Genome-wide scan in genetically-improved tilapia: applications in water resources management in aquaculture

フィリピンの中央ルソン州立大学の生け簀で長年飼育している異なる遺伝系統の４品種の養殖ティラピアとフィリピンの野生個体群の各３個体をゲノム解析に使用した。DNAを抽出する前に各個体の体長、湿重量、成長速度等を計測した。各ティラピア個体のヒレ片からDNAを抽出した。同じ遺伝系統の個体間の遺伝的変異と異なる遺伝系統間の遺伝的変異を区別するために、多くの個体のゲノムワイドデータを得る必要がある。そのために、本研究では、数多くの個体のゲノム広域に分布する一塩基多型領域（SNPs）取得に向いているとされる次世代シークエンシングに基づくDouble digest restriction-site associated DNA (ddRADseq)による解析を試みた。本年度は、まずティラピアを対象としたddRADseqのライブラリー作成プロトコール（特に、最適制限酵素の選択、制限酵素による反応温度と反応時間の最適条件の探索、PCR条件）の最適化を行った。その後、４系統の品種の養殖ティラピアとフィリピンの野生個体群から３個体ずつ選んで、各個体のddRADseqライブラリーを個体を認識するためのインデックス人工配列を付加した上で作成した。作成したライブラリーは次世代シーケンサーNovaseqで解析をして、各個体から十分な量のddRADseqデータを取得することができた。

フィリピンの中央ルソン州立大学の生け簀で長年飼育している異なる遺伝系統の４品種の養殖ティラピアとフィリピンの野生個体群の各３個体をゲノム解析に使用した。DNAを抽出する前に各個体の体長、湿重量、成長速度等を計測した。各ティラピア個体のヒレ片からDNAを抽出した。同じ遺伝系統の個体間の遺伝的変異と異なる遺伝系統間の遺伝的変異を区別するために、多くの個体のゲノムワイドデータを得る必要がある。そのために、本研究では、数多くの個体のゲノム広域に分布する一塩基多型領域（SNPs）取得に向いているとされる次世代シークエンシングに基づくDouble digest restriction-site associated DNA (ddRADseq)による解析を試みた。本年度は、まずティラピアを対象としたddRADseqのライブラリー作成プロトコール（特に、最適制限酵素の選択、制限酵素による反応温度と反応時間の最適条件の探索、PCR条件）の最適化を行った。その後、４系統の品種の養殖ティラピアとフィリピンの野生個体群から３個体ずつ選んで、各個体のddRADseqライブラリーを個体を認識するためのインデックス人工配列を付加した上で作成した。作成したライブラリーは次世代シーケンサーNovaseqで解析をして、各個体から十分な量のddRADseqデータを取得することができた。