ヒト22番染色体をモデルとするマクロ環境の遺伝子発現制御への関与

以人类22号染色体为模型宏观环境参与基因表达调控

• 批准号: 12204046
• 负责人: 丸山 和夫
• 金额: --
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12204046/
• 关键词: 22番染色体; 遺伝子発現; マイクロアレイ; 染色体構造; マクロ環境

プロモータなどの近傍の塩基配列だけで遺伝子の発現制御機構を解析しようとする従来の方法では、発現制御の全体像を把握することは困難であった。しかし、DNAマイクロアレイ技術の進歩によって数千の遺伝子の発現を一度に比較することが可能になり、さらに、21番・22番染色体の全塩基配列が明らかになったことで、初めて、遺伝子の発現制御を染色体というマクロな環境において解析することが可能となった。本研究は、遺伝子の発現制御に関与する特異的塩基配列および同一染色体上の他の遺伝子・繰り返し配列・染色体の特異的構造などのマクロ環境が発現に与える影響を明らかし、複雑な遺伝子発現が関与する多因子疾患の病態解明を目的としている。そのモデルとして、最近全貌が明らかになったヒト21番・22番染色体を選んだ。ヒト21番染色体から66遺伝子、22番染色体から86遺伝子、計152遺伝子を選んで、タンパク質をコードする領域の塩基配列をもとに、当該遺伝子に特異的かつS/N比の高いオリゴヌクレオチド(80塩基)を設計し、マイクロアレイを作製した。各種の細胞株あるいは薬剤処理前後の細胞から抽出したmRNAから標識cDNAを合成し、アレイ上でハイブリダイゼーションを行い、発現プロファイルを解析した。「染色体上の位置:発現のプロファイル」という新しいクラスタリングにおいて、染色体の構造に変化を与えるどの因子が有意のクラスタリングを与えるかを検討することによって、発現制御の高次因子の探索が可能になる。今回マイクロアレイ化した遺伝子は予想されている遺伝子の約四分の一にすぎなかったが、細胞の様々な状態における遺伝子発現を染色体のレベルで俯瞰することができた。現在、全遺伝子のマイクロアレイ化を進めると共に、染色体構造と発現レベルの相関を表現する式を構築中である。

プ ロ モ ー タ な ど の nearly alongside の salt base with column だ け で posthumous son 伝 の 発 system now royal institution を parsing し よ う と す る 従 to の way で は, 発 now all like royal の を grasp す る こ と は difficult で あ っ た. し か し, DNA マ イ ク ロ ア レ の イ technology into step に よ っ て thousands の posthumous son 伝 の 発 を once に now compare す る こ と が may に な り, さ ら に, 21, was 22 times, chromosome の salt base full column が Ming ら か に な っ た こ と で, early め て, but 伝 の 発 now suppression を chromosome と い う マ ク ロ な environment に お い て parsing す る こ と が may と Youdaoplaceholder0. This study は, but 伝 の 発 now suppression に masato and す る specific salt base with column お よ び の の but 伝 his son on the same chromosome, Qiao り return し assortment, chromosome の specific tectonic な ど の マ ク ロ environment が 発 に and え る influence を Ming ら か し, complex 雑 な heritage 伝 son 発 now が masato and す る の multifactorial disease pathological interpret を purpose と し て い る. そ の モ デ ル と し て, recent picture が Ming ら か に な っ た ヒ ト 21 times, 22 times chromosome を choose ん だ. ヒ ト's chromosome 21 か ら 66 legacy 伝 son, 22 times chromosome か ら 86 legacy 伝 son, 152 survived 伝 を choose ん で, タ ン パ ク qualitative を コ ー ド す る field の salt base with column を も と に, when the son survived 伝 に specific か つ high S/N ratio is の い オ リ ゴ ヌ ク レ オ チ ド (80 salt) を design し, マ イ ク ロ ア レ イ を cropping し た. Various の cell lines あ る い は 薬 の cells before and after the tonic 処 manage か ら spare し た mRNA か ら logo cDNA を synthetic し, ア レ イ on で ハ イ ブ リ ダ イ ゼ ー シ ョ ン を い, 発 now プ ロ フ ァ イ ル を parsing し た. "On chromosome の location: 発 is の プ ロ フ ァ イ ル" と い う new し い ク ラ ス タ リ ン グ に お い て, chromosome に の structure variations change with え を る ど の factor が intentionally の ク ラ ス タ リ ン グ を and え る か を beg す 検 る こ と に よ っ て, 発 now royal の high time factor の explore が may に な る. Today back マ イ ク ロ ア レ イ change し た heritage 伝 は son to think さ れ て い る heritage 伝 son の about four points の に す ぎ な か っ た が, cell の others 々 な state に お け る heritage 伝 son 発 now を chromosome の レ ベ ル inside で す る こ と が で き た. Now, all but 伝 の マ イ ク ロ ア レ イ change を into め る と に, chromosome structure と 発 now レ ベ ル の phase masato を performance す る type を building in で あ る.

项目成果

Emi Ito: "A core-promoter region functions bi-directionally for human opioid-receptor-like gene ORL1 and its 5'-adjacent gene GAIP."J.Mol.Biol.. 304. 259-270 (2000)

Emi Ito：“核心启动子区域对人类阿片受体样基因 ORL1 及其 5-邻近基因 GAIP 具有双向功能。”J.Mol.Biol.. 304. 259-270 (2000)

G-x.Xie: "An alternatively spliced transcript of the rat nociceptin receptor ORL1 gene encodes a truncated receptor."Mol.Brain Res.. 77. 1-9 (2000)

G-x.Xie：“大鼠伤害感受素受体 ORL1 基因的选择性剪接转录物编码截短的受体。”Mol.Brain Res.. 77. 1-9 (2000)

Yuka.Yanagisawa: "Methylation of the hMLH1 Promoter in Familial Gastric Cancer with Microsatellite Instability."Int.J.Cancer. 85. 50-53 (2000)

Yuka.Yanagisawa：“具有微卫星不稳定性的家族性胃癌中 hMLH1 启动子的甲基化。”Int.J.Cancer。