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Adaptive QM/MM simulations

自适应 QM/MM 模拟

基本信息

批准号：
EP/J01298X/1
负责人：
Gabor Csanyi
金额：
$ 0.87万
依托单位：
University of Cambridge
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2011
资助国家：
英国
起止时间：
2011 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=EP%2FJ01298X%2F1
关键词：
Adaptive QM MM simulations

项目摘要

Increasing the size and complexity of atomistic systems in molecular simulationsis the driving force behind development of multi-scale techniques whichdescribe different regions of the system at different levels oftheory, e.g. using quantum mechanics (QM) where high accuracy is necessary and Molecular Mechanics (MM) where such a lower level of description is adequate, buttaking advantage of the high speed of MM models is essential due to the overall size of the system.Chemical processes such as reactant transport, diffusion,membrane transport, ionic conductance, corrosive fracture of materialsor solvated chemical reactions, when modelled using such a QM/MM approachall require reassignment of the QM and MM regions during the course of thesimulation. There is a unique opportunity to bring together threeparticipants, each of whom are in possession of an essentialcomponent, to implement and widely disseminate a novel software tool.

在分子模拟中增加原子系统的尺寸和复杂性是多尺度技术发展的驱动力，多尺度技术在不同的理论水平上描述系统的不同区域，例如使用量子力学（QM），其中需要高精度，而使用分子力学（MM），其中这种较低水平的描述是足够的。但由于系统的整体尺寸，利用MM模型的高速是必要的。化学过程，如反应物传输，扩散，膜传输，离子电导，材料的腐蚀断裂或溶剂化化学反应，当使用这种QM/MM方法建模时，在仿真过程中，所有这些都需要重新分配QM和MM区域。这是一个独特的机会，将三个参与者聚集在一起，每个人都拥有一个重要的组成部分，以实施和广泛传播一个新的软件工具。

项目成果

期刊论文数量（2）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Tests of an adaptive QM/MM calculation on free energy profiles of chemical reactions in solution.

对溶液中化学反应自由能曲线的自适应 QM/MM 计算进行测试。

DOI：
10.1021/jp405974b
发表时间：
2013
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
0
作者：
Várnai C
通讯作者：
Várnai C

The adaptive buffered force QM/MM method in the CP2K and AMBER software packages.

CP2K 和 AMBER 软件包中的自适应缓冲力 QM/MM 方法。

DOI：
10.1002/jcc.23839
发表时间：
2015
期刊：
Journal of computational chemistry
影响因子：
3
作者：
Mones L
通讯作者：
Mones L

DOI：
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作者：
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作者：
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作者：
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作者：
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Gabor Csanyi其他文献

A practical guide to machine learning interatomic potentials – Status and future

机器学习原子间势的实用指南——现状与未来

DOI：
10.1016/j.cossms.2025.101214
发表时间：
2025-03-01
期刊：
CURRENT OPINION IN SOLID STATE & MATERIALS SCIENCE
影响因子：
13.400
作者：
Ryan Jacobs;Dane Morgan;Siamak Attarian;Jun Meng;Chen Shen;Zhenghao Wu;Clare Yijia Xie;Julia H. Yang;Nongnuch Artrith;Ben Blaiszik;Gerbrand Ceder;Kamal Choudhary;Gabor Csanyi;Ekin Dogus Cubuk;Bowen Deng;Ralf Drautz;Xiang Fu;Jonathan Godwin;Vasant Honavar;Olexandr Isayev;Brandon M. Wood
通讯作者：
Brandon M. Wood

NoxA1ds: a Novel and Specific Inhibitor of NADPH Oxidase Isoform 1 (Nox1)

DOI：
10.1016/j.freeradbiomed.2011.10.464
发表时间：
2011-11-01
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Daniel Ranayhossaini;Andres Rodriguez;Gabor Csanyi;Patrick Pagano
通讯作者：
Patrick Pagano

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DOI：
10.1016/j.freeradbiomed.2011.10.092
发表时间：
2011-11-01
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Gabor Csanyi;Eric E. Kelley;Jeffrey S. Isenberg;Patrick J. Pagano
通讯作者：
Patrick J. Pagano

Thrombospondin-1 and Oxidative Stress-Mediated Vascular Dysfunction

DOI：
10.1016/j.freeradbiomed.2010.10.019
发表时间：
2010-01-01
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Gabor Csanyi;Mingyi Yao;Imad Al Ghouleh;Jeff S. Isenberg;Patrick J. Pagano
通讯作者：
Patrick J. Pagano

Pathophysiological Concentrations of H2O2 Induce NADPH Oxidase 1 (Nox1)- and Apoptosis Signal Regulating Kinase 1 (Ask1)- Dependent Smooth Muscle Hypertrophy

DOI：
10.1016/j.freeradbiomed.2011.10.085
发表时间：
2011-11-01
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Imad Al Ghouleh;Giovanna Frazziano;Gabor Csanyi;Eric E. Kelley;Loreto a Egana;Andres I. Rodriguez;Gyun Jee Song;Alessandro Bisello;Patrick J. Pagano
通讯作者：
Patrick J. Pagano