脊椎動物はいつキチンを失い、粘液層定着型の腸内細菌との共生関係を成立させたか？

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本研究は、脊椎動物の消化管表面の構造・成分・細菌叢の比較を通じて、キチンバリア免疫機構が脊椎動物のどの進化段階で喪失したかを明らかにし、派生的な「粘液層定着型の腸内細菌との共生関係」が成立した過程を再検討する。本年は、脊椎動物に最も近縁な無脊椎動物であるホヤの仲間カタユウレイボヤ(Ciona intestinalis type A)を用いて、そのキチンバリア内外の細菌叢の解析を行った。脊椎動物から得られたデータを解釈するための基準として機能する外群としての位置づけである。スワブを用いた菌体の採取法の再検討を行い、より微細な検体からも安定的に菌叢を採取できるようになった。採取した菌叢からの核酸抽出には、通常の試薬に比べて細菌の混入が少ないことが保証されている試薬を導入したことにより、安定的に結果が得られるようになっている。PCR法による増幅・次世代シーケンサーを用いた塩基配列情報の取得は、タグ配列を活用することで一回のシーケンスランあたりの検体処理数を増やせた結果、効率よくデータが出せるようになった。バイオインフォの手法による塩基配列情報の解析は、日進月歩の分野であり、新しい解析手法やソフトウェアを活用することにより、より信頼性の高い結果が得られている。このように、概ね当初の計画通り、作業を推し進めることができた。今後、マンパワーの不足・解析時間の縮小が予想されるため、より一層の効率化を図ることが大切であると考えている。