NMR Studies of Ku70 and Ku80 Domains

Ku70 和 Ku80 结构域的 NMR 研究

基本信息

  • 批准号:
    6368902
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 35.21万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2001
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2001-09-12 至 2006-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

DESCRIPTION (provided by applicant): Protein-DNA recognition is central to many biological processes. This interaction can be classified into two major types: sequence-specific and structure-specific. DNA-repair proteins generally do not recognize specific DNA sequences but search for unusual DNA structures which require repair. In addition, the DNA repair process often requires the concerted actions of several proteins. Our understanding of the structural biology of DNA-repair process is still in its infancy. A number of major DNA repair pathways have not been characterized at the molecular level. The mechanism of structure-specific DNA recognition as well as the interactions between proteins in the repair complex is not well understood. In this proposal, we plan to characterize the major pathway for double-strand DNA breaks repair. Double-strand DNA breaks are caused by ionizing radiation, V (D) J recombination and physiological oxidation reactions, and proper repair is important to maintain genomic stability. The proteins that are central to the major pathway of double-strand-break repair process are Ku70 (69.8 kD) and Ku80 (82.7 kD). These two proteins form a tight complex, bind to broken DNA ends and recruit other proteins, including a DNA-dependent protein kinase and a DNA-ligase to form the DNA repair machinery. Previous studies suggest that the Ku proteins contain structurally and functionally independent domains. We will analyze the structures of Ku domains and study the mechanism of the interactions between these domains, and their interactions with DNA and other proteins in the DNA-repair machinery using a combination of nuclear magnetic resonance (NMR) and molecular biological approaches. These studies will provide an understanding, at the molecular level, of the assembly of the proteins at DNA double strand break sites. This information is necessary to improve our knowledge of the molecular mechanism of the Ku-mediated DNA double-strand break repair pathway. This study should also improve our understanding of the structural biology of DNA repair in general.
描述(由申请人提供):蛋白质-DNA 识别对于许多人来说至关重要 生物过程。这种交互可以分为两种主要类型: 序列特异性和结构特异性。 DNA 修复蛋白通常不会 识别特定的 DNA 序列,但寻找不寻常的 DNA 结构 需要维修。此外,DNA修复过程通常需要 几种蛋白质的协同作用。我们对结构的理解 DNA 修复过程的生物学仍处于起步阶段。一些主要的DNA 修复途径尚未在分子水平上得到表征。这 结构特异性DNA识别机制及其相互作用 修复复合物中蛋白质之间的关系尚不清楚。 在本提案中,我们计划描述双链的主要途径 DNA断裂修复。双链 DNA 断裂是由电离辐射 V 引起的 (D) J重组和生理氧化反应,以及适当的修复 对于维持基因组稳定性很重要。蛋白质是细胞的核心 双链断裂修复过程的主要途径是 Ku70 (69.8 kD) 和 Ku80 (82.7 kD)。这两种蛋白质形成紧密的复合物,与断裂的 DNA 末端结合并 招募其他蛋白质,包括 DNA 依赖性蛋白激酶和 DNA 连接酶形成 DNA 修复机制。先前的研究表明 Ku 蛋白包含结构和功能独立的结构域。我们将 分析Ku域的结构并研究其机制 这些结构域之间的相互作用,以及它们与 DNA 和其他结构域的相互作用 DNA 修复机制中的蛋白质使用核磁组合 共振(NMR)和分子生物学方法。这些研究将提供 在分子水平上了解蛋白质的组装 DNA 双链断裂位点。这些信息对于改进我们的服务是必要的 了解 Ku 介导的 DNA 双链断裂的分子机制 修复途径。这项研究还应该加深我们对 DNA 修复的一般结构生物学。

项目成果

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