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Bayesian Estimation of Species Divergence Times Integrating Fossil and Molecular Information

整合化石和分子信息的物种分化时间的贝叶斯估计

基本信息

批准号：
BB/J009709/1
负责人：
Ziheng Yang
金额：
$ 44.94万
依托单位：
University College London
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2012
资助国家：
英国
起止时间：
2012 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FJ009709%2F1
关键词：
Bayesian Estimation Species Divergence Times

项目摘要

If our genes accumulate changes over time at a constant rate, the genetic distance between two species, measured by the number of changes accumulated, will be proportional to the time of species divergence. Thus molecules can serve as a clock, keeping time of species divergence by the accumulated changes. If fossil records or geological events can be used to assign an absolute geological time to a species divergence event on the phylogenetic tree, one can convert all calculated genetic distances into absolute geological times. This rationale for molecular clock dating has recently been extended to deal with local variation in evolutionary rate. Critical to molecular dating is the use of fossil information to calibrate the clock. In this project, we will develop statistical models and computer programs to analyze fossil and molecular data to accurately represent and incorporate the information in the fossil record in molecular dating analysis. The new methods will be applied to analyze datasets to estimate divergence times among mammals and to date viral transmission events.

如果我们的基因随着时间以恒定的速率积累变化，那么两个物种之间的遗传距离（以积累的变化数量来衡量）将与物种分歧的时间成正比。因此，分子可以作为一个时钟，通过累积的变化来保持物种分化的时间。如果化石记录或地质事件可以用来为系统发育树上的物种分歧事件分配绝对地质时间，那么可以将所有计算的遗传距离转换为绝对地质时间。分子钟测年的原理最近被扩展到处理进化速率的局部变化。分子测年的关键是使用化石信息来校准时钟。在这个项目中，我们将开发统计模型和计算机程序来分析化石和分子数据，以准确地表示和结合化石记录中的信息进行分子测年分析。这些新方法将用于分析数据集，以估计哺乳动物之间的分歧时间并确定病毒传播事件的日期。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Bayesian estimation of nonsynonymous/synonymous rate ratios for pairwise sequence comparisons.

DOI：
10.1093/molbev/msu142
发表时间：
2014-07
期刊：
Molecular biology and evolution
影响因子：
10.7
作者：
Angelis K;Dos Reis M;Yang Z
通讯作者：
Yang Z

The impact of the rate prior on Bayesian estimation of divergence times with multiple Loci.

先验率对多个基因座发散时间的贝叶斯估计的影响。

DOI：
10.1093/sysbio/syu020
发表时间：
2014-07
期刊：
Systematic biology
影响因子：
6.5
作者：
Dos Reis M;Zhu T;Yang Z
通讯作者：
Yang Z

Tectonic blocks and molecular clocks.

DOI：
10.1098/rstb.2016.0098
发表时间：
2016-07-19
期刊：
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
影响因子：
0
作者：
De Baets K;Antonelli A;Donoghue PC
通讯作者：
Donoghue PC

Uncertainty in the Timing of Origin of Animals and the Limits of Precision in Molecular Timescales.