マルチオミックス解析を用いたヒトiPS細胞分化指向性制御機構の解明

利用多组学分析阐明人类 iPS 细胞分化倾向的控制机制

• 批准号: 22K12900
• 负责人: 黒田 拓也
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: National Institute of Health Sciences
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K12900/
• 关键词: ヒトiPS細胞; 分化指向性; マルチオミックス解析; iPS細胞

ヒトiPS細胞は分化多能性を持つため、様々な細胞に分化することが可能である。しかしながら、神経や心筋など各種分化細胞への分化しやすさ(分化指向性)は細胞株ごとに異なることが明らかになっている。これまでの研究において、核内タンパク質であるSALL3がGene body領域のDNAメチル化を調節することにより、複数の転写因子の発現を制御し、ヒトiPS細胞の分化指向性に非常に重要な機能を持つことを明らかにしている。本研究の目的は、これまで解明されていないSALL3によるプロモーター／エンハンサー領域における遺伝子発現制御機構を明らかにすることにより、ヒトiPS細胞の分化指向性の原因となるメカニズムを解明することである。WT株、SALL3 KO株の神経分化時（Day0, 3, 10）におけるTotal RNAを用いマイクロアレイ解析を行い、SALL3が関与する転写調節を網羅的・経時的に解析した。また、これまでにLC-MS/MS解析により、DNMT3Bとは異なるSALL3相互作用タンパク質を複数同定し、免疫沈降実験でのウエスタンブロットにより結合確認実験を行った。これらのタンパク質の中にはiPS細胞の神経分化に関与するタンパク質と考えられる物も含まれており、ヒトiPS細胞の分化指向性に非常に重要な機能を持つ可能性は高いと考えられる。これから神経分化時における経時的マイクロアレイ解析、ChIP-Seq解析、ATAC-seq解析等のマルチオミックス解析を進めていく。

The pluripotency of iPS cell differentiation is maintained and the differentiation of iPS cell is possible. The differentiation of various differentiated cells is different from that of cell lines. This study focuses on the regulation of DNA regulation in the Gene body domain by SALL3 in the nuclear domain, the regulation of the expression of multiple transcription factors, and the maintenance of important functions in the differentiation orientation of iPS cells. The purpose of this study is to clarify the mechanism of gene development and control in SALL3 and iPS cell differentiation orientation. Analysis of Total RNA in WT strain and SALL3 KO strain during neural differentiation (Days 0, 3, 10), analysis of SALL3 related to neural regulation during neural differentiation LC-MS/MS analysis, DNMT3B, SALL3 interaction, multiple identity, immunosedimentation, and binding confirmation This study suggests that there is a high probability that the substance involved in iPS cell differentiation is very important for iPS cell differentiation. The analysis of brain differentiation, ChIP-Seq analysis, ATAC-Seq analysis, etc.

项目成果

iPS細胞に感染できるC型肝炎ウイルス亜株の分離と性状解析

可感染 iPS 细胞的丙型肝炎病毒亚株的分离和表征

• 发表时间: 2023
• 作者: 黒田拓也，安田智，松山さと子，三浦巧;澤田留美，松山晃文，森岡勝樹;粕川雄也;山本由美子;川路 英哉，伊藤昌可，阿久津英憲，河合純，佐藤陽治;水上智晴，白砂圭崇，深澤秀輔，長瀬翔太朗，清水芳実，脇田隆字，鈴木哲朗，谷英樹，近藤昌夫，黒田拓也，安田智，佐藤陽治，花田賢太郎，深澤征義
• 通讯作者: 水上智晴，白砂圭崇，深澤秀輔，長瀬翔太朗，清水芳実，脇田隆字，鈴木哲朗，谷英樹，近藤昌夫，黒田拓也，安田智，佐藤陽治，花田賢太郎，深澤征義

単一細胞遺伝子発現解析による間葉系幹細胞の血管新生能予測バイオマーカーの探索

通过单细胞基因表达分析寻找预测间充质干细胞血管生成潜力的生物标志物

• 发表时间: 2023
• 作者: 三浦巧;河野掌;高野慈美;黒田拓也;山本由美子;草川森士;森岡勝樹;菅原亨;平井孝昌;安田智;澤田留美;松山さと子;川路英哉;粕川雄也;伊藤昌可;Jay W Shin;梅澤明弘;河合純;佐藤陽治
• 通讯作者: 佐藤陽治

ヒトiPS細胞における神経分化予測マーカーによる神経分化調節機構の解明

利用人 iPS 细胞神经分化预测标记物阐明神经分化调节机制

• 发表时间: 2023
• 作者: 黒田拓也，安田智，松山さと子，三浦巧;澤田留美，松山晃文，森岡勝樹;粕川雄也;山本由美子;川路 英哉，伊藤昌可，阿久津英憲，河合純，佐藤陽治
• 通讯作者: 川路 英哉，伊藤昌可，阿久津英憲，河合純，佐藤陽治

細胞加工製品の腫瘍形成リスクの合理的評価を目指して(1)

旨在合理评估细胞加工产品的致瘤风险（1）

• 发表时间: 2023
• 期刊: 再生医療
• 作者: 田中直子，阿部浩幸，荒木紀帆，石井匡，上野高嗣，黒田拓也，佐治大介，中村和靖，南保泰希，西田仁，坂東清子，藤田大樹;松浦哲也;三浦巧;三木健次;望月秀美;安田智;吉本将成;渡辺夏巳;佐藤陽治
• 通讯作者: 佐藤陽治

間葉系幹細胞の薬理効果に寄与するバイオマーカーの効率的な同定法の開発

开发有助于间充质干细胞药理作用的生物标志物的有效鉴定方法

• 发表时间: 2022
• 作者: 三浦巧;河野掌;高野慈美;黒田拓也;山本由美子;草川森士;森岡勝樹;菅原亨;平井孝昌;安田智;澤田留美;松山さと子;川路英哉;粕川雄也;伊藤昌可;Jay W Shin;梅澤明弘;河合純;佐藤陽治
• 通讯作者: 佐藤陽治