骨軟部感染症に対するナノポアシークエンサーを用いた薬剤耐性菌と感染経路の同定

使用纳米孔测序仪鉴定骨和软组织感染的耐药细菌和感染途径

基本信息

批准号：
22K09311
负责人：
崔賢民
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Yokohama City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本研究の目的は、ナノポアシーケンサーMinION MK1Cを用いて骨軟部感染患者の原因菌と薬剤耐性の同定が可能かについて検証し、抗菌薬選択へ応用にすることと、これらの患者の内因性感染の経路の同定に使用し再感染の予防へ応用することである。これまで当院にて手術治療を行ってきた人工関節周囲感染 60例、小児化膿性関節炎 20例、脊椎関節炎患者30例において、冷凍組織からDNAの抽出を行い、16sRNA gene領域を増幅したのちにナノポアシーケンサーMinION MK1cを用いて原因菌の遺伝子診断を行なった。結果について、細菌培養検査と比較を行い、これらの骨軟部組織感染症に対する診断の精度について検証を行なったところ、細菌性DNAの濃度に依存して診断精度の上昇が認められた。これらの内容から、細菌性DNAをより効果的に抽出することが、ナノポアシーケンサーによる遺伝子診断と原因菌の同定に重要であることが示唆された。これらの内容については、2023年人工関節学会にて報告済みであり、今後、日本整形外科学会にて発表していく予定である。また、MRS-PCR結果とメチシリン耐性遺伝子をターゲットとしたナノポアシーケンサーとの結果についても解析を行った。MRS-PCRとの相同性は低く、今後シーケンシングの条件やDNAの抽出方法について検証を行なっていく必要がある。また、そのほかの薬剤耐性遺伝子を含めたシ-ケンシングについても今後条件の検討を行い、精度について検証していく予定である。内因性感染の経路の同定に関して、現在検体を集積中であり、20例を超えた時点で解析を開始する予定である。

这项研究的目的是验证是否可以鉴定骨和软组织感染患者中的病因和耐药性，并将其用于抗生素选择，并将其用于鉴定这些患者的内源性感染路线并防止再感染。在60例关节炎外感染的病例中，有20例小儿脓性关节炎和30例在我们医院接受手术治疗的脊椎关节炎病例，从冷冻组织中提取DNA，并使用nanopore nanopore siriniion niionecccccccccccccccced conted cr Inii niion concccccccccccce是从冷冻的组织中提取DNA，然后将DNA扩增。将结果与细菌培养试验进行了比较，并验证了这些骨骼和软组织感染的诊断准确性，并发现诊断准确性取决于细菌DNA的浓度。这些含量表明，使用纳米孔测序仪和鉴定病菌细菌的细菌DNA更有效地提取细菌DNA对遗传诊断很重要。这些细节已在2023年在人造关节协会中报道，并将在日本的骨科手术学会中介绍。此外，还分析了靶向甲氧西林耐药基因的纳米孔测序仪的MRS-PCR结果和结果。与MRS-PCR的同源性很低，将来有必要验证测序条件和DNA提取方法。此外，我们还将考虑进行测序的条件，包括其他耐药性基因并验证准确性。关于鉴定内源性感染途径，目前正在积累标本，分析计划在20多个病例中开始。