メタトランスクリプトーム解析による原因不明疾患関連ウイルスの網羅的探索と解明

本研究では、炎症性疾患の一因となるウイルスの網羅的同定、および、感染症疑い、だが、未鑑別の臨床検体の原因ウイルスの網羅的探索を主眼として行う。本年度は解析パイプラインの構築・改良、および、臨床検体由来の遺伝子発現解析を行う予定であった。現行の計算機環境では、解析に多大な時間がかかる事がわかったため、解析パイプラインを変更し、既存のより高速なメタゲノム解析ソフトウェアを用いた解析をメインに行うことにしている。既存の解析プログラムの精査は随時行っている。また、COVID-19の流行の影響から、新たな臨床データを提供を受けるが難しくなり、新たな解析ができなくなったため、当初の予定を変更し、次世代シーケンスデータが登録されている公共データベース(SRA)に含まれているデータから、ヒトに関連するものを中心に解析することにした。その結果、昨年度にヒト胎盤とウイルス感染の関連が新たに見出されたため、それらについてバイオインフォマティクス解析を進めている。また、さらに、本年度は、宿主集団における免疫不全宿主の存在が新型コロナウイルスの変異株発生を促進する要因であることを理論的に解明し、筆頭著者として論文誌に報告した（Kumata and Sasaki, 2022）。さらに、ウイルスの多様性(バイローム)が作り出される究極要因として、獲得免疫と病原体の共進化に関する理論研究を行った。次年度は以上の結果から引き続き、解析を進める予定である。

本研究では、炎症性疾患の一因となるウイルスの網羅的同定、および、感染症疑い、だが、未鑑別の臨床検体の原因ウイルスの網羅的探索を主眼として行う。本年度は解析パイプラインの構築・改良、および、臨床検体由来の遺伝子発現解析を行う予定であった。現行の計算機環境では、解析に多大な時間がかかる事がわかったため、解析パイプラインを変更し、既存のより高速なメタゲノム解析ソフトウェアを用いた解析をメインに行うことにしている。既存の解析プログラムの精査は随時行っている。また、COVID-19の流行の影響から、新たな臨床データを提供を受けるが難しくなり、新たな解析ができなくなったため、当初の予定を変更し、次世代シーケンスデータが登録されている公共データベース(SRA)に含まれているデータから、ヒトに関連するものを中心に解析することにした。その結果、昨年度にヒト胎盤とウイルス感染の関連が新たに見出されたため、それらについてバイオインフォマティクス解析を進めている。また、さらに、本年度は、宿主集団における免疫不全宿主の存在が新型コロナウイルスの変異株発生を促進する要因であることを理論的に解明し、筆頭著者として論文誌に報告した（Kumata and Sasaki, 2022）。さらに、ウイルスの多様性(バイローム)が作り出される究極要因として、獲得免疫と病原体の共進化に関する理論研究を行った。次年度は以上の結果から引き続き、解析を進める予定である。