Genome-wide scan in genetically-improved tilapia: applications in water resources management in aquaculture

转基因罗非鱼的全基因组扫描：在水产养殖水资源管理中的应用

• 批准号: 22KF0282
• 负责人: 渡辺 幸三
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Ehime University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KF0282/
• 关键词: ティラピア; ゲノム; 養殖; フィリピン

フィリピンの中央ルソン州立大学の生け簀で長年飼育している異なる遺伝系統の４品種の養殖ティラピアとフィリピンの野生個体群の各３個体をゲノム解析に使用した。DNAを抽出する前に各個体の体長、湿重量、成長速度等を計測した。各ティラピア個体のヒレ片からDNAを抽出した。同じ遺伝系統の個体間の遺伝的変異と異なる遺伝系統間の遺伝的変異を区別するために、多くの個体のゲノムワイドデータを得る必要がある。そのために、本研究では、数多くの個体のゲノム広域に分布する一塩基多型領域（SNPs）取得に向いているとされる次世代シークエンシングに基づくDouble digest restriction-site associated DNA (ddRADseq)による解析を試みた。本年度は、まずティラピアを対象としたddRADseqのライブラリー作成プロトコール（特に、最適制限酵素の選択、制限酵素による反応温度と反応時間の最適条件の探索、PCR条件）の最適化を行った。その後、４系統の品種の養殖ティラピアとフィリピンの野生個体群から３個体ずつ選んで、各個体のddRADseqライブラリーを個体を認識するためのインデックス人工配列を付加した上で作成した。作成したライブラリーは次世代シーケンサーNovaseqで解析をして、各個体から十分な量のddRADseqデータを取得することができた。

フ ィ リ ピ ン の central ル ソ ン state university の raw け Ze で elder rearing し て い る different な る heritage 伝 system の 4 varieties の breeding テ ィ ラ ピ ア と フ ィ リ ピ ン の individual wild group の each 3 を ゲ ノ ム parsing に use し た. DNAを was extracted to measure the <s:1> body length, wet weight, growth rate, etc. of each individual in する before する, and the を meter was used to measure the <s:1> た. From each ティラピア individual, a ヒレ fragment of を らDNAを was extracted and <s:1> た was taken. With traces of じ の 伝 system between individuals の but 伝 - different と different な る heritage 伝 system の but 伝 variations between different を difference す る た め に, multiple く の individual の ゲ ノ ム ワ イ ド デ ー タ を る necessarily が あ る. そ の た め に, this study で は, more く の individual の ゲ ノ ム hiroo domain に distribution す る salt Quito type field (SNPs) was に to い て い る と さ れ る nextgen シ ー ク エ ン シ ン グ に base づ く Double digest restriction - site associated DNA (ddRADseq)による parse を try みた. This year は, ま ず テ ィ ラ ピ ア を like と seaborne し た ddRADseq の ラ イ ブ ラ リ ー made プ ロ ト コ ー ル limitations (に, the optimal enzyme の sentaku limitations, enzyme に よ る against と 応 temperature against time 応 の optimum condition の exploration, PCR) の line optimization を っ た. そ の の の varieties breeding, 4 system after テ ィ ラ ピ ア と フ ィ リ ピ ン の wild individual group of か ら 3 individual ず つ choose ん で, each individual の ddRADseq ラ イ ブ ラ リ ー を individual を know す る た め の イ ン デ ッ ク ス artificial match column を plus し た で done on し た. Consummate し た ラ イ ブ ラ リ ー は nextgen シ ー ケ ン サ ー Novaseq で parsing を し て, each individual か ら very な quantity の ddRADseq デ ー タ を obtain す る こ と が で き た.

项目成果

中央ルソン州立大学(フィリピン)

中央吕宋州立大学（菲律宾）

愛媛大学沿岸環境科学研究センター分子生態・保健研究室HP

爱媛大学海岸环境科学研究中心分子生态与健康实验室 HP