Spatial genomics single cell analysis of aging brains

衰老大脑的空间基因组学单细胞分析

基本信息

  • 批准号:
    10410511
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 86.81万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2019
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2019-09-30 至 2024-05-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Summary We recently demonstrated a method called seqFISH+ that profiles >10,000 genes in single cells in intact brain samples. seqFISH+ provides 10-fold or more improvement over existing methods in the number of mRNAs profiled and barcodes detected per cell, providing a method to generate spatial atlas of cell. In this project, we will apply seqFISH+ to the aging brain at P56, 9 month and 18 month of age for both males and females. We will use the seqFISH+ data to map out cell-to-cell signaling interactions and their effects on cell fate decisions directly in situ. With the genome coverage and spatial resolution of seqFISH+, it is now possible to perform discovery-driven studies independent of scRNA-seq, allowing the interrogation of molecular processes in the aging brain directly in situ. At the same time, we will develop the computational infrastructure to understand the transition between different developmental time points at the single cell level. This highly innovative and multidisciplinary approach will allow us to systematically generate a spatial atlas of the aging brain based on anatomy and molecular identities. These collaborative efforts will allow us to break technological barriers and develop an unprecedentedly comprehensive open resource for brain research.
摘要 我们最近演示了一种名为seqFISH+的方法,它可以在完整大脑的单个细胞中分析10,000个基因 样本。SeqFISH+在mRNAs数量上比现有方法提高了10倍或更多 每个单元检测到的轮廓和条形码,提供了一种生成单元空间图谱的方法。在这个项目中,我们 将seqFISH+应用于56岁、9个月和18个月龄的男性和女性老化的大脑。我们 将使用seqFISH+数据来绘制细胞间的信号相互作用及其对细胞命运决定的影响 直接就地。有了seqFISH+的基因组覆盖和空间分辨率,现在可以进行 发现驱动的研究独立于scRNA-seq,允许询问分子过程 直接在原位老化大脑。同时,我们将开发计算基础设施,以了解 在单细胞水平上不同发育时间点之间的过渡。这一极具创新性的 多学科方法将使我们能够系统地生成老化大脑的空间图谱,基于 解剖学和分子同一性。这些合作努力将使我们能够打破技术障碍, 开发空前全面的脑研究开放资源。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Long Cai其他文献

Long Cai的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Long Cai', 18)}}的其他基金

Single cell analysis of the kinome
激酶组的单细胞分析
  • 批准号:
    10704741
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
Single cell analysis of the kinome
激酶组的单细胞分析
  • 批准号:
    10487936
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
A regulome and transcriptome atlas of fetal and adult human neurogenesis
胎儿和成人神经发生的调节组和转录组图谱
  • 批准号:
    10377713
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
Dynamics of chromosome organization and chromatin states in single cells
单细胞染色体组织和染色质状态的动力学
  • 批准号:
    10661637
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
Dynamics of chromosome organization and chromatin states in single cells
单细胞染色体组织和染色质状态的动力学
  • 批准号:
    10266830
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
Dynamics of chromosome organization and chromatin states in single cells
单细胞染色体组织和染色质状态的动力学
  • 批准号:
    10456124
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
Spatial genomics single cell analysis of aging brains
衰老大脑的空间基因组学单细胞分析
  • 批准号:
    10196928
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
Spatial genomics single cell analysis of aging brains
衰老大脑的空间基因组学单细胞分析
  • 批准号:
    10020894
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
Spatial genomics single cell analysis of aging brains
衰老大脑的空间基因组学单细胞分析
  • 批准号:
    10618356
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
seqFISH core for in situ cell type identification
用于原位细胞类型鉴定的 seqFISH 核心
  • 批准号:
    10438690
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 86.81万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了