Using antibody next generation sequencing to aid antibody engineering

使用抗体下一代测序来辅助抗体工程

基本信息

  • 批准号:
    1801486
  • 负责人:
  • 金额:
    --
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    英国
  • 项目类别:
    Studentship
  • 财政年份:
    2016
  • 资助国家:
    英国
  • 起止时间:
    2016 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

"Antibodies are proteins produced by immune systems of jawed vertebrates that recognize and eliminate pathogenic molecules from the organism. Their binding malleability arises as a result of their great diversity. The estimated total unique human antibody repertoire diversity lies in the range of 1011. The advent of Next Generation Sequencing (NGS) has made it possible to produce snapshots of this diversity. Here we describe our work with a large NGS dataset provided by UCB Pharma comprising 13.5m heavy and light chains from ~500 individuals. By studying this dataset we aim to establish a set of descriptors that will allow us to formally interrogate the properties of within and across species immune repertoires. Furthermore, UCB Pharma have comprehensive NGS datasets across a number of species, including human, mouse, llama and rabbit. Deeper understanding of inter-species antibody ontogeny would highlight commonalities and differences. Such insight can lead to a definition of what construes a 'human' antibody and better understanding of the mechanics of antibody maturation. Thorough analysis of antibody repertoires can shed light on immune system maturation paving the way for improved vaccine design and drug discovery. Mapping of NGS datasets of immunized subjects to the antibody structure space will interrogate cascades of the antibody ontogeny process and aid to create an antibody maturation model.BBSRC priorities: Bioscience for Health, Data driven biology, New therapeutic approaches to industrial biotechnology, Systems approaches to the bioscienc"BfH, WCUB, ENWW
抗体是由有颌脊椎动物的免疫系统产生的蛋白质,它能识别并消除生物体中的致病分子。它们的结合延展性是由于它们的巨大多样性而产生的。估计的人类独特抗体库多样性在1011的范围内。下一代测序技术(NGS)的出现使得对这种多样性进行快照成为可能。在这里,我们用UCB Pharma提供的大型NGS数据集描述了我们的工作,该数据集包括来自约500个人的1350万条重链和轻链。通过研究这个数据集,我们的目标是建立一套描述符,使我们能够正式询问物种内部和跨物种免疫库的特性。此外,UCB Pharma拥有包括人类、小鼠、美洲驼和兔子在内的许多物种的综合NGS数据集。对种间抗体个体发生机制的深入了解,将突出其共性和差异性。这种见解可以导致对“人类”抗体的定义,并更好地理解抗体成熟的机制。对抗体谱的深入分析可以揭示免疫系统的成熟,为改进疫苗设计和药物发现铺平道路。将免疫受试者的NGS数据集映射到抗体结构空间将询问抗体个体发生过程的级联,并有助于创建抗体成熟模型。BBSRC的重点:健康生物科学,数据驱动生物学,工业生物技术的新治疗方法,生物科学的系统方法

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Structurally Mapping Antibody Repertoires.
  • DOI:
    10.3389/fimmu.2018.01698
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
    7.3
  • 作者:
    Krawczyk K;Kelm S;Kovaltsuk A;Galson JD;Kelly D;Trück J;Regep C;Leem J;Wong WK;Nowak J;Snowden J;Wright M;Starkie L;Scott-Tucker A;Shi J;Deane CM
  • 通讯作者:
    Deane CM
How B-Cell Receptor Repertoire Sequencing Can Be Enriched with Structural Antibody Data.
  • DOI:
    10.3389/fimmu.2017.01753
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
  • 影响因子:
    7.3
  • 作者:
    Kovaltsuk A;Krawczyk K;Galson JD;Kelly DF;Deane CM;Trück J
  • 通讯作者:
    Trück J
Filtering Next-Generation Sequencing of the Ig Gene Repertoire Data Using Antibody Structural Information.
使用抗体结构信息过滤Ig基因库数据的下一代测序。
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其他文献

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  • 作者:
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知道了