Establishment and clinical application of CSF liquid biopsy using long-read next-generation sequencer.
长读长新一代测序仪脑脊液液体活检的建立及临床应用
基本信息
- 批准号:22K09227
- 负责人:
- 金额:$ 2.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2025-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
長鎖シーケンサーでの髄液リキッドバイオプシーを行う前に、予備実験として短鎖シーケンサーでの髄液リキッドバイオプシーを、腫瘍症例において行った。類上皮膠芽腫患者の髄液中の循環腫瘍細胞から抽出したDNAの全エキソームシーケンスを行い、BRAF V600E 変異が検出可能であることを証明した。原発性びまん性軟髄膜黒色腫症患者の循環腫瘍細胞からも、同様にしてNRAS Q61R 変異を検出した。前者では遠沈・濃縮した腫瘍細胞を含む髄液からDNA抽出行い、イルミナNovaSeq600にてシーケンスを行い、DRAGEN Bio-IT Platform/Trimmomatic/Strelka2/SnpEff/SIFTを用いて解析を行った。後者では遠沈した腫瘍細胞塊をホルマリン固定後、一旦セルブロックとしてパラフィン包埋したFFPE標本からDNA抽出を行い、イオントレントIon PGM Dxにてシーケンスを行い、Torrent Suite Dx Softwareを用いて解析を行った。また、更なる患者検体の収集のために Medical Science Digest 2022年8月臨時増刊号において、『髄液リキッドバイオプシー』と題した総説を書き綴り、広く他医療機関に研究への参加を呼び掛けた。加えて新たに、研究分担者として広島大学(放射線災害・医科学研究機構)の川島友莉先生に、研究協力者として千葉大学(医学部附属病院)の中野茂樹先生に、本研究で協働いただく準備を行った。
Long locks シ ー ケ ン サ ー で の marrow fluid リ キ ッ ド バ イ オ プ シ ー を line う に, to be prepared before 験 と し て short lock シ ー ケ ン サ ー で の marrow fluid リ キ ッ ド バ イ オ プ シ ー を cases, swollen sores に お い て line っ た. Class references on patients with buds swell の の cycle swollen sores cells in marrow liquid か ら spare し た DNA の full エ キ ソ ー ム シ ー ケ ン ス を い, mutated BRAF V600E - different が 検 makes possible で あ る こ と を prove し た. In patients with primary びまん acute myeloma, circulating abscess cells ら ら ら, the same に <s:1> てNRAS Q61R change を検 た た. The former で は far shen, enrichment し を た swollen sores cells contain む marrow fluid か ら DNA extraction い, イ ル ミ ナ NovaSeq600 に て シ ー ケ ン ス を い, DRAGEN Bio - IT Platform/Trimmomatic Strelka2 SnpEff/SIFT を with い analytical line を っ て た. The latter で は far shen し た swollen sores cell block を ホ ル マ リ ン fixed after, once the セ ル ブ ロ ッ ク と し て パ ラ フ ィ ン embedding し た FFPE specimen か ら DNA extraction を い, イ オ ン ト レ ン ト Ion PGM Dx に て シ ー ケ ン ス を い, Torrent Suite Dx Softwareを parses を lines った with て て. ま た, more な 検 る patients body の 収 set の た め に Medical Science Digest in August 2022, a temporary issue に お い て, "marrow fluid リ キ ッ ド バ イ オ プ シ ー" と topic し た 総 said を book き compose り, hiroo く his Medical machine masato に research へ の attend を shout び hang け た. Add え て new た に, research sharers と し て hiroo island university (radiation hazards) scientific research institutions の kawashima friend Mr Li に, study together と し て chiba university (medical) affiliated hospital の nakano, Mr Tree に, this study で association 働 い た だ く preparation line を っ た.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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