Identification of novel renal cancer-specific biomarkers using NGS-HiCEP method and development of measurement method for those biomarkers

使用NGS-HiCEP方法鉴定新型肾癌特异性生物标志物并开发这些生物标志物的测量方法

• 批准号: 22K09540
• 负责人: 伊藤 敬一
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Defense Medical College
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09540/
• 关键词: 包括的高感度転写産物プロファイリング; 次世代シークエンサー; 腎細胞癌; 遺伝子発現データベース; バイオマーカー; 腫瘍マーカー; リアルタイムPCR; TCGA; NGS-HiCEP法; LF-NGS-HiCEP法

本研究では包括的高感度転写産物プロファイリング(HiCEP)法に次世代シークエンサーを組み合わせた新規解析法（NGS-HiCEP法）により、腎細胞癌特異的な分子の探索を行った。NGS-HiCEP法の導入により腎癌組織の遺伝子発現データベースを効率的に構築できた。腎細胞癌6症例の癌部と肉眼的非癌部の遺伝子発現の違いを比較し、非癌部と比べて癌部において5倍以上発現が増加している12遺伝子を同定した。この12遺伝子は腎癌との関連が報告されている既知の8遺伝子に加え、腎癌との関連が報告されていない4つの新規候補遺伝子であった。遺伝子発現データベースが構築されているため、今後は様々な解析の条件下（癌組織における低悪性度と高悪性度の比較など）で遺伝子発現量を比較し、新たな候補遺伝子を同定することも可能である。この12遺伝子において、別の腎細胞癌症例のサンプルを対象としたリアルタイムPCRによる再現実験を実施し、癌部ですべての候補遺伝子の発現増加が確認できた。さらにTCGA (The Cancer Genome Atlas)データを用いて、候補遺伝子の発現量と生命予後との関連について検討を行った。候補遺伝子について、TCGAの淡明型腎細胞癌のRNAシークエンスのデータセットを用いKaplan-Meier解析を行ったところ、SCARB1とGene Cの2つが発現量と生存について有意な相関を認めた。NGS-HiCEP法が腎癌のバイオマーカーの候補を同定法として効率的で優れた手法であることが確認され、この新規の手法を世界に先駆けて報告する予定である。また、構築した腎細胞癌組織の遺伝子発現データベースを利用して様々な解析を進める予定である。

在这项研究中，我们使用一种新型分析方法（NGS-HICEP方法）搜索了针对肾细胞癌的分子，该方法将全面的敏感转录物分析（HICEP）方法与下一代测序仪结合在一起。通过引入NGS-HICEP方法，我们能够有效地为肾脏癌组织构建基因表达数据库。我们比较了六例肾细胞癌病例的癌性和非癌性区域之间基因表达的差异，并鉴定出癌性区域表达的12个基因，其表达的表达高于非癌性区域的五倍以上。这12个基因是八个已知的基因，据报道与肾癌有关，以及据报道尚未与肾癌相关的四个新候选基因。由于已经构建了基因表达数据库，因此可以比较各种条件下的基因表达水平（例如比较癌症组织中的低度和高级恶性肿瘤）并鉴定新的候选基因。使用这12个基因，对另一种肾细胞癌的样品进行了实时PCR实验，并确认所有候选基因的表达在癌症区域中有所增加。此外，我们研究了使用TCGA（癌症基因组图集）数据的候选基因表达水平与生命预后之间的关系。使用TCGA的清晰肾细胞癌的RNA序列进行了Kaplan-Meier分析，发现Scarb1和Gene C与表达水平和存活率显着相关。已经证实，NGS-HICEP方法是鉴定肾癌候选生物标志物的有效且出色的方法，我们计划首先在世界范围内报告这种新型方法。此外，将使用肾细胞癌组织的构建基因表达数据库进行各种分析。