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Dissecting biosynthetic machineries of natural peptides leading to structural and functional diversities.

剖析天然肽的生物合成机制，导致结构和功能的多样性。

基本信息

批准号：
22H04976
负责人：
大利徹
金额：
$ 108.33万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-27 至 2027-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

天然ペプチド化合物に構造・機能多様性をもたらす以下の新規酵素と生合成機構に着目し解析行った。①一部細菌は、ペプチドグリカン生合成で、MurLが中間体UDP-MurNAc-L-Ala-L-Gluの末端L-Gluを異性化する。MurLの反応機構解明のためのX線結晶構造解析に必要な反応中間体を保護基がついた状態まで合成した。②ペプチドMS-271の生合成においてMslHがプレカーサーペプチドのＣ末端L-TrpをD体に異性化する。その反応機構解明のため結晶構造解析を行った結果、Ca2+に依存した酸塩基触媒反応によることが分かった。③grisemycinはリボソームで生合成されるが複数のDアミノ酸を含む。生合成遺伝子クラスターを異種宿主で発現させた結果、D体アミノ酸を含むgrisemycinが生産されたことから、クラスター中、唯一機能未知のL遺伝子産物が関与すると推定された。④ポリグルタミン酸は4つの膜酵素PgsABCEにより合成されるが詳細な機構は不明である。これまでにL-Gluの重合反応と続く異性化反応によりD-Gluが導入されることを実証した。PgsAが上述のMslH と相同性を示すことから、PgsAの推定活性領域に変異導入した結果、D-Glu比率が変化したことから、PgsAがエピメリ化反応を触媒すると示唆された。⑤negamycinのヒドラジド(N-N-C=O)構造の生成機構を明らかにすることを目的に、これまでN-N結合形成への関与が示されている亜硝酸生成酵素の相同遺伝子を破壊した結果、negamycinの生産が消失したことから、ヒドラジド構造の形成にも亜硝酸が関与することが分かった。⑥ ベラクトシンはシクロプロピルアラニン構造を有する。その生合機構はBelKがL-リジンから6-ニトロノルロイシンへの酸化反応を触媒し、BelLが6-ニトロノルロイシンからニトロシクロプロピルアラニンへの環化反応を触媒することが分かった。

The structural and functional diversity of natural compounds is characterized by the following new enzyme synthesis mechanisms: (1) A part of bacteria can synthesize UDP-MurNAc-L-Ala-L-Glu and transform it into L-Glu. Murl's reaction mechanism is necessary for the analysis of X-ray crystal structure of Murl's reaction intermediate. (2) The C-terminal L-Trp and D-body of MS-271 were mutated during the synthesis of MS-271. Analysis of crystal structure and Ca2 +-dependent acid-based catalyst reaction 3. grisemycin is produced in the form of a complex acid. The results of the discovery of synthetic DNA in heterogeneic hosts, the identification of DNA with grisemycin, the identification of DNA with unknown unique function, and the identification of DNA with unknown function. 4. The structure of PgsABCE is unknown. The L-Glu overlap and heteromorphic overlap and the D-Glu overlap and heteromorphic overlap are realized. PgsA is the same as MslH, PgsA is different from MslH, PgA is different from MslH, PgsA is different from MslH, PgA is different from MslH, PgsA is different from MslH, PgA is different from MslH 5. The mechanism for the formation of a negative-N-C (N-N-C=O) structure is clearly related to the purpose, the relationship between the formation of N-N bonds and the expression of the same gene of a nitric acid-producing enzyme. As a result, the production of negative-N disappears, and the formation of a negative-N structure is related to the formation of nitric acid. 6. The structure of the structure. The synthesis mechanism of Belk is a catalyst for acidification reaction and a catalyst for cyclization reaction.