網羅的菌叢解析を用いた慢性下気道感染症の病態の解明

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2022年度は非結核性抗酸菌症を疑う慢性下気道感染症患者に対して、クローンライブラリー法を用いたSanger法による細菌叢解析を行った。対象患者の病変部の気管支肺胞洗浄液を用いて、16S ribosomal RNA遺伝子におけるV3-V5の超可変領域をターゲットとするE341F-E907Rをプライマーとした解析だけでなく、抗酸菌特異的な可変領域をターゲットとするプライマーを用いた解析を行うことで非結核性抗酸菌の検出の精度を上げた。この手法を用いることで、慢性下気道感染症患者の下気道細菌叢、及び抗酸菌感染の有無、複数抗酸菌種の混合感染の有無を調査した。本手法では、複数菌種を同時に評価できる利点に加えて、通常は抗酸菌の菌種同定を行う場合だと菌が培養されるまで数週間かかりその後も同定を行うまでにさらなる時間を要するが、本手法だと検体採取後数日間で菌種の推定を行うことが可能となる利点がある。上記手法による慢性下気道感染症患者の病変部の気管支肺胞洗浄液の細菌叢解析、及び臨床所見との比較を行った結果、非結核性抗酸菌が検出された群の方が検出されなかった群に比較して、細菌叢における嫌気性菌の占める割合（特にPrevotella属の占める割合）が高値となる事を確認する事ができている。また、非結核性抗酸菌が複数菌種検出される症例が一定数存在する事を確認出来ており、この非結核性抗酸菌が複数菌種検出される症例と単一菌種のみが検出される症例とにおいて画像所見、臨床症状の差異について比較すると、複数抗酸菌種が検出された群において臨床症状の改善が乏しく、画像所見が悪化しやすい傾向にある事を確認出来ている。また、非結核性抗酸菌を複数菌種検出された症例の一部では抗酸菌培養を延長する事で複数菌種の非結核性抗酸菌の菌株を同時に確認出来ている。