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RNA-seqデータの発現変動解析を遺伝子クラスタリングで行う

使用基因聚类对 RNA-seq 数据进行表达变异分析

基本信息

批准号：
21K12120
负责人：
門田幸二
金额：
$ 2.58万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K12120/
关键词：
遺伝子クラスタリング発現変動解析 Rパッケージクラスタリング DEG RNA-seq

项目摘要

比較する状態またはグループ間で発現の異なる遺伝子（DEG）を同定する作業は、多様なトランスクリプトーム研究の中でほぼ例外なく行われてきた。本研究は、DEG検出後の発現パターン分類などこれまで極めて限定的な目的でしか利用されてこなかった遺伝子クラスタリングをDEG検出そのものに利用する試みである。今年度は、2021年度に論文発表したMBCdeg1と2に加え、内部的にシンプルなサンプルごとの総カウント数を100万にそろえるCPM正規化法を組み込んだMBCdeg3を実装した。MBCdeg論文で用いたTCCパッケージによる様々なシナリオでのシミュレーションデータでの性能評価を行い、MBCdeg3のポテンシャルの高さを確認した。本研究は提案手法の弱点を積極的に探すことも重要視しており、TCC以外のシミュレーションデータ生成パッケージであるcompcodeRとPROPERによる性能評価も行った。結果として、MBCdeg3は、PROPERではTCCと同様の性能の高さ（AUC値がMBCdeg1や2よりも全体的に高い）を示した一方で、compcodeRでは非常に試行ごとのばらつきが大きく性能もそれほどではないことが判明した。また、リアルデータでは正解が不明なものの、MBCdeg法は全体として試行ごとのばらつきが非常に大きいという短所も改めて確認できた。MBCdegに関するアウトリーチ活動としては、日本乳酸菌学会誌上で「遺伝子発現データのクラスタリング（第18回）」、「R Markdown（第19回）」、そして「RNA-seqカウントデータの性質と統計モデル（第20回）」に関する日本語の解説記事を公開した。

Comparison of state, time, occurrence and variation of gene (DEG) in the same operation, multiple species, and research This study aims to explore the classification and utilization of DEG after detection. This year's and 2021 annual papers are published in MBCdeg1 and 2, and the number of internal papers is more than 1 million. CPM normalization method is used to organize MBCdeg3. The performance evaluation of MBCdeg paper was carried out in the middle of the TCC, and the high level of MBCdeg3 was confirmed. This study actively explores the weaknesses of the proposed approach and evaluates the performance of the proposed approach. Results: MBCdeg3, PROPER, TCC, and the same performance (AUC value = MBCdeg1, 2, and all of them are high) show that one side, compcodeR, and the other side are very high performance.また、リアルデータでは正解が不明なものの、MBCdeg法は全体として试行ごとのばらつきが非常に大きいという短所も改めて确认できた。MBCdeg related activities are published in Japanese in the Journal of the Lactobacillus Society of Japan,"Gene Discovery Research (Chapter 18),""R Markdown (Chapter 19)," and "RNA-seq Research Properties and Statistics (Chapter 20)."