ENZYMATIC EXCISION AND REPAIR MECHANISMS
酶促切除和修复机制
基本信息
- 批准号:3484428
- 负责人:
- 金额:$ 28.22万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:1978
- 资助国家:美国
- 起止时间:1978-09-01 至 1994-08-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:DNA binding protein DNA repair Escherichia coli adenosinetriphosphatase bacterial DNA bacterial genetics bacterial proteins chemical binding chemical structure function conformation endonuclease enzyme mechanism exoribonucleases gene deletion mutation genetic manipulation genetic mapping genetic regulation immunoelectroadsorption nucleic acid sequence nucleoproteins oligonucleotides peptidases protein engineering protein sequence tissue /cell culture zinc
项目摘要
The Escherichia coli uvr ABC system catalyzes the incision of damaged
DNA. Having available reagent quantities of homogeneous UurB and UvrC
proteins permits a detailed examination of the individual partial
reactions leading to the dual incision stage of nucleotide excision
repair. The pre-incision steps can be subdivided into a number of
partial reactions which include: (a) UvrA dimerization stimulated by ATP
binding, (b) UvrA-nucleoprotein formation at both damaged and undamaged
sites, (c) the accompanying topological unwinding stimulated by ATP
binding, (d) the participation of the UvrB cryptic ATPase in the UvrAB
catalyzed strand displacement reaction and finally (e) dual incision
catalyzed by the presence of UvrC. The incision mechanisms precede the
multi-nucleoprotein complex requiring coordinated excision reactions
catalyzed by UvrD, DNA polymerase I and polynucleotide ligase.
In the principal direction for the proposed studies we will attempt to
associate the anatomy, or structure of the respective uvr A and B genes
to the catalytic and protein properties of the related gene product
proteins. The focal points and role of ATP in the individual processes
will also be addressed. The protein sequences, or domains, of interest
include putative ATP binding regions, sites sensitive to a protease
specific for the Ada protein of E. coli potential DNA binding sites and
to a limited extent the "zinc finger"-like sites. These sites will be
engineered by oligonucleotide-directed and deletion mutants, the
individual clones sequenced and over-expressed in suitable expression
vectors and the catalytic and protein properties of the mutant and "wild
type" proteins examined for their enzymatic phenotypes in the respective
pre-, post- and incision steps.
The biological role and biochemical nature of UvrB proteolysis in
regulation of repair will be further investigated by genetic, structural
and catalytic methods.
大肠杆菌 uvr ABC 系统催化受损切口
脱氧核糖核酸。 具有可用试剂量的同质 UurB 和 UvrC
蛋白质允许对各个部分进行详细检查
导致核苷酸切除双切口阶段的反应
维修。 预切开步骤可以细分为多个
部分反应包括: (a) ATP 刺激的 UvrA 二聚化
结合,(b) 受损和未受损处的 UvrA 核蛋白形成
位点,(c) ATP 刺激的伴随拓扑展开
结合,(d) UvrB 隐性 ATP 酶参与 UvrAB
催化链置换反应和最后(e)双切口
由 UvrC 的存在催化。 切口机制先于
需要协调切除反应的多核蛋白复合物
由 UvrD、DNA 聚合酶 I 和多核苷酸连接酶催化。
在拟议研究的主要方向中,我们将尝试
关联相应 uvr A 和 B 基因的解剖学或结构
相关基因产物的催化和蛋白质特性
蛋白质。 ATP 在各个过程中的焦点和作用
也将得到解决。 感兴趣的蛋白质序列或结构域
包括假定的 ATP 结合区域、对蛋白酶敏感的位点
特异于大肠杆菌潜在 DNA 结合位点的 Ada 蛋白,
在有限程度上“锌指”样位点。 这些网站将
通过寡核苷酸定向和缺失突变体设计,
对各个克隆进行测序并以适当的表达方式进行过表达
载体以及突变体和“野生型”的催化和蛋白质特性
类型”蛋白质在各自的酶促表型检查
切开前、切开后和切口步骤。
UvrB蛋白水解的生物学作用和生化性质
修复的调节将通过遗传、结构进一步研究
和催化方法。
项目成果
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