ニホンカモシカの全ゲノム解読および地理的遺伝構造の解明

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群馬県で収集されたニホンカモシカ標本360個体のDNA抽出を完了した。全個体においてミトコンドリアDNAのd-loop領域の配列を解読し、Gunma-1;からGunma-15までの15種類のハプロタイプに分類した。これらの配列はすでにDDBJを介してLC652839 からLC652849 および LC730806から LC730809のアクセッション番号で公開している。また、先行して取得した、ニホンカモシカのオス１個体(個体番号VM20-03)の全ゲノムのショートリードNGS（ 360.5Gbの配列情報）に関して、カモシカ属では、アラインメントに必要なリファレンス配列が存在しないためバイオインフォマテックス支援を受けるために、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設の公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT2022」として、DS施設・ゲノムデータ解析支援センターにおいて、Platanusによるゲノムアセンブリを行った。これを、入手可能な生物の中で最も近縁なヤギ（Capra hircus）のリファレンスゲノム (GCA_015443085.1)と比較すると、全体で平均97％の相同性があった。さらに、ヤギゲノムの染色体を参照してコンティグ整列と結合を行い常染色体とX染色体のほぼ全領域に対応することができた。またＹ染色体では偽常染色体領域およびその近傍に存在するZFYやAMELY遺伝子ではヤギのリファレンスゲノムと高い相同性を持つコンティグ配列が構築できた。次に、mtDNAの分析で関東平野を挟んだ東西地域間で集団構成が大きく異なることに注目し、西側から14個体、東側から11個体の合計25個体（全て雄）のPE150マルチプレックスNGSを行い、総計960 Gb（１個体平均38Gb）の配列データを取得した。この配列情報にいて現在分析を継続している。