タッチサンプルからの単一細胞やヒト常在微生物叢を標的とした個人識別法の開発

开发针对接触样本中的单细胞和常驻人类微生物群的个人识别方法

• 批准号: 22K10600
• 负责人: 浅利 優
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Asahikawa Medical College
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K10600/
• 关键词: タッチサンプル; 個人識別; 一塩基多型; シングルセル; 常在微生物叢; 次世代シークエンサー; ヒト常在微生物叢

次世代シークエンサーを用いた個人識別に有効な一塩基多型（SNP）解析法の構築および効率的な細胞単離法の検討を行った。まず、常染色体上にあり、日本人集団においてヘテロ接合度が高く、互いに3センチモルガン程度離れて位置するSNPを対象として検索した。これらのSNPのうち、1153座位を含むプライマーセットを用い、健常な日本人158人より採取した口腔内細胞から次世代シークエンサーiSeq 100（イルミナ）を使用して型判定を行った。1反応あたり10ngのDNAを使用し、AmpliSeq Library PLUS for Illumina（イルミナ）を用いてマニュアルに従って行うことでライブラリー調製を行い、8から12検体を一度に解析した。検出できない領域および平均深度が低い領域を除いて1100座位を選択可能であった。1100座位の平均深度は417、ヘテロ接合体の2つのシグナルの比であるアリルカバレッジレシオは0.8以上が99%と高い数値であった。また、細胞の単離および回収は口腔内細胞を採取直後にゲルフィルム（Gel-Pak）に圧着させ、トリパンブルーで染色したものを試料として、顕微鏡観察下で細胞1つを採取する方法を検討した。微細作業にはメカニカルマニュピュレーターであるラビトル3D（マイクロサポート）を使用した。単一細胞の確認は採取したものを溶解後にSTR型解析により行った。タングステンニードルによる採取、真空吸着法、精密ピンセットによる把持を比較したところ、精密ピンセットを用いた採取が短時間かつ確実に採取可能であることが確認できた。

Next generation シ ー ク エ ン サ ー を with い た personal identification に have sharper な type a salt Quito (SNP) analytical method の build お よ び sharper rate 単 な cells from method の 検 line for を っ た. ま ず, autosomal に あ り, Japanese set 団 に お い て ヘ テ ロ joint degrees high が く, mutual い に 3 セ ン チ モ ル ガ ン degree from れ て position す る SNP を like と seaborne し て 検 cable し た. こ れ ら の SNP の う ち, 1153 seat を む プ ラ イ マ ー セ ッ ト を い, nutrilite な 158 Japanese people often よ り take し た cells in oral cavity か ら nextgen シ ー ク エ ン サ ー follow 100 (イ ル ミ ナ) を use し line judge を っ て type た. Anti 応 あ た り を use し, 10 ng の DNA AmpliSeq Library PLUS for Illumina (イ ル ミ ナ) を with い て マ ニ ュ ア ル に 従 っ て line う こ と で ラ イ ブ ラ リ ー modulation を い, 8 か ら 12 検 body を once に parsing し た. 検 out で き な い field お よ び low average depth が を except い い field て 1100 - seat を sentaku may で あ っ た. 1100 - seat の は 417, average depth ヘ テ ロ gametes の 2 つ の シ グ ナ ル の than で あ る ア リ ル カ バ レ ッ ジ レ シ オ は 0.8 high above 99% が と い the numerical で あ っ た. ま た, cell の 単 from お よ び back 収 は を oral cells take straight after に ゲ ル フ ィ ル ム (Gel - Pak) に 圧 the さ せ, ト リ パ ン ブ ル ー で dyeing し た も の を sample と し て, 顕 micromirror 観 examine で cells under 1 つ を take す る method を beg し 検 た. Micro operation に は メ カ ニ カ ル マ ニ ュ ピ ュ レ ー タ ー で あ る ラ ビ ト ル 3 d (マ イ ク ロ サ ポ ー ト) を use し た. Youdaoplaceholder0 one cell <s:1> confirmation た is carried out by using た た <s:1> を を to dissolve を and then にSTR type analysis によ った. タ ン グ ス テ ン ニ ー ド ル に よ る method, precision and vacuum sorption ピ ン セ ッ ト に よ る holding を compare し た と こ ろ, precision ピ ン セ ッ ト を with い た take が short か つ indeed be に may take で あ る こ と が confirm で き た.