筋萎縮・肥大関連遺伝子発現を次世代シークエンサー(RNA-Seq)で解析する
使用下一代测序仪 (RNA-Seq) 分析肌肉萎缩/肥大相关基因表达
基本信息
- 批准号:26450390
- 负责人:
- 金额:$ 3.24万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2014
- 资助国家:日本
- 起止时间:2014-04-01 至 2016-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
筋萎縮には、遺伝子制御系、エネルギー代謝系、タンパク質合成・分解系、細胞内シグナル系など様々な要因が関与する。本研究では廃用性筋萎縮モデルのひとつである座骨神経切除前後で筋組織に発現している全遺伝子の種類と発現量を網羅的に解析できるトランスクリプトーム解析RNA-Seqから、筋萎縮前後の転写産物の全体像を明らかにすることを目的として研究を行った。多くの筋萎縮研究では萎縮が進行している状態を研究対象としている。そこで本研究では、ほとんど注目されてこなかった"筋萎縮がそれ以上進行しないステージ"に着目をして検討を実施した。筋萎縮のマーカー分子として知られるAtrogin-1は、萎縮が進行している除神経後1週間までは急激に増加するが、萎縮率が低下する14日目からは処理前のレベルに戻ることが知られている(Sachcek et al. 2007)。【平成27年度の研究成果】我々はまず、マウスの大腿部に走行する座骨神経を外科的に切除したのち、下腿部を中心とした下肢の筋サイズがどのように推移するかを小動物用X線CTスキャン装置を使って35日間にわたり解析した。その結果21日目以降、筋のサイズはほぼ一定となった。従って除神経35日後は筋萎縮が十分平衡に達した時期と判断した。除神経後35日間経過した筋組織(長趾伸筋、ヒラメ筋)を取り出し、RNAを抽出した。続いて、バイオアナライザーを用いてRNAの品質チェックを行い(RIN 8.0以上)、いくつかのマーカー遺伝子の発現をリアルタイムPCRでチェックした後、次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム解析RNA-Seqを行った。シーケンス作業は完了し、現在このシーケンスデータを解析ツールを用いて、まとめている段階である。今後、萎縮後の筋サイズを規定する遺伝子等が同定されると期待される。
Muscle atrophy に は, but 伝 imperial system, エ ネ ル ギ ー metabolism, タ ン パ ク qualitative synthesis, decomposition, intracellular シ グ ナ ル department な ど others 々 な by が masato and す る. This study で は 廃 use sex muscle atrophy モ デ ル の ひ と つ で あ る statue bone 経 で muscle tissue before and after resection に 発 now し て い る son survived 伝 の all kinds と 発 now quantity を snare に parsing で き る ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム parsing RNA - Seq か ら, muscle atrophy の product planning write の all like を Ming ら か に す る こ と を purpose と し を line っ て research た. More く の muscle atrophy research で は atrophy が for し て い る state を research like と seaborne し て い る. そ こ で this study で は, ほ と ん ど attention さ れ て こ な か っ た "muscle atrophy が そ れ above for し な い ス テ ー ジ" に with mesh を し て を 検 please be applied し た. Muscle atrophy の マ ー カ ー molecular と し て know ら れ る は Atrogin - 1, shrinking が し て い る except god 経 after 1 week between ま で は nasty shock に raised plus す る が, low shrinkage rate が す る 14 orders か ら は 処 before Daniel の レ ベ ル に 戻 る こ と が know ら れ て い る (Sachcek et al. 2007). I pp.47-53 27 annual の research results 】 【 々 は ま ず, マ ウ ス に の big legs walk line す る statue bone 経 を に of surgical excision し た の ち and lower leg を center と し た の lower limb muscle サ イ ズ が ど の よ う に goes す る か を small animals with X-ray CT ス キ ャ ン device を make っ て 35 day に わ た り parsing し た. The result is that from the 21st day on, the tendon サ ズ ズ ほぼ ほぼ will definitely となった. Youdaoplaceholder0 After 35 days of Shinto sutras, the <s:1> tendons atrophy が is very balanced に reaches the <s:1> た period と to judge た た. Thirty-five days after detoxification, the tissue passing through the た tendons (extensor tendons of the long toe and ヒラメ tendons) を was taken to extract the <s:1> and RNAを, and the <s:1> た was extracted. 続 い て, バ イ オ ア ナ ラ イ ザ ー を with い て RNA の quality チ ェ ッ ク を line い (RIN 8.0 or above), い く つ か の マ ー カ ー posthumous son 伝 の 発 now を リ ア ル タ イ ム PCR で チ ェ ッ ク し た, next generation after シ ー ク エ ン サ ー に よ る ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム parsing RNA - Seq を line っ た. シ ー ケ ン ス homework finished は し, now こ の シ ー ケ ン ス デ ー タ を parsing ツ ー ル を with い て, ま と め て い る Duan Jie で あ る. In the future, the atrophied tendons サ ズを ズを stipulate that する remains 伝 and が set されると expectations される.
项目成果
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专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Supplementary immunocytochemistry of hepatocyte growth factor production in activated macrophages early in muscle regeneration.
- DOI:10.1111/asj.12264
- 发表时间:2014-12
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:S. Sawano;Takahiro Suzuki;Mai-Khoi Q. Do;H. Ohtsubo;W. Mizunoya;Y. Ikeuchi;R. Tatsumi
- 通讯作者:S. Sawano;Takahiro Suzuki;Mai-Khoi Q. Do;H. Ohtsubo;W. Mizunoya;Y. Ikeuchi;R. Tatsumi
筋幹細胞由来のSema3Aによる筋線維型制御に関する研究
肌肉干细胞来源的Sema3A控制肌纤维类型的研究
- DOI:
- 发表时间:2015
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:鈴木貴弘;西松伸一郎;寺田久美子;片瀬直樹;濃野勉;大澤裕;砂田芳秀;水野谷 航;池内 義秀;辰巳 隆一
- 通讯作者:辰巳 隆一
骨格筋形成における脱アミノ化酵素APOBEC2 の機能
脱氨酶 APOBEC2 在骨骼肌形成中的作用
- DOI:
- 发表时间:2016
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:大坪 秀明;佐藤 祐介;鈴木 貴弘;水野谷 航;中村 真子;辰巳 隆一;池内 義秀
- 通讯作者:池内 義秀
Sema3A ligand secreted from satellite cells promotes aneural nAChR clustering
卫星细胞分泌的 Sema3A 配体促进神经 nAChR 聚集
- DOI:
- 发表时间:2015
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:ド マイコイ;水野谷航;尾嶋孝一;中村真子;池内義秀;辰巳隆一
- 通讯作者:辰巳隆一
PPARδアゴニスト投与によってマウス骨格筋で発現変動する遺伝子の網羅的解析
PPARδ激动剂给药引起小鼠骨骼肌表达变化基因的综合分析
- DOI:
- 发表时间:2015
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:田嶋悠璃;Johan Rung;澤野祥子;小宮佑介;中村真子;辰巳隆一,池内義秀
- 通讯作者:辰巳隆一,池内義秀
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池内 義秀其他文献
筋線維タイプとその解析法に関する研究
肌纤维类型及其分析方法的研究
- DOI:
- 发表时间:
2015 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
小宮佑介;中村 真子;辰巳 隆一;池内 義秀;水野谷 航;水野谷 航 - 通讯作者:
水野谷 航
エイコサペンタエン酸はPPARδを介して筋線維タイプ関連遺伝子の発現に影響する:ラット単離筋線維を用いた検討
二十碳五烯酸通过 PPARδ 影响肌纤维类型相关基因的表达:使用分离的大鼠肌纤维进行的研究
- DOI:
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2013 - 期刊:
- 影响因子:0
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池内 義秀
抗ミオシン抗体多重染色による筋線維タイプ解析
使用抗肌球蛋白抗体多重染色进行肌纤维类型分析
- DOI:
- 发表时间:
2016 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
大坪 秀明;佐藤 祐介;鈴木 貴弘;水野谷 航;中村 真子;辰巳 隆一;池内 義秀;水野谷 航 - 通讯作者:
水野谷 航
A review of the research on arsenic contamination of groundwater and agricultural soils conducted in Vietnam
越南地下水和农业土壤砷污染研究综述
- DOI:
- 发表时间:
2015 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
大坪秀明;佐藤祐介;鈴木貴弘;水野谷 航;中村 真子;辰巳 隆一;池内 義秀;Thinh Nguyen Van and Kiyoshi Kurosawa - 通讯作者:
Thinh Nguyen Van and Kiyoshi Kurosawa
圧力処理が食肉うまみ成分IMPの生成に及ぼす影響-ATP関連物質分解酵素の圧力安定性-
压力处理对肉味成分IMP生成的影响 - ATP相关物质降解酶的压力稳定性 -
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
松嶋康之;時藤亜衣;米田妙子;高橋真紀,千坂洋己;吉岡慶子;蜂須賀研二;Sunao Mori;吉岡 慶子;吉岡 慶子;松嶋 康之;池内 義秀 - 通讯作者:
池内 義秀
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