Genome-wide scan in genetically-improved tilapia: applications in water resources management in aquaculture

转基因罗非鱼的全基因组扫描：在水产养殖水资源管理中的应用

基本信息

批准号：
22KF0282
负责人：
渡辺幸三
金额：
$ 1.47万
依托单位：
Ehime University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2023
资助国家：
日本
起止时间：
2023-03-08 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KF0282/
关键词：
ティラピアゲノム養殖フィリピン

项目摘要

フィリピンの中央ルソン州立大学の生け簀で長年飼育している異なる遺伝系統の４品種の養殖ティラピアとフィリピンの野生個体群の各３個体をゲノム解析に使用した。DNAを抽出する前に各個体の体長、湿重量、成長速度等を計測した。各ティラピア個体のヒレ片からDNAを抽出した。同じ遺伝系統の個体間の遺伝的変異と異なる遺伝系統間の遺伝的変異を区別するために、多くの個体のゲノムワイドデータを得る必要がある。そのために、本研究では、数多くの個体のゲノム広域に分布する一塩基多型領域（SNPs）取得に向いているとされる次世代シークエンシングに基づくDouble digest restriction-site associated DNA (ddRADseq)による解析を試みた。本年度は、まずティラピアを対象としたddRADseqのライブラリー作成プロトコール（特に、最適制限酵素の選択、制限酵素による反応温度と反応時間の最適条件の探索、PCR条件）の最適化を行った。その後、４系統の品種の養殖ティラピアとフィリピンの野生個体群から３個体ずつ選んで、各個体のddRADseqライブラリーを個体を認識するためのインデックス人工配列を付加した上で作成した。作成したライブラリーは次世代シーケンサーNovaseqで解析をして、各個体から十分な量のddRADseqデータを取得することができた。

三个人的罗非鱼和菲律宾野生种群的四个不同遗传线的野生种群已在菲律宾中央吕宋岛大学的笼子里保存了很多年，用于基因组分析。在提取DNA之前，测量了每个个体的长度，湿重，生长速率等。从每个罗非鱼个体的鳍片中提取DNA。必须获得许多个体的全基因组数据，以区分相同遗传线的个体与不同遗传线之间的遗传变异。为此，这项研究试图使用基于下一代测序的双消化限制位置相关DNA（DDRADSEQ）分析，据说该测序适用于获得分布在许多个体基因组中的单核苷酸多态区域（SNP）。今年，我们首先优化了针对罗非鱼的DDRADSEQ库创建方案（特别是选择最佳限制酶，使用限制性酶为反应温度和反应时间寻找最佳条件以及PCR条件）。之后，从四个品种和菲律宾野生种群的农业罗非鱼中选择了三个人，并通过添加索引人工序列来识别每个人的ddradseq库。使用下一代Sequencer Novaseq分析了创建的库，并从每个人那里获得了足够数量的DDRADSEQ数据。