Lynch-like syndrome include hereditary cases difficult to diagnose.

本年度は、腫瘍を入手可能な院内の症例について、腫瘍におけるMMR遺伝子のバリアントを解析した。その結果、Somaticにデータベースからも明らかな病的変異が存在し、さらに腫瘍含有率や周辺のCommon variantsのバリアントアレル頻度（VAF）からヘテロ接合性の消失（LOH）が起こっていると考えられる症例もあったが、腫瘍において病的意義不明（VUS）の変異が2hitで見られる症例等研究計画立案段階では少数と思われた症例がいくつか見つかった。当初予定されていたVUSを評価するプロジェクトに対する予算が付かなかったこともあり、我々はVUSの機能解析の重要性を考え、HAP1細胞にVUSのバリアントを導入し、6TG添加による細胞生存を解析する実験系を並行して立ち上げることとした。また、腫瘍を入手できない院外の症例については、まず免疫染色においてMLH1の欠失が見られる15症例ほどでMLH1プロモーター領域のメチル化解析を行った結果、2例でGermlineのメチル化を認めた。さらに免疫染色においてMSH2の欠失が見られる症例で、40歳以下で腫瘍を発症している症例に対して、EPCAM遺伝子エクソン9から、MSH2遺伝医の下流までの領域を約15kbpの7領域に分けてそれぞれLong PCRを行うプライマーを設計し、解析を行った。Inversion等の変化は検出されなかったが、3症例においてレアなバリアントをイントロンに検出した。イントロンのバリアントはスプライシング以外にも転写への影響が報告されているため、今後解析対象とする。

本年度は、腫瘍を入手可能な院内の症例について、腫瘍におけるMMR遺伝子のバリアントを解析した。その結果、Somaticにデータベースからも明らかな病的変異が存在し、さらに腫瘍含有率や周辺のCommon variantsのバリアントアレル頻度（VAF）からヘテロ接合性の消失（LOH）が起こっていると考えられる症例もあったが、腫瘍において病的意義不明（VUS）の変異が2hitで見られる症例等研究計画立案段階では少数と思われた症例がいくつか見つかった。当初予定されていたVUSを評価するプロジェクトに対する予算が付かなかったこともあり、我々はVUSの機能解析の重要性を考え、HAP1細胞にVUSのバリアントを導入し、6TG添加による細胞生存を解析する実験系を並行して立ち上げることとした。また、腫瘍を入手できない院外の症例については、まず免疫染色においてMLH1の欠失が見られる15症例ほどでMLH1プロモーター領域のメチル化解析を行った結果、2例でGermlineのメチル化を認めた。さらに免疫染色においてMSH2の欠失が見られる症例で、40歳以下で腫瘍を発症している症例に対して、EPCAM遺伝子エクソン9から、MSH2遺伝医の下流までの領域を約15kbpの7領域に分けてそれぞれLong PCRを行うプライマーを設計し、解析を行った。Inversion等の変化は検出されなかったが、3症例においてレアなバリアントをイントロンに検出した。イントロンのバリアントはスプライシング以外にも転写への影響が報告されているため、今後解析対象とする。