Proteogenomics Platforms Establishing Personalized and Precision Neoantigen Therapeutics in Cancer

蛋白质基因组学平台在癌症中建立个性化和精准的新抗原治疗

基本信息

  • 批准号:
    2106100
  • 负责人:
  • 金额:
    --
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    英国
  • 项目类别:
    Studentship
  • 财政年份:
    2018
  • 资助国家:
    英国
  • 起止时间:
    2018 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

The project aims to establish proteogenomics platforms to discover new sources of cancer neoantigens.One of the study models will be T-cell lymphoma which is considered of high unmet clinical need andwhich is of high priority focus in developed countries. Comparing the proteogenomic data of cancerand normal samples will produce a rich source of mutant antigenic material, since several recurrentgenetic abnormalities have been discovered in such lymphomas.The first stage of the project will be to use current bioinformatics software to define mutated genes,mutant mRNA, RNA editing events, intron-translation, and chromosomal fusions from nextgeneration DNA and RNA sequencing to create a mutant protein reference database that is patientspecific; and this reference database would be a tool for identifying mutated MHC class I peptidesusing mass spectrometry. Next step will includedeveloping cell and tissue models to measure the dominating neoantigen source in human cancers. Mass spectrometric assays will measure the extent to which all sources of neopeptides are derived from tumour cells.Last stage of the project will focus on developing vaccine models. Applying the above platform to invitro models, gives the basis to identification of cytotoxic T-cell clones from patients and testing forT-cell killing of the lymphoma populations in vitro in combination with sets of mutant peptidevaccines.The key question would be whether inhibition of RNA splicing, or non-sense RNA decay increasesMHC Class I -mutated antigen presentation but also sensitize to existing T-cells isolated frompatients.
该项目旨在建立蛋白质组学平台,以发现癌症新抗原的新来源。其中一个研究模型将是T细胞淋巴瘤,该模型被认为是高度未满足的临床需求,在发达国家是高度优先关注的焦点。比较癌症和正常样本的蛋白基因组数据将产生丰富的突变抗原材料来源,因为在这类淋巴瘤中已经发现了几种复发性遗传异常。该项目的第一阶段将是使用当前的生物信息学软件来定义突变基因,突变mRNA,RNA编辑事件,内含子翻译,以及来自下一代DNA和RNA测序的染色体融合,以创建患者特异性的突变蛋白质参考数据库;这个参考数据库将是一个利用质谱鉴定突变的MHC I类肽的工具。下一步将包括开发细胞和组织模型来测量人类癌症中的主要新抗原来源。质谱分析将测量所有新肽来源于肿瘤细胞的程度。该项目的最后阶段将集中于开发疫苗模型。将上述平台应用于体外模型,为从患者中鉴定细胞毒性T细胞克隆和测试与突变肽疫苗组合在体外对淋巴瘤群体的T细胞杀伤提供了基础。关键问题是RNA剪接或无义RNA衰变的抑制是否增加了MHC I类突变抗原呈递,但也对从患者中分离的现有T细胞敏感。

项目成果

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