Defining the molecular basis of phylogenetic diversity in marine Synechococcus / a genomic approach
定义海洋聚球藻系统发育多样性的分子基础/基因组方法
基本信息
- 批准号:NE/D003385/1
- 负责人:
- 金额:$ 30.87万
- 依托单位:
- 依托单位国家:英国
- 项目类别:Research Grant
- 财政年份:2006
- 资助国家:英国
- 起止时间:2006 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
Photosynthesis in the oceans leads to the production of just under half of the oxygen in the atmosphere. In the nutrient-poor central regions of the oceans this production of oxygen is dominated by very small, single celled organisms, which are referred to as the photosynthetic picoplankton. Phycobilisome-containing unicellular cyanobacteria of the genus Synechococcus are a major component of this picoplankton fraction and have a ubiquitous distribution in oceanic waters responsible for around a quarter of the primary production in some regions. The genus is genetically diverse, demonstrating heterogeneity at the level of the 16S rDNA gene, which thus far has phylogenetically defined at least ten distinct lineages or clades. We have previously proposed that this phylogenetic heterogeneity underlies subtle differences in physiology that allow specific lineages to occupy distinct niches in the water column. This idea is consistent with recent molecular ecological work from my lab which has demonstrated distinct spatial distributions of these lineages in situ, which we suggest is akin to occupying specific niches. To more completely understand the molecular basis of this niche adaptation we propose here to undertake a genomic approach to identify what we hypothesise are the sets of genes that define the ecological 'distinctness' of these lineages. By coupling this work to extensive bioinformatic analysis of the sequenced genomes we aim to obtain a comprehensive picture of the mechanisms of genome evolution in this genus.
海洋中的光合作用产生了大气中不到一半的氧气。在海洋营养贫乏的中心区域,氧气的生产由非常小的单细胞生物主导,这些生物被称为光合微微型浮游生物。聚球藻属的含藻胆体的单细胞蓝细菌是这种微微型浮游生物部分的主要组成部分,并且在海洋沃茨中具有普遍的分布,在一些区域中负责大约四分之一的初级生产。该属是遗传多样性的,在16S rDNA基因的水平上表现出异质性,迄今为止已经在遗传学上定义了至少10个不同的谱系或分支。我们以前曾提出,这种系统发育异质性的基础上的微妙的生理差异,使特定的谱系占据不同的生态位在水柱。这一想法与我实验室最近的分子生态学工作是一致的,该工作已经证明了这些谱系在原位的不同空间分布,我们认为这类似于占据特定的生态位。为了更全面地了解这种生态位适应的分子基础,我们在这里建议采用基因组方法来识别我们假设的定义这些谱系生态“独特性”的基因组。通过将这项工作与测序基因组的广泛生物信息学分析相结合,我们的目标是全面了解该属基因组进化的机制。
项目成果
期刊论文数量(9)
专著数量(0)
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会议论文数量(0)
专利数量(0)
Diversity and evolution of phycobilisomes in marine Synechococcus spp.: a comparative genomics study.
- DOI:10.1186/gb-2007-8-12-r259
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:12.3
- 作者:Six C;Thomas JC;Garczarek L;Ostrowski M;Dufresne A;Blot N;Scanlan DJ;Partensky F
- 通讯作者:Partensky F
Global Phylogeography of Marine Synechococcus in Coastal Areas Reveals Strong Community Shifts.
- DOI:10.1128/msystems.00656-22
- 发表时间:2022-12-20
- 期刊:
- 影响因子:6.4
- 作者:
- 通讯作者:
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- DOI:10.3389/fmicb.2022.893413
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:5.2
- 作者:
- 通讯作者:
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- DOI:10.1128/aem.72.4.2730-2737.2006
- 发表时间:2006
- 期刊:
- 影响因子:4.4
- 作者:Jones H
- 通讯作者:Jones H
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