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転写因子プロテインアレイを用いた疾患感受性ＳＮＰ結合因子同定技術の開発

开发利用转录因子蛋白阵列识别疾病易感SNP结合因子的技术

基本信息

批准号：
18J12730
负责人：
野村俊介
金额：
$ 0.96万
依托单位：
Ehime University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018-04-25 至 2020-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

疾患メカニズム解明を目的としたゲノムワイド関連解析から、疾患発症に関連するSNPが数多く同定されている。疾患感受性SNPは、タンパク質をコードする領域から、プロモーターやエンハンサーなどの遺伝子制御領域まで幅広く存在する。しかしながら、タンパク質をコードする領域のSNP解析は広く行われているものの、遺伝子制御領域に存在する疾患感受性SNPの解析はほとんど行われていないのが現状である。本研究では、1,000種類以上のヒト転写因子で構成された転写因子プロテインアレイを構築し、「遺伝子の発現変動を伴う疾患感受性SNP DNA」と「コントロール DNA」に対して、結合力が異なる転写因子を同定する技術の開発を目的とする。昨年度の研究成果では、1,000種類以上のヒト転写因子で構成された転写因子プロテインアレイの構築に成功した。さらに、作製した転写因子プロテインアレイと、選定した「コントロールDNA」および「疾患感受性SNP DNA」の相互作用解析を行うことで、各DNAに対して結合力の異なる転写因子を選抜可能な技術基盤を構築した。本年度では、構築した実験系を基盤として大規模スクリーニングを展開し、合計13組の「コントロールDNA」および「疾患感受性SNP DNA」と1,000種類以上のヒト転写因子の相互作用解析を行った。結果として、各DNAセットに対して結合力の異なる転写因子を選抜することに成功した。また、スクリーニングから選抜された転写因子に対してルシフェラーゼレポーターアッセイを行ったところ、SNPによる1塩基の違いによって異なる転写活性を示した。これらの結果から、本研究技術は「コントロールDNA」と「疾患感受性SNP DNA」に対して結合力の異なる転写因子を選抜可能な技術であり、疾患感受性SNPを解析する上での重要な技術であると考えられる。

The number of SNP associated with a disease is determined by association analysis. Disease susceptibility SNP exist in the domain of gene control. SNP analysis in the domain of genetic control is currently underway. This study aims to develop a technique for the identification of gene expression, disease-sensitive SNP DNA, and gene expression, binding force, and gene expression with more than 1,000 types of gene expression factors. Last year's research results showed that more than 1,000 types of writing factors were successfully constructed. In addition, the interaction analysis of "DNA" and "disease-sensitive SNP DNA" can be carried out by selecting the binding force of each DNA and constructing the technical base. This year, we conducted a series of analyses on the interaction of 13 groups of "DNA" and "disease-sensitive SNP DNA" and more than 1,000 types of "DNA" factors. The results showed that the binding force of DNA was different and the selection of binding factors was successful. For example, if a gene is present in a gene, the gene is present in a gene. The results of this study show that the technology of this study is the most important technology for the analysis of disease-sensitive SNPs and the most important technology for the selection of binding factors for different binding forces.