新規動的分子ネットワーク解析で紐解く小脳失調症の超早期病態

新型动态分子网络分析揭示小脑共济失调的超早期病理学

• 批准号: 22K07365
• 负责人: 藤田 慶大
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07365/
• 关键词: iPS細胞; プルキンエ細胞; RNA-seq; ネットワーク解析; 神経変性疾患; 脊髄小脳失調症１型; 次世代シーケンス解析; 動的分子ネットワーク解析

本年度は、北海道大学・慶應義塾大学との共同研究により樹立した脊髄小脳失調症１型(SCA1)患者由来iPS細胞について、核型解析、ES細胞マーカー(Oct3/4, SSEA-4, Tra1-60)による免疫細胞染色、三胚葉分化マーカー(betaIII-tubulin, alpha-fetoprotein, alpha-SMA)による免疫細胞染色、グルタミンリピート数解析 (fragment解析)を実施した。SCA1-iPS細胞に核型異常は見られなかったほか、三胚葉分化能にも異常はみられなかった。グルタミンリピート数は、複数のクローンで41-47リピートであった。さらに、iPS細胞から、EB(embryonic body)、プルキンエ細胞へ分化することに成功した。また、これら三種類の細胞からRNAを抽出して、RNA-sequenceを実施した。iPS細胞とembryoid bodyは、単独培養下で回収した。プルキンエ細胞は、マウスフィーダー細胞（マウス菱脳唇由来顆粒細胞）と二層培養後、プルキンエ細胞マーカーによる免疫染色後、FACSにより細胞を回収した。現在、各フェーズにおける遺伝子発現変化を、正常およびSCA1患者由来細胞で比較し、時系列データの動的分子ネットワーク解析を開始している。

This year, a joint study conducted by Hokkaido University and Keio University established the origin of iPS cells, karyotype analysis, ES cell differentiation (Oct3/4, SSEA-4, Tra1-60), immune cell staining, triembryonic differentiation (betaIII-tubulin, alpha-fetoprotein, alpha-SMA), immune cell staining, and fragment analysis. SCA1-iPS cells have abnormal karyotype and triembryonic differentiation. 41-47:41:4 In addition, iPS cells, EB(embryonic body) and IPL cells were successfully differentiated. RNA extraction and RNA-sequence implementation in three types of cells iPS cells and embryo bodies were recovered in culture alone. After two-layer culture, the cells were recovered by FACS. Now, the molecular evolution of each gene in different regions of the world, normal and SCA1 patients, is beginning to analyze the molecular evolution of each gene in different regions.