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全ゲノム比較解析によるオニヒトデ属の種分化要因の解明

通过全基因组比较分析阐明老鼠属的物种形成因素。

基本信息

批准号：
18J23317
负责人：
湯淺英知
金额：
$ 1.41万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018-04-25 至 2021-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

前年度では核ゲノム配列を構築したサンプル間のみでしか種間比較を行えておらず、また種特異的な遺伝子を解析対象に含めることができていなかった。前年度の課題を踏まえて、本年度は①集団遺伝学解析と②GO/KEGGエンリッチメント解析を実施してさらなるオニヒトデ種間の違いを捉えることを試みた。① 集団遺伝学解析：リファレンス配列に各サンプルのリードをアライメントすることで呼び出したSNP情報から系統解析とADMIXTURE解析を実施した。系統解析からオニヒトデ3種はミトコンドリアゲノムと核ゲノムの両方で明確に異なるクレードに別れることが示され、ミトコンドリア部分配列に基づく従来の分類を支持する結果が得られた。しかしながら、核ゲノムの系統樹においてハワイ個体がミトコンドリアゲノムの系統樹から想定されるよりも他の太平洋集団から大きく分化していることが確認された。さらに、ADMIXTURE解析においてもハワイ個体が他の太平洋集団と異なる集団構造を有していることが確認された。本研究はミトコンドリアだけでは見落とされていた太平洋種内におけるハワイの分化をゲノムレベルで示すことができた。② GO/KEGGエンリッチメント解析：種間で違いが大きい遺伝子グループの機能的な偏りから各種での特徴の検出を試みた。その結果、遺伝子領域での構造多型や地域適応に繋がる可能性のある遺伝子候補を見つけることができた。初年度にオニヒトデのゲノム解析を進める中で偶然発見された未報告の菌(COTS27と命名)については、研究結果を取りまとめてMicrobiome誌に発表した。COTS27とオニヒトデの具体的な共生関係までは明らかにできなかったが、インド－太平洋のオニヒトデから普遍的に見つかっていることから重要な役割を担っている可能性が高く、報告者が構築したゲノム情報は解析基盤として今後の研究に寄与することができる。

In the past year, the structure of the gene array was constructed, and the interspecific comparison was carried out, and the species-specific gene analysis was carried out. The previous year's topic was discussed, and this year's topic was discussed.(1) Group analysis;(2) GO/KEGG analysis; and (3) Implementation of the topic. (1) Cluster analysis: the analysis of SNP information and ADMIXTURE analysis are carried out according to the distribution of SNP information. System analysis: three types of data are supported by the following table: data is supported by the database, and the database is supported by the database. In the phylogenetic tree of the Pacific Ocean, individuals are identified. In addition, ADMIXTURE analyzes the structure of the Pacific Ocean. This study is aimed at exploring the potential of the Pacific intraspecies. 2 GO/KEGG The result, the genetic domain, the structural polymorphism, the geographical suitability, the possibility, the genetic candidate, the genetic polymorphism, the genetic polymorphism, the genetic polymorphism, In the beginning of the year, the analysis of Microbiome was carried out. In the middle of the year, the unreported bacteria (COTS27) were accidentally discovered. The results of the study were reported. COTS27: The specific symbiotic relationship between COTS 27 and COTS 27 is highly probable, and the reporter constructs the information base for analysis and future research.