全ゲノム比較解析に基づく分子擬態の検出

基于全基因组比较分析的分子拟态检测

• 批准号: 08874103
• 负责人: 今西 規
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08874103/
• 关键词: 分子擬態; プロテオーム; ペプチド; 重複領域; ゲノムの倍数化

本研究は、分子レベルでの擬態が寄生性の生物と宿主の間でどの程度普遍的にみられる現象であるのかを検証することを主目的とした。この目的のために、まずデータベースからさまざまな生物種の全ゲノム配列データを入手し、それをアミノ酸配列に翻訳することによって、さまざまな生物における全蛋白質配列(プロテオーム)データを用意した。平成9年2月までに、インフルエンザ菌、マイコプラズマ2種、大腸菌、らん藻、パン酵母、古細菌、各種ファージ、各種ウイルスなどのプロテオームデータを入手した。これらのプロテオームの共通性を調べるために、Hash Tableを利用して長さが2-20アミノ酸のペプチドを高速に検索できる専用プログラムを開発した。電子計算機を利用して、各生物種のプロテオームデータに対してこのプログラムを実行した。現在は、最終的な分子擬態の検出のための統計的方法論の開発を行っており、その開発に成功すれば、本研究の当初の目的であった分子擬態の検出に成功するものと予想している。今後、この研究成果を、学術論文などで発表する予定である。また、この研究の副産物として、ヒトのゲノム中には数多くの大規模な重複領域が存在するというきわめて興味深い発見をすることができた。97年2月現在、合計128カ所の重複領域を発見しており、これはヒトの遠い過去におけるゲノムの倍数化の結果であろうと考えられた。この研究成果は国際学会で発表するとともに、「ヒトゲノム重複領域データベース」としてWWW(URL : http/www.cib.nig.ac.jp/dda/timanish/dup.html)で公開している。

In this study, molecular biology, parasitic organisms, parasitic organisms, hosts, hosts, host, host The purpose of this study is to make a full list of biological materials, to start with, to make acid arrangements, to flip them, to use biological materials, to assign whole proteins (whole proteins), to express intention. In February of 1999, Pingcheng sold two kinds of bacteria, bacteria, algae, yeast, archaea, all kinds of bacteria, and all kinds of bacteria. We need to make sure that there is a lot of commonality between the two and the Hash Table is responsible for the high-speed transmission of high-speed electricity through the use of high-speed transmission equipment. The computer calculator makes use of all kinds of biological materials, such as each kind of biological material, to make use of each other. At present, the most recent molecular models show that the methods of statistical data analysis are successful, and the purpose of this study is to determine the success of the molecular model. In the future, the research results and academic papers will be published in the form of a predetermined review. In the field of large scale and large scale, there is a deep smell in the field of large scale and large scale in the field of research and research. In February 1997, a total of 128 yuan of information was received in the field of economic development. In recent years, there has been a significant increase in the results of the multiplication test. The International Society of International Studies has published information on the results of the research. The WWW (URL: http/www.cib.nig.ac.jp/dda/timanish/dup.html) is open to the public.