Establishment and clinical application of CSF liquid biopsy using long-read next-generation sequencer.

长读长新一代测序仪脑脊液液体活检的建立及临床应用

基本信息

  • 批准号:
    22K09227
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.66万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2022-04-01 至 2025-03-31
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

長鎖シーケンサーでの髄液リキッドバイオプシーを行う前に、予備実験として短鎖シーケンサーでの髄液リキッドバイオプシーを、腫瘍症例において行った。類上皮膠芽腫患者の髄液中の循環腫瘍細胞から抽出したDNAの全エキソームシーケンスを行い、BRAF V600E 変異が検出可能であることを証明した。原発性びまん性軟髄膜黒色腫症患者の循環腫瘍細胞からも、同様にしてNRAS Q61R 変異を検出した。前者では遠沈・濃縮した腫瘍細胞を含む髄液からDNA抽出行い、イルミナNovaSeq600にてシーケンスを行い、DRAGEN Bio-IT Platform/Trimmomatic/Strelka2/SnpEff/SIFTを用いて解析を行った。後者では遠沈した腫瘍細胞塊をホルマリン固定後、一旦セルブロックとしてパラフィン包埋したFFPE標本からDNA抽出を行い、イオントレントIon PGM Dxにてシーケンスを行い、Torrent Suite Dx Softwareを用いて解析を行った。また、更なる患者検体の収集のために Medical Science Digest 2022年8月臨時増刊号において、『髄液リキッドバイオプシー』と題した総説を書き綴り、広く他医療機関に研究への参加を呼び掛けた。加えて新たに、研究分担者として広島大学(放射線災害・医科学研究機構)の川島友莉先生に、研究協力者として千葉大学(医学部附属病院)の中野茂樹先生に、本研究で協働いただく準備を行った。
Long locks シ ー ケ ン サ ー で の marrow fluid リ キ ッ ド バ イ オ プ シ ー を line う に, to be prepared before 験 と し て short lock シ ー ケ ン サ ー で の marrow fluid リ キ ッ ド バ イ オ プ シ ー を cases, swollen sores に お い て line っ た. Class references on patients with buds swell の の cycle swollen sores cells in marrow liquid か ら spare し た DNA の full エ キ ソ ー ム シ ー ケ ン ス を い, mutated BRAF V600E - different が 検 makes possible で あ る こ と を prove し た. In patients with primary びまん acute myeloma, circulating abscess cells ら ら ら, the same に <s:1> てNRAS Q61R change を検 た た. The former で は far shen, enrichment し を た swollen sores cells contain む marrow fluid か ら DNA extraction い, イ ル ミ ナ NovaSeq600 に て シ ー ケ ン ス を い, DRAGEN Bio - IT Platform/Trimmomatic Strelka2 SnpEff/SIFT を with い analytical line を っ て た. The latter で は far shen し た swollen sores cell block を ホ ル マ リ ン fixed after, once the セ ル ブ ロ ッ ク と し て パ ラ フ ィ ン embedding し た FFPE specimen か ら DNA extraction を い, イ オ ン ト レ ン ト Ion PGM Dx に て シ ー ケ ン ス を い, Torrent Suite Dx Softwareを parses を lines った with て て. ま た, more な 検 る patients body の 収 set の た め に Medical Science Digest in August 2022, a temporary issue に お い て, "marrow fluid リ キ ッ ド バ イ オ プ シ ー" と topic し た 総 said を book き compose り, hiroo く his Medical machine masato に research へ の attend を shout び hang け た. Add え て new た に, research sharers と し て hiroo island university (radiation hazards) scientific research institutions の kawashima friend Mr Li に, study together と し て chiba university (medical) affiliated hospital の nakano, Mr Tree に, this study で association 働 い た だ く preparation line を っ た.

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
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足立 明彦其他文献

頸部頸動脈狭窄に対する集学的治療と長期成績
颈动脉狭窄的多学科治疗及长期效果
  • DOI:
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    0
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  • 通讯作者:
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  • 发表时间:
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  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    吉田 陽一;小林 英一;久保田真彰;足立 明彦;岩立 康男
  • 通讯作者:
    岩立 康男
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  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
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  • 通讯作者:
    岩立康男
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
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  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
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相似海外基金

腫瘍細胞由来エクソソームに内包するmicroRNAを対象とした体液生検法の開発
开发针对肿瘤细胞来源的外泌体中含有的microRNA的体液活检方法
  • 批准号:
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遺伝子多型による発がんハイリスク者を対象にした体液生検がん早期診断システムの構築
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    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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