環境遡及ウイルス学の創出：海底堆積物に含まれる水圏ウイルスの進化履歴推定

创建环境回顾性病毒学：估计海底沉积物中水生病毒的进化历史

• 批准号: 19J00346
• 负责人: 高橋 迪子
• 金额: $ 3.33万
• 依托单位: Kochi University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-25 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19J00346/
• 关键词: 水圏ウイルス; 渦鞭毛藻; 赤潮; 環境遡及ウイルス学; 渦鞭毛藻ウイルス; 海底堆積物; 海底泥コア; 赤潮ウイルス; Degenerate PCR

令和3年度は、下記2項目の成果が得られた。① 渦鞭毛藻ウイルスHcRNAVの水圏環境中における多様性をDegenerate PCRおよびアンプリコンシークエンスを用いて明らかにした　②FLDS法を用いてRNAウイルスの配列解析を行い、当該手法の堅牢性を確認するとともにHcRNAVの末端配列を含めた全配列を決定することに成功した。①：昨年度は渦鞭毛藻ウイルスHcRNAVをMajor capsid protein（MCP）遺伝子に特異的なプライマーセットを用いて海底堆積物から増幅し、年代測定結果と合わせて「HcRNAVの水圏環境における過去の繁栄の履歴」を明らかにした。本年度は、HcRNAVとそれに近縁なウイルスも含め多様な配列を水圏環境から増幅するため、MCP領域を対象としたdegenerate primerを設計し、海底堆積物由来RNAに適用した。その結果、HcRNAVの属するAlvernaviridae由来のウイルス配列のみならず、近縁ウイルスの配列を含めた多様なウイルス配列が得られた。増幅されたHcRNAV由来配列に注目すると、保存的・可変的な配列に分けられ、それらはウイルスキャプシドの構造的な特徴とリンクしていることが見出された。本成果は国際誌に投稿し、受理された（Takahashi et al., Microbes and Environments, in press.）。②：dsRNAウイルスの探索手法であるFLDSを用いて、HcRNAVの全長配列を取得した。本手法のフィデリティーをラビリンチュラ感染性RNAウイルス（AuRNAV）を用いて確認し、HcRNAVについてはこれまでRACE法で見逃されてきた末端配列を決定することに成功した。本成果は現在国際誌への投稿準備中である。

The results of the following 2 projects were recorded in the third year of Ling He. (1) Degenerate PCR and DNA sequencing were successfully used to analyze the RNA sequence in the aquatic environment.(2) The FLDS method was successfully used to determine the terminal sequence of HcRNAV when the robustness of the method was confirmed. 1. The results of the dating of the HcRNAV Major capsid protein (MCP) gene in the sea floor deposit increased in the past year. This year, HcRNAV is designed to contain multiple sequences of RNA in the water environment, and MCP is designed to contain multiple sequences of RNA. As a result, HcRNAV belongs to Alvernavidae, and its origin and distribution are different. HcRNAV has been shown to be compatible with other structural features such as: (1) the size of the RNA;(2) the size of the RNA; and (3) the size of the RNA. This work was submitted and accepted by the International Journal (Takahashi et al., Microbes and Environments, in press.）。2: dsRNA is the exploration method of FLDS, HcRNAV full-length alignment is obtained. This method is successful in identifying infectious RNA (AuRNAV) by RACE. This work is currently in preparation for submission to the International Journal.

项目成果

海底泥コアにおける渦鞭毛藻ウイルスHcRNAVの時系列分布

海底泥芯中甲藻病毒HcRNAV的时间序列分布

• 发表时间: 2020
• 作者: hmad;P.; Muguruma;K.; Chang;T.-C.; Tamura;S.; Tsubokura;K.; Egawa;Y.; Suzuki;T.; Dohmae;N.; Nakao;Y.; *Tanaka;K.;高橋迪子
• 通讯作者: 高橋迪子

縮重PCRを用いた渦鞭毛藻感染性ウイルスHcRNAVに近縁なウイルスの探索

使用简并 PCR 搜索与甲藻感染病毒 HcRNAV 密切相关的病毒

• 发表时间: 2020
• 作者: 高橋迪子;増田雄一;高野義人;新井和乃;村山雅史;田中幸記;長﨑慶三;松野恭兵;和田啓
• 通讯作者: 和田啓

Retrospective approach for analyzing past dynamics of a bloom-forming alga and its infectious virus

分析水华形成藻类及其传染性病毒过去动态的回顾性方法

• 发表时间: 2019
• 作者: Keizo Nagasaki;Yoshihito Takano;Kouki Tanaka;Masafumi Murayama;Kazuno Arai;Michiko Takahashi;Yuichi Masuda;Yuji Tomaru;Kei Wada
• 通讯作者: Kei Wada

Chronological distribution of dinoflagellate-infecting virus in marine sediment

海洋沉积物中甲藻感染病毒的时间分布

• 发表时间: 2021
• 作者: Takahashi M;Wada K;Takano Y;Masuda Y;Nagasaki K
• 通讯作者: Nagasaki K

海底泥コア試料からの渦鞭毛藻ウイルスHcRNAVの探索

从海底泥芯样本中寻找甲藻病毒 HcRNAV

• 发表时间: 2020
• 作者: 高橋迪子;和田啓;高野義人;松野恭兵;増田雄一;新井和乃;村山雅史;外丸裕司;田中幸記;長﨑慶三
• 通讯作者: 長﨑慶三