媒介蚊のゲノムに眠る古代ウイルス遺伝子は蚊に深刻な病態を引き起こすのか？

本研究は、多くのヒト病原性ウイルスを媒介するシマカに高い病原性を示すウイルスを蚊の内在性ウイルス配列（EVE）から探索し、その復元を目的とするものである。本年度は、複数のバイオデータベースとバイオインフォマティクスデータベースを用いて、シマカのEVE探索を行った。まず、新たに高品質のゲノム配列情報が公開されたネッタイシマカゲノム（CU_AaegROCK_1.0）に対して、BLASTnとtBLASTnにより、フラビウイルス属ウイルスに類似する配列の検索を行った。その結果、リファレンスゲノムとして用いられているAaegL5.0では8遺伝子座のEVEが検出されたのに対し、CU_AaegROCK_1.0では14遺伝子座のEVEが検出された。現在、詳細な解析を行っている。また、同様にTFASTX、TFASTYを用いたEVE探索も実施した結果、tBLASTnよりヒット数が多いものの、ヒットした配列のうち、FASTAでのみヒットしてきた配列の多くは単純リピート様配列であったため、False positiveである可能性が高い。False positiveと真のEVE配列を適切に選別するには、大規模検索後に手動での精査が必要であったため、その使用には方法の改善や使用場面を限定することが不可欠であることが分かった。さらに公共のデータベースであるSequence Read Archive (SRA)に登録されているシマカ由来の4233ハイスループットシークエンスデータ（DNAライブラリ）に対して、Magic-BLASTによりフラビウイルス属ウイルスの類似配列の検出を行った。フラビウイルス属ウイルスのうち、73種のウイルスに類似した配列が検出された。

本研究は、多くのヒト病原性ウイルスを媒介するシマカに高い病原性を示すウイルスを蚊の内在性ウイルス配列（EVE）から探索し、その復元を目的とするものである。本年度は、複数のバイオデータベースとバイオインフォマティクスデータベースを用いて、シマカのEVE探索を行った。まず、新たに高品質のゲノム配列情報が公開されたネッタイシマカゲノム（CU_AaegROCK_1.0）に対して、BLASTnとtBLASTnにより、フラビウイルス属ウイルスに類似する配列の検索を行った。その結果、リファレンスゲノムとして用いられているAaegL5.0では8遺伝子座のEVEが検出されたのに対し、CU_AaegROCK_1.0では14遺伝子座のEVEが検出された。現在、詳細な解析を行っている。また、同様にTFASTX、TFASTYを用いたEVE探索も実施した結果、tBLASTnよりヒット数が多いものの、ヒットした配列のうち、FASTAでのみヒットしてきた配列の多くは単純リピート様配列であったため、False positiveである可能性が高い。False positiveと真のEVE配列を適切に選別するには、大規模検索後に手動での精査が必要であったため、その使用には方法の改善や使用場面を限定することが不可欠であることが分かった。さらに公共のデータベースであるSequence Read Archive (SRA)に登録されているシマカ由来の4233ハイスループットシークエンスデータ（DNAライブラリ）に対して、Magic-BLASTによりフラビウイルス属ウイルスの類似配列の検出を行った。フラビウイルス属ウイルスのうち、73種のウイルスに類似した配列が検出された。