Gene Regulation E. coli Database Integrated Modeling

基因调控大肠杆菌数据库集成建模

基本信息

  • 批准号:
    7526482
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 40.8万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2004
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2004-08-01 至 2012-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

DESCRIPTION (provided by applicant): The Center for Genomic Sciences of the National Autonomous University of Mexico (UNAM) in Cuernavaca and a group of collaborators propose to further develop and enrich the RegulonDB database. RegulonDB contains the largest electronically-available regulatory network of any living organism, that of Escherichia coli K-12. In the project we will expand the design, implement computational and conceptual models, and generate annotations derived from original literature of the different components of the regulatory network. We will experimentally map promoters and transcription units under different conditions. This project expands a previous grant supporting RegulonDB. High quality manual curation is to be enriched beyond transcription initiation to include signal-transduction connecting sensing with regulation, as well as with natural language text processing tools. We propose to continue an exhaustive experimental mapping of all possible transcription initiation sites in the genome and to perform an exhaustive experimental identification of transcription units in different conditions. The core of RegulonDB (literature-based network and the graphic and browsing tools) will be linked and made accessible, as optional user selections, with high-throughput available experiments (microarrays and ChIP- chip) both as raw and pre-analyzed data, as well as with collections of computational predictions of all network elements (transcription factors, promoters, binding sites, operons, regulatory interactions). This will be based on track representations and compliant with international consortia normalized pathway exchange formats. The openness of RegulonDB data and internal structure will expand considerably, enhancing as well its availability to tools for analysis and representation. PUBLIC HEALTH RELEVANCE: RegulonDB is a gold standard both in its conceptual and computational design, as well as in the amount and quality of data gathered on the largest and best characterized regulatory network of a single organism. The improvements and expansion of RegulonDB may accelerate research in other bacterial models, including pathogens. RegulonDB has served as a benchmark for a variety of computational predictive tools for components of the network. Furthermore, E.coli is at the forefront in systems biology as a proof-of-concept biological model to develop new methodologies in bioinformatics, representation and simulation, to overcome challenges in order to model and understand the functioning of a whole cell.
描述(由申请人提供):位于库埃纳瓦卡的墨西哥国立自治大学(UNAM)基因组科学中心和一组合作者提议进一步开发和丰富RegulonDB数据库。RegulonDB包含所有活着的有机体中最大的电子可用调控网络,即大肠杆菌K-12。在该项目中,我们将扩展设计,实施计算和概念模型,并从监管网络的不同组件的原始文献中生成注释。我们将在不同的条件下对启动子和转录单位进行实验定位。该项目扩展了之前支持RegulonDB的拨款。高质量的人工管理将超越转录启动,包括连接感知和调节的信号转导,以及自然语言文本处理工具。我们建议继续对基因组中所有可能的转录起始点进行详尽的实验定位,并对不同条件下的转录单位进行详尽的实验鉴定。RegulonDB的核心(基于文献的网络和图形和浏览工具)将与高通量可用实验(微阵列和芯片)作为原始数据和预先分析的数据以及所有网络元素(转录因子、启动子、结合位点、操纵子、调控相互作用)的计算预测集合相联系,并作为用户的可选选择而使其可访问。这将以轨道表示为基础,并符合国际财团标准化的路径交换格式。RegulonDB数据和内部结构的开放性将大大扩大,并增强其分析和表示工具的可用性。公共卫生相关性:RegulonDB在其概念和计算设计方面,以及在单个生物体的最大和最具特征的监管网络上收集的数据的数量和质量方面都是黄金标准。RegulonDB的改进和扩展可能会加速其他细菌模型的研究,包括病原体。RegulonDB已成为网络组件的各种计算预测工具的基准。此外,作为一种概念验证生物学模型,E.Coli在系统生物学中处于领先地位,以开发生物信息学、表示和模拟方面的新方法,克服挑战,以便对整个细胞的功能进行建模和理解。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Julio Collado-Vides其他文献

Julio Collado-Vides的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Julio Collado-Vides', 18)}}的其他基金

A Comprehensive Resource for Escherichia coli Genomic Data and Tools
大肠杆菌基因组数据和工具的综合资源
  • 批准号:
    10359688
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
A Comprehensive Resource for Escherichia coli Genomic Data and Tools
大肠杆菌基因组数据和工具的综合资源
  • 批准号:
    9765504
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
HIGH THROUGHPUT LITERATURE CURATION OF GENETIC REGULATION IN BACTERIAL MODELS
细菌模型中遗传调控的高通量文献整理
  • 批准号:
    9193091
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
Gene Regulation: E.coli Database Integrated Modeling
基因调控:大肠杆菌数据库集成建模
  • 批准号:
    7271901
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
Gene Regulation: E.coli Database Integrated Modeling
基因调控:大肠杆菌数据库集成建模
  • 批准号:
    6811226
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
Gene Regulation E.coli Database Integrated Modeling
基因调控大肠杆菌数据库集成建模
  • 批准号:
    6926088
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
Gene Regulation E. coli Database Integrated Modeling
基因调控大肠杆菌数据库集成建模
  • 批准号:
    8127813
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
Gene Regulation E. coli Database Integrated Modeling
基因调控大肠杆菌数据库集成建模
  • 批准号:
    7683918
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
Gene Regulation E. coli Database Integrated Modeling
基因调控大肠杆菌数据库集成建模
  • 批准号:
    7924775
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
Gene Regulation E.coli Database Integrated Modeling
基因调控大肠杆菌数据库集成建模
  • 批准号:
    7107847
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:

相似国自然基金

层出镰刀菌氮代谢调控因子AreA 介导伏马菌素 FB1 生物合成的作用机理
  • 批准号:
    2021JJ40433
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    0.0 万元
  • 项目类别:
    省市级项目
寄主诱导梢腐病菌AreA和CYP51基因沉默增强甘蔗抗病性机制解析
  • 批准号:
    32001603
  • 批准年份:
    2020
  • 资助金额:
    24.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
AREA国际经济模型的移植.改进和应用
  • 批准号:
    18870435
  • 批准年份:
    1988
  • 资助金额:
    2.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似海外基金

Onboarding Rural Area Mathematics and Physical Science Scholars
农村地区数学和物理科学学者的入职
  • 批准号:
    2322614
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Point-scanning confocal with area detector
点扫描共焦与区域检测器
  • 批准号:
    534092360
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Major Research Instrumentation
TRACK-UK: Synthesized Census and Small Area Statistics for Transport and Energy
TRACK-UK:交通和能源综合人口普查和小区域统计
  • 批准号:
    ES/Z50290X/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Research Grant
Wide-area low-cost sustainable ocean temperature and velocity structure extraction using distributed fibre optic sensing within legacy seafloor cables
使用传统海底电缆中的分布式光纤传感进行广域低成本可持续海洋温度和速度结构提取
  • 批准号:
    NE/Y003365/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Research Grant
Collaborative Research: Scalable Manufacturing of Large-Area Thin Films of Metal-Organic Frameworks for Separations Applications
合作研究:用于分离应用的大面积金属有机框架薄膜的可扩展制造
  • 批准号:
    2326714
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Collaborative Research: Scalable Manufacturing of Large-Area Thin Films of Metal-Organic Frameworks for Separations Applications
合作研究:用于分离应用的大面积金属有机框架薄膜的可扩展制造
  • 批准号:
    2326713
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Unlicensed Low-Power Wide Area Networks for Location-based Services
用于基于位置的服务的免许可低功耗广域网
  • 批准号:
    24K20765
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
RAPID: Collaborative Research: Multifaceted Data Collection on the Aftermath of the March 26, 2024 Francis Scott Key Bridge Collapse in the DC-Maryland-Virginia Area
RAPID:协作研究:2024 年 3 月 26 日 DC-马里兰-弗吉尼亚地区 Francis Scott Key 大桥倒塌事故后果的多方面数据收集
  • 批准号:
    2427233
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Postdoctoral Fellowship: OPP-PRF: Tracking Long-Term Changes in Lake Area across the Arctic
博士后奖学金:OPP-PRF:追踪北极地区湖泊面积的长期变化
  • 批准号:
    2317873
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Standard Grant
RAPID: Collaborative Research: Multifaceted Data Collection on the Aftermath of the March 26, 2024 Francis Scott Key Bridge Collapse in the DC-Maryland-Virginia Area
RAPID:协作研究:2024 年 3 月 26 日 DC-马里兰-弗吉尼亚地区 Francis Scott Key 大桥倒塌事故后果的多方面数据收集
  • 批准号:
    2427232
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 40.8万
  • 项目类别:
    Standard Grant
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了