新規動的分子ネットワーク解析で紐解く小脳失調症の超早期病態

新型动态分子网络分析揭示小脑共济失调的超早期病理学

• 批准号: 22K07365
• 负责人: 藤田 慶大
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07365/
• 关键词: iPS細胞; プルキンエ細胞; RNA-seq; ネットワーク解析; 神経変性疾患; 脊髄小脳失調症１型; 次世代シーケンス解析; 動的分子ネットワーク解析

本年度は、北海道大学・慶應義塾大学との共同研究により樹立した脊髄小脳失調症１型(SCA1)患者由来iPS細胞について、核型解析、ES細胞マーカー(Oct3/4, SSEA-4, Tra1-60)による免疫細胞染色、三胚葉分化マーカー(betaIII-tubulin, alpha-fetoprotein, alpha-SMA)による免疫細胞染色、グルタミンリピート数解析 (fragment解析)を実施した。SCA1-iPS細胞に核型異常は見られなかったほか、三胚葉分化能にも異常はみられなかった。グルタミンリピート数は、複数のクローンで41-47リピートであった。さらに、iPS細胞から、EB(embryonic body)、プルキンエ細胞へ分化することに成功した。また、これら三種類の細胞からRNAを抽出して、RNA-sequenceを実施した。iPS細胞とembryoid bodyは、単独培養下で回収した。プルキンエ細胞は、マウスフィーダー細胞（マウス菱脳唇由来顆粒細胞）と二層培養後、プルキンエ細胞マーカーによる免疫染色後、FACSにより細胞を回収した。現在、各フェーズにおける遺伝子発現変化を、正常およびSCA1患者由来細胞で比較し、時系列データの動的分子ネットワーク解析を開始している。

This year, we conducted karyotype analysis, immunocytogenetic staining with ES cell markers (Oct3/4, SSEA-4, Tra1-60), immunocytogenesis staining with trigerm differentiation markers (betaIII-tubulin, alpha-fetoprotein, alpha-SMA) and analysis of glutamine repeat counts (fragment analysis) on iPS cells derived from spinocerebellar ataxia 1型（SCA1）患者，与北海道大学和Keio大学合作建立。在SCA1-IPS细胞中未观察到核型异常，并且在触觉分化能力中未观察到异常。多个克隆的谷氨酰胺重复次数为41-47重复。此外，我们成功地从IPS细胞到EB（胚胎体）和Purkinje细胞了。此外，从这三种类型的细胞中提取RNA，并进行了RNA序列。在单个培养物中收获IPS细胞和胚胎体。将Purkinje细胞与小鼠喂食器细胞（衍生自小鼠菱形的颗粒细胞）培养，并用Purkinje细胞标记物进行免疫染色，然后通过FACS恢复。当前，我们正在将每个阶段的基因表达变化与来自正常和SCA1患者的细胞进行比较，我们开始分析时间序列数据的动态分子网络。