权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

ニホンカモシカの全ゲノム解読および地理的遺伝構造の解明

日本鬣羚的全基因组测序和地理遗传结构的阐明

基本信息

批准号：
22K05695
负责人：
田中和明
金额：
$ 2.5万
依托单位：
Azabu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

群馬県で収集されたニホンカモシカ標本360個体のDNA抽出を完了した。全個体においてミトコンドリアDNAのd-loop領域の配列を解読し、Gunma-1;からGunma-15までの15種類のハプロタイプに分類した。これらの配列はすでにDDBJを介してLC652839 からLC652849 および LC730806から LC730809のアクセッション番号で公開している。また、先行して取得した、ニホンカモシカのオス１個体(個体番号VM20-03)の全ゲノムのショートリードNGS（ 360.5Gbの配列情報）に関して、カモシカ属では、アラインメントに必要なリファレンス配列が存在しないためバイオインフォマテックス支援を受けるために、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設の公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT2022」として、DS施設・ゲノムデータ解析支援センターにおいて、Platanusによるゲノムアセンブリを行った。これを、入手可能な生物の中で最も近縁なヤギ（Capra hircus）のリファレンスゲノム (GCA_015443085.1)と比較すると、全体で平均97％の相同性があった。さらに、ヤギゲノムの染色体を参照してコンティグ整列と結合を行い常染色体とX染色体のほぼ全領域に対応することができた。またＹ染色体では偽常染色体領域およびその近傍に存在するZFYやAMELY遺伝子ではヤギのリファレンスゲノムと高い相同性を持つコンティグ配列が構築できた。次に、mtDNAの分析で関東平野を挟んだ東西地域間で集団構成が大きく異なることに注目し、西側から14個体、東側から11個体の合計25個体（全て雄）のPE150マルチプレックスNGSを行い、総計960 Gb（１個体平均38Gb）の配列データを取得した。この配列情報にいて現在分析を継続している。

The DNA of 360 individuals was extracted from the collected samples. The sequence of DNA in the d-loop domain of the whole organism is classified into 15 species: Gunma-1; Gunma-15. The configuration of the DDBJ is now open to the public from LC652839 to LC652849 and from LC730806 to LC730809また、先行して取得した、ニホンカモシカのオス1个体(Individual ID VM20 -03) and all required configuration options for NGS (360.5Gb of allocation information) Related information, such as the nature of the problem, the need for the problem allocation, the existence of the problem allocation, the support of the problem allocation, the university common use organization corporate information, the system research organization common use base implementation of the public offering joint research "ROIS-DS-JOINT2022" and so on. DS implementation: The solution supports the system, Platanus, etc. The similarity between the most closely related species (Capra hircus) and the most closely related species (GCA_015443085.1) is 97% on average. In addition, by referencing the chromosomes of the human genome, we can coordinate the entire field of autosomes and X chromosomes. The Y-chromosome has a pseudoautosomal domain and is closely related to ZFY and AMELY genes. In addition, mtDNA analysis of Kanto Hirano region between the east and west regions of the cluster composition of large differences, the west side of the 14 individuals, the east side of the 11 individuals, a total of 25 individuals (all male) PE150, a total of 960 Gb (1 individual average 38Gb) of the array was obtained. This information is now available for analysis.