全ゲノム比較解析に基づく分子擬態の検出

基于全基因组比较分析的分子拟态检测

• 批准号: 08874103
• 负责人: 今西 規
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08874103/
• 关键词: 分子擬態; プロテオーム; ペプチド; 重複領域; ゲノムの倍数化

本研究は、分子レベルでの擬態が寄生性の生物と宿主の間でどの程度普遍的にみられる現象であるのかを検証することを主目的とした。この目的のために、まずデータベースからさまざまな生物種の全ゲノム配列データを入手し、それをアミノ酸配列に翻訳することによって、さまざまな生物における全蛋白質配列(プロテオーム)データを用意した。平成9年2月までに、インフルエンザ菌、マイコプラズマ2種、大腸菌、らん藻、パン酵母、古細菌、各種ファージ、各種ウイルスなどのプロテオームデータを入手した。これらのプロテオームの共通性を調べるために、Hash Tableを利用して長さが2-20アミノ酸のペプチドを高速に検索できる専用プログラムを開発した。電子計算機を利用して、各生物種のプロテオームデータに対してこのプログラムを実行した。現在は、最終的な分子擬態の検出のための統計的方法論の開発を行っており、その開発に成功すれば、本研究の当初の目的であった分子擬態の検出に成功するものと予想している。今後、この研究成果を、学術論文などで発表する予定である。また、この研究の副産物として、ヒトのゲノム中には数多くの大規模な重複領域が存在するというきわめて興味深い発見をすることができた。97年2月現在、合計128カ所の重複領域を発見しており、これはヒトの遠い過去におけるゲノムの倍数化の結果であろうと考えられた。この研究成果は国際学会で発表するとともに、「ヒトゲノム重複領域データベース」としてWWW(URL : http/www.cib.nig.ac.jp/dda/timanish/dup.html)で公開している。

这项研究的主要目的是检查分子水平的模仿的程度是一种寄生生物和宿主之间普遍存在的现象。为此，通过首先从数据库中获取整个基因组序列数据，然后将其转化为氨基酸序列来制备各种生物体的全蛋白序列（蛋白质组）数据。到1997年2月，已经获得了流感嗜血杆菌的蛋白质组数据，两种种植菌，大肠杆菌，Roe藻类，贝克酵母，考古细菌，各种噬菌体和各种病毒。为了研究这些蛋白质组的共同点，我们开发了一个专业程序，该程序允许使用哈希表快速搜索具有2-20个氨基酸的长度。该程序是使用电子计算机对每个物种的蛋白质组数据执行的。目前，我们正在开发一种用于检测最终分子模拟物的统计方法，如果成功开发，我们希望检测分子模拟物（这是这项研究的最初目的）将是成功的。将来，这项研究的结果将在学术论文和其他论文中介绍。此外，作为这项研究的副产品，我们已经提出了一个非常有趣的发现，即人类基因组中有许多大型重叠区域。截至1997年2月，总共发现了128个重叠区域，这被认为是人类遥远过去基因组多倍化的结果。这项研究的结果将在国际科学学会上介绍，并已在www（url：http/www.cib.nig.ac.ac.ac.jp/dda/dda/timish/dup.html）上发表，作为“人类基因组重复区域数据库”。