転写制御部位を含むDNAライブラリー作製法の開発とその応用

含转录控制位点的DNA文库构建方法的建立及其应用

• 批准号: 09680670
• 负责人: 丸山 和夫
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 1998
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-09680670/
• 关键词: 転写制御; 発現制御; cDXA; 5'上流; 組織特異的発現; cDNA

染色体上の遺伝情報は、転写・翻訳・修飾・局在などを通して機能分子として働く。転写はこれら一連の発現制御の第一段階であり、主に遺伝子の5'上流にある特異的塩基配列とDNA結合蛋白質との相互作用によって制御されている。ゲノムプロジェクトによって、染色体DNAの塩基配列が急速に蓄積されているが、発現制御部位の同定は、効率よく網羅的に遺伝子の5'上流部分が単離する方法がまだ確立していないため、ゲノムプロジェクトが進んでも、空白部分となる可能性が高い。本研究は、研究代表者が開発したオリゴ・キャップ法を発展させ、遺伝子の5'上流部分のライブラリー作製法の開発を目的としている。オリゴ・キャップ法による完全長cDNAライブラリーの作製とその塩基配列のカタログ化が進む中で、その5'末端が公開されているデータベースの塩基配列と一致しない例が見つかってきた。そこで、転写開始点同定法の再確認を含め以下の検討を行った。・オリゴ・キャップ法で同定された転写開始部位の検討完全長cDNAライブラリーとデータベースに登録されているcDNAの5'末端を比較した結果、オリゴdTからcDNAの伸長反応を行った場合には、調製されたmDNAによって完全な5'末端が得られない場合があった。しかし、ランダムプライマーや特異的な塩基配列をもとにcDNAの伸長反応を行った場合には、正確な転写開始点が同定できることが分かった。このことは、実際に分離したプロモータ部分の欠質変異体とそのプロモータ活性を比較検討した結果とも一致していた。・プロモータ部位の分離と解析オリゴ・キャップ法で同定した転写開始部位の情報をもとに各種プロモータを分離し、その詳細な構造解析と転写活性の検討を行った。・ライブラリーの作製各種臓器由来の培養細胞からmDNAを抽出し、臓器特異的ライブラリーの作製とそのカタログ化、5'末端の比較検討を行っている。

The genetic information on chromosomes is transmitted through functional molecules. The first stage of gene expression control is the 5'upstream of the host gene, and the interaction between DNA binding protein and specific gene alignment is controlled by DNA binding protein. It is highly probable that the method of separating the 5'upstream portion of the chromosome DNA sequence from the 5' upstream portion of the chromosome DNA sequence is established by rapid accumulation of the chromosome DNA sequence, identification of the control site, and separation of the 5'upstream portion of the chromosome DNA sequence. This study aims at the development of a method for the preparation of the 5'upstream part of a gene. The full length cDNA sequence is encoded in the 5 'end of the cDNA sequence, and the 5' end of the cDNA sequence is encoded in the 5'end of the cDNA sequence.そこで、転写开始点同定法の再确认を含め以下の検讨を行った。·The 5'end of the cDNA was compared with the 5' end of the cDNA. The sequence of cDNA sequences is unique, and the starting point of cDNA sequence is constant. The results of the comparative study were consistent. The separation and analysis of the top part of the paper are carried out by the same method as the separation and analysis of the top part of the paper, and the detailed structure analysis and analysis of the top part of the paper are carried out. The culture cells from which various organs are derived, the extraction of mDNA, the production of organ-specific enzymes, the transformation of 5'termini and the comparative analysis of 5' termini are studied.

项目成果

Y.Yanagisawa: "Isolation and Characterization of the 5'Region of the Human Mismatch Repair Gene hPMS1." Biochem.Biophys.Res.Commu. (印刷中). (1998)

Y.Yanagisawa：“人类错配修复基因 hPMS1 的 5 区域的分离和表征”（正在出版）。

Y.Suzuki: "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA libray"Gene. 200. 149-156 (1997)

Y.Suzuki：“全长富集和 5 端富集 cDNA 文库的构建和表征”基因。

T.Kurihara: "Genomic structure and promoter analysis of the gene encoding MM3,a member of transmembrane 4 superfamily." Gene. 185. 277-283 (1997)

T.Kurihara：“跨膜 4 超家族成员 MM3 编码基因的基因组结构和启动子分析。”

T. Kurihara: "Genomic structure and promoter analysis of the gene encoding MM3, a member of transmembrane 4 superfamily" Gene. 185. 277-283 (1997)

T. Kurihara：“跨膜 4 超家族成员 MM3 编码基因的基因组结构和启动子分析”基因。

Y. Iwahashi: "Promoter analysis of the human mismatch repair gene hMSH2" Gene. 213. 141-147 (1998)

Y. Iwahashi：“人类错配修复基因 hMSH2 的启动子分析”基因。