteine, sie sind auch eine wichtige Zielgruppe für eine Vielzahl von Medikamenten, da sie lebensnotwendige Funktionen der Zelle regulieren. Aufgrund von enormen experimentellen Schwierigkeiten sind zur Zeit nur etwa 80 Membran-Protein Strukturen bekannt. Daraus ergibt sich die dringende Notwendigkeit für theoretische und computergestützte Forschung, die eine große Herausforderung darstellt.Um den Faltungsprozess im Computer realistisch modellieren zu können, ist es unabdingbar, das komplizierte Lipid-Membran Umfeld des Proteins implizit darzustellen. Dies soll mit Hilfe der Verallgemeinerten-Born Methode bewerkstelligt werden. Diese Methode wird z.Z. erfolgreich zur Faltung von kleinen globulären Proteinen eingesetzt. Im Rahmen des Forschungsvorhabens wird sie erweitert werden, um sowohl Wasser als auch Lipid- Moleküle implizit, d.h. in Form eines elektrischen Kontinuums von variabler Dichte und Dielektrizität darzustellen. Im nächsten Schritt soll diese implizite Membran in einen bereits von mir entwickelten Monte Carlo Concerted Backbone Rotation Algorithmus integriert werden. Diesen Algorithmus, zusammen mit der Verallgemeinerten-Born Methode habe ich vor kurzem erfolgreich beim Falten kleiner Polypeptide verwendet. Die Kombination mit einer impliziten Darstellung der Membran wird es ermöglichen, den Faltungsprozess von Membran-Proteinen auf atomarer Ebene zu simulieren und auf diese Weise unser Verständnis von Membran-Proteinen grundlegend zu verbessern. Die sich daraus ergebenden Erkenntnisse werden im Bereich der Medikamentenentwicklung von großem Nutzen sein.

[2]王志强，王志强，王志强，等。膜蛋白的合成与分析[j]。膜蛋白（membrane -Proteine stellenenendrittel der menschlichen），基因组kodierten protein， sind - auch - ine wiichtige Zielgruppe frine Vielzahl von Medikamenten, da sie lebensnotwendige Funktionen der Zelle regulen。实验研究：膜蛋白结构与膜蛋白结构的关系。(1)理论与计算机的结合：理论与计算机的结合；理论与计算机的结合；理论与计算机的结合；理论与计算机的结合。在计算机现实主义模型研究中，研究人员发现了一种新的方法，即在脂质膜研究中发现了一种新的方法。他还提出了一种新方法，即“自然生成法”。疾病方法[d] z.Z. erfolgreich zur Faltung von kleinen globulären蛋白质摄取方法。[1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1]in nächsten Schritt solt diese implizite member in einen bereits von mir entwickelten蒙特卡洛协同骨干旋转算法的积分。Diesen算法，zusammen mit der verallgemeeinternet - born方法已经在Falten kleiner多肽verwendet中实现了kurzem erfolgreich。Die combiniten impliziten Darstellung der membrane wid es ermöglichen, den Faltungsprozess von membrane - proteinen auf atomarer Ebene zu simuleren and auf diese weisser Verständnis von membrane - proteinen grundlegend zu verbessern。我想，我是在为我的事业而努力，我是在为我的事业而努力，我是在为我的事业而努力。