Effects of environmental pollution and stress on gene expression profiles in Baltic salmons

环境污染和应激对波罗的海鲑鱼基因表达谱的影响

• 批准号: 17F17731
• 负责人: 岩田 久人
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Ehime University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-07-26 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17F17731/
• 关键词: タイセイヨウサケ; 難分解性有機汚染物質; トランスクリプトーム; プロテオーム

本研究の目的は、バルト海の３海域で採取したタイセイヨウサケ個体群を対象に、環境汚染物質蓄積濃度やその他環境因子（水温・溶存酸素濃度・採取年）・生物学的因子（人工孵化・野生・年齢・体重・系群・栄養段階・餌生物種）がサケのトランスクリプトーム・プロテオームに与える影響を評価することである。具体的には、以下の４点に焦点を絞って解析することを計画した。１）サケ肝臓に蓄積するPCBを含む難分解性有機汚染物質を質量分析計で定性・定量する。２）次世代シーケンサーを使用して、サケ肝臓における各遺伝子のmRNA発現量を網羅的に測定する。３）飛行時間型タンデム質量分析計を用いて、サケ肝臓におけるタンパク質発現量を網羅的に測定する。４）上記１）－３）のデータに加え、研究分担者がこれまで測定してきた環境因子や生物学的因子を併せて主成分分析をおこない、交絡因子の影響を最小限にして各因子の影響を評価する。今年度は、飛行時間型タンデム質量分析計を用いて、サケ肝臓におけるタンパク質発現量（プロテオーム発現プロファイル）を網羅的に測定した。その結果、３海域間でプロテオーム発現プロファイルに違いが認められた。さらに、前年度解析したサケ肝臓のトランスクリプトーム発現プロファイルと併せてcoinertia分析を実施したところ、両データセットの類似性を確認した。さらに、環境因子（環境汚染物質濃度・水温・採取年）や生物学的因子（人工孵化・野生・系群）を併せて主成分分析をおこなった結果、サケ肝臓のスクリプトーム・プロテオーム発現量は主として難分解性有機汚染物質濃度に影響されていることが明らかとなった。

The purpose of this study is to evaluate the effects of environmental pollutant accumulation concentration, other environmental factors (water temperature, dissolved acid concentration, collection year), biological factors (artificial incubation, wild age, body weight, lineage, breeding stage, bait species) on the collection of individual populations in three sea areas. The following four points of focus are analyzed in detail: 1) Quality analysis of PCB containing refractory organic pollutants accumulated in liver and liver. 2) The mRNA expression of each gene in the next generation was measured by using the gene expression system. 3) Time of flight type: quality analysis meter, measurement of mass emission 4) The above items 1)-3) were added to the study, and the study participants included the determination of environmental factors and biological factors, and the principal component analysis, and the evaluation of the effects of interaction factors. This year, the flight time type is used for quality analysis, and the quality of the product is measured. The results of the three sea areas are as follows: The analysis of the current and previous years shows that the similarity between the two groups is confirmed. Environmental factors (concentration of environmental pollutants, water temperature, sampling year) and biological factors (artificial incubation, wild species, population) are combined to determine the principal component analysis results, and the concentration of refractory organic pollutants is mainly affected by environmental factors.

项目成果

Differences in POPs and transcriptomes of wild and hatchery-reared baltic salmons

野生和孵化场饲养的波罗的海鲑鱼持久性有机污染物和转录组的差异

• 发表时间: 2018
• 作者: Kanerva;M.;Nguyen;M. T.;Kunisue;T.;Amvuori;K.;Iwata;H.
• 通讯作者: H.