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タッチサンプルからの単一細胞やヒト常在微生物叢を標的とした個人識別法の開発

开发针对接触样本中的单细胞和常驻人类微生物群的个人识别方法

基本信息

批准号：
22K10600
负责人：
浅利優
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Asahikawa Medical College
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

次世代シークエンサーを用いた個人識別に有効な一塩基多型（SNP）解析法の構築および効率的な細胞単離法の検討を行った。まず、常染色体上にあり、日本人集団においてヘテロ接合度が高く、互いに3センチモルガン程度離れて位置するSNPを対象として検索した。これらのSNPのうち、1153座位を含むプライマーセットを用い、健常な日本人158人より採取した口腔内細胞から次世代シークエンサーiSeq 100（イルミナ）を使用して型判定を行った。1反応あたり10ngのDNAを使用し、AmpliSeq Library PLUS for Illumina（イルミナ）を用いてマニュアルに従って行うことでライブラリー調製を行い、8から12検体を一度に解析した。検出できない領域および平均深度が低い領域を除いて1100座位を選択可能であった。1100座位の平均深度は417、ヘテロ接合体の2つのシグナルの比であるアリルカバレッジレシオは0.8以上が99%と高い数値であった。また、細胞の単離および回収は口腔内細胞を採取直後にゲルフィルム（Gel-Pak）に圧着させ、トリパンブルーで染色したものを試料として、顕微鏡観察下で細胞1つを採取する方法を検討した。微細作業にはメカニカルマニュピュレーターであるラビトル3D（マイクロサポート）を使用した。単一細胞の確認は採取したものを溶解後にSTR型解析により行った。タングステンニードルによる採取、真空吸着法、精密ピンセットによる把持を比較したところ、精密ピンセットを用いた採取が短時間かつ確実に採取可能であることが確認できた。

The next generation of individual identification is discussed in the construction of a multi-type (SNP) analysis method and a cell separation method with high efficiency. The SNP is located on the autosome and the Japanese population has a high degree of conjugation and a high degree of separation. 1153 seats are included in the use of the SNP, 158 healthy Japanese, 100 healthy Japanese, and 100 healthy Japanese. 1. Use AmpliSeq Library PLUS for Illumina (10ng). The average depth of the field is 1100 seats. The average depth of 1100 seats is 417, and the ratio of the number of joints is more than 0.8. 99% is higher than that of the number of joints. The method of cell culture is discussed in Gel-Pak, Gel-Pak, Gel-Pak. Micro-spy industry is used for the purpose of 3D (micro-spy industry) STR analysis was performed after the identification of a single cell. The vacuum adsorption method, the precision adsorption method, the control method, the precision adsorption method, the short time, the accurate adsorption method, the possible adsorption method, the accurate adsorption method, the accurate adsorption method.