クロマチンの運動性から捉える転写制御のゆらぎとがん細胞の悪性化

从染色质运动和癌细胞恶性转化了解转录控制的波动

• 批准号: 22K19465
• 负责人: 野澤 竜介
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: Japanese Foundation for Cancer Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-06-30 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K19465/
• 关键词: 転写; クロマチン; 超解像イメージング解析; がんのイニシエイション; 転写制御のゆらぎ; クロマチン構造

がん細胞では、ゲノム全体の転写レベルが変動していることが明らかとなっている。転写はプロモーターとエンハンサーとの動的な相互作用によって制御されることが明らかとなってきたが、クロマチンの動態を細胞内でとらえる技術が未だ限られているため、がん細胞において転写制御に関わるクロマチンの振る舞いがいかに変化しているのかについては未だよくわかっていない。そこで本研究では、転写制御クロマチンの動態を、超解像顕微鏡STORMを用いて1分子レベルで観測する技術を開発することを目的とした。令和4年度は、以下の2項目を進め、細胞核内の転写制御クロマチンの集合動態を定量的に解析する手法を確立した。1) プロモーターやエンハンサーといった転写制御クロマチンを構成するヒストンH2A.Zに着目した。細胞核内に局在するH2A.Z分子のXY座標情報をSTORMにより抽出し、Pair-correlation関数を導入することで、H2A.Zのクラスターのサイズやクラスター形成の頻度を評価することができた。また転写阻害処理や脱アセチル化酵素の阻害剤であるTSA処理によって、H2A.Zのクラスター形成の頻度が有意に減少することが見出された。2) ATAC-seqの原理を応用した、オープンクロマチン領域を可視化するATAC-seeとSTORM解析とを組み合わせた「ATAC-STORM法」を検討した。Tn5トランスポゼースと蛍光ラベルしたオリゴDNAを用いて、オープンクロマチンを標識し、1）と同様に、STORMを用いて標的の座標情報を抽出し、Pair-correlation関数によるクラスター解析を試みた。オープンクロマチンのクラスター形成もまた、H2A.Zの挙動と一致して、転写阻害処理やTSA処理により有意に減少した。

The cell is in the middle of the cell, and the cell is in the middle of the cell. The interaction between the writing and control systems is not limited to the cell, and the writing and control systems are not limited to the cell. This study aims to develop a new technology for measuring the dynamic and ultra-resolution characteristics of micro-mirror STORM. In 2004, the following two items were developed to determine the quantitative analysis method of nuclear control and aggregation dynamics 1)The structure of H2A.Z is very important. The XY coordinate information of H2A.Z molecules in the nucleus is extracted from STORM, and the Pair-correlation relationship is introduced. The frequency of formation of H2A.Z molecules is evaluated. The frequency of H2A.Z formation was intentionally reduced during TSA treatment due to the presence of inhibitors for both anti-inflammatory and anti-inflammatory enzymes 2)The principle of ATAC-SEQ is discussed in detail in the following sections: Tn5: The coordinate information of the target is extracted and analyzed according to the Pair-correlation relationship. In addition, the H2A.Z motion and consistency, the write resistance processing and the TSA processing are intentionally reduced.

项目成果

染色体分配を制御するAurora B反応の形成機構

控制染色体分离的Aurora B反应的形成机制

• 发表时间: 2022
• 作者: Boteva Lora;Nozawa Ryu-Suke;Naughton Catherine;Samejima Kumiko;Earnshaw William C.;Gilbert Nick;野澤竜介;野澤竜介
• 通讯作者: 野澤竜介

染色体分配を制御するAurora B集合体の形成機構

控制染色体分离的Aurora B聚集体的形成机制

• 发表时间: 2022
• 作者: Kitajima Shunsuke;Tani Tetsuo;Springer Benjamin F.;Campisi Marco;Osaki Tatsuya;Haratani Koji;Chen Minyue;Knelson Erik H.;Mahadevan Navin R.;Ritter Jessica;Yoshida Ryohei;Kohler Jens;Ogino Atsuko;Nozawa Ryu-Suke;他14名;野澤竜介;野澤竜介;野澤竜介;野澤竜介;野澤竜介;野澤竜介
• 通讯作者: 野澤竜介

染色体分配を保証するキナーゼ反応場

确保染色体分离的激酶反应场

• 发表时间: 2023
• 作者: Boteva Lora;Nozawa Ryu-Suke;Naughton Catherine;Samejima Kumiko;Earnshaw William C.;Gilbert Nick;野澤竜介
• 通讯作者: 野澤竜介

Aurora B microenvironment: biomolecular assembly ensuring accurate chromosome segregation

Aurora B 微环境：生物分子组装确保染色体精确分离

• 发表时间: 2022
• 作者: Kitajima Shunsuke;Tani Tetsuo;Springer Benjamin F.;Campisi Marco;Osaki Tatsuya;Haratani Koji;Chen Minyue;Knelson Erik H.;Mahadevan Navin R.;Ritter Jessica;Yoshida Ryohei;Kohler Jens;Ogino Atsuko;Nozawa Ryu-Suke;他14名;野澤竜介;野澤竜介;野澤竜介
• 通讯作者: 野澤竜介

MPS1 inhibition primes immunogenicity of KRAS-LKB1 mutant lung cancer.

• DOI: 10.1016/j.ccell.2022.08.015
• 发表时间: 2022-10-10
• 期刊: CANCER CELL
• 影响因子: 50.3
• 作者: Kitajima, Shunsuke;Tani, Tetsuo;Springer, Benjamin F.;Campisi, Marco;Osaki, Tatsuya;Haratani, Koji;Chen, Minyue;Knelson, Erik H.;Mahadevan, Navin R.;Ritter, Jessica;Yoshida, Ryohei;Kohler, Jens;Ogino, Atsuko;Nozawa, Ryu-Suke;Sundararaman, Shriram K.;Thai, Tran C.;Homme, Mizuki;Piel, Brandon;Kivlehan, Sophie;Obua, Bonje N.;Purcell, Connor;Yajima, Mamiko;Barbie, Thanh U.;Lizotte, Patrick H.;Janne, Pasi A.;Paweletz, Cloud P.;Gokhale, Prafulla C.;Barbie, David A.
• 通讯作者: Barbie, David A.