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最新多角的オミックス解析を用いた慢性活動性EBV感染症の病態解析研究

利用最新多组学分析进行慢性活动性EBV感染的病理分析研究

基本信息

批准号：
22K07211
负责人：
加藤格
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07211/
关键词：
CAEBV オミックス解析シングルセル解析

项目摘要

今回、CAEBVの発症メカニズムを明らかにするため、CAEBV-NK型患者27名を対象に、メチル化アレイ解析、RNAシーケンス、全ゲノムまたはエクソームシーケンスを実施した。さらには10x genomics社が提供しているシングルセル解析プラットフォームであるChromiumシステムを用いて、シングルセルレベルでのEBV感染細胞の同定を試みた。CAEBV-NK型は、コントロール（伝染性単核球症：n=4、健康なボランティア：n=2）と比較して、CpGアイランドDNAの高メチル化が特徴的であった。特に、3分の1の患者（n=9）は、CpGアイランドメチル化表現型（CIMP）と呼ばれる、より広範囲なメチル化過剰表現を示し、いくつかの癌抑制因子の転写サイレンシングを有していた。変異解析の結果、CIMP陽性患者はCIMP陰性患者よりもはるかに高い腫瘍変異負荷を持っていた（1例あたりの変異数は40.25対5.75、p<0.0001）。さらに、本コホートで病勢進行により死亡した患者はすべてCIMP陽性であった（4/9、44.4％）。特に、そのうちの2人はARID1Aのナンセンス変異を、残りの2人はPD-L1の構造変異を有していた。T型とNK型の両方を含むCAEBV患者40人の拡大コホートに対するターゲットディープシーケンスでも、ARID1Aのナンセンス変異またはPD-L1の構造変異を有する2例が追加的に同定された。興味深いことに、これらの患者はすべて疾患増悪のため死亡していた。またシングルセル解析においては、3994細胞が解析され、1379細胞で構成されるクラスターが、遺伝子と表面抗原の発現パターンからNK細胞と同定された。EBER1が高発現した細胞はいずれもNK細胞に認められ、684細胞(NK細胞中の49.6%)で構成されるクラスターを形成していた。

In this paper, CAEBV and CAEBV-NK type patients 27 cases of target, analysis, RNA, all kinds of disease, the implementation of the system. In addition, 10x genomics provides a method for identifying EBV-sensitive cells in the presence of Chromium. CAEBV-NK type DNA, CpG type DNA. In particular, 1 out of 3 patients (n=9) had a CpG miscellany phenotype (CIMP) and a cancer suppressor gene miscellany phenotype (CIMP). The difference analysis showed that CIMP positive patients had higher tumor burden than CIMP negative patients (P<0.0001). CIMP was positive (4/9, 44.4%). The two of them are different from each other in ARID1A and PD-L1. T-type and NK types include 40 CAEBV patients, and 2 additional cases of PD-L1 structural differences. The patient is sick and dying. In addition, 3994 cells were analyzed and 1379 cells were composed of NK cells and surface antigens. EBER-1 is highly expressed in NK cells, and 684 cells (49.6% of NK cells) constitute the majority of NK cells.