Boolean Analysis on RT-PCR data
RT-PCR 数据的布尔分析
基本信息
- 批准号:10799309
- 负责人:
- 金额:$ 22.5万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2020
- 资助国家:美国
- 起止时间:2020-06-01 至 2024-05-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:ALCAM geneAreaB-LymphocytesBioinformaticsBiological ProcessBladderCDX2 geneCell Differentiation processCellsClinicalColonComputer AnalysisDataData SetDevelopmentDevelopmental BiologyDiseaseEnterocytesEnteroendocrine CellEpitheliumFingersFundingFutureGastrointestinal DiseasesGene ExpressionGene Expression ProfileGene Expression ProfilingGenesGoalsGoblet CellsGuidelinesHumanIndividualInjuryKnowledgeLogicMathematicsMethodsMucous body substanceMusOrganoidsPatientsPlayPopulationPrognostic MarkerProstateRNARequest for ProposalsResearchReverse Transcriptase Polymerase Chain ReactionRoleSamplingStructureSystemSystems BiologyTimeTissue DifferentiationTissue SampleTissuesValidationWorkadult stem cellbasecell typecolonic cryptcrypt celldiagnostic biomarkerequipment acquisitionhuman diseasehuman tissueimprovedinsightmathematical modelnovelpreventrepairedself-renewalspatiotemporalstemstem cellstherapeutic targettool
项目摘要
Project Summary/Abstract
Colon crypt stem cells are characterized by their ability to self-renew, or divide and produce more stem cells, as
well as their ability to differentiate into various specialized cell types, such as absorptive cells, goblet cells, and
enteroendocrine cells, that make up the colon lining. Abnormalities in colon crypt stem cells can lead to the
development of many human gastrointestinal diseases. We have a new method that can predict differentiation
hierarchy using unbiased systems biology perspective and mathematical models of large patient-derived gene
expression datasets. We have mathematical models that can predict the terminally differentiated cells. The
mathematical principle we use is based on Boolean implication logic that has not been commonly applied to
study tissue cell populations. The Boolean analysis assigns a parameter (e.g. RNA level of a gene) with only two
values, i.e., high/low , 1/0, or positive/negative. The primary goal of this proposal is to use Boolean implication
relationships to decode the tissue organization of human colon. Based on our preliminary data the overall
hypothesis is that Boolean principles can be used to specifically characterize the population of cell types in
human colon tissue. In this proposal we are requesting availability of funds for a single equipment purchase of
Bio-Rad CFX Opus Real-time PCR System that will significantly improve gene expression analysis for validation.
These studies are expected to yield information about cell differentiation, diagnostic and prognostic biomarkers.
Consequently, they have the potential to impact current guidelines about how to treat and manage human
diseases and even help identify potential future therapeutic targets.
项目摘要/摘要
结肠隐窝干细胞的特征是能够自我更新,或分裂并产生更多干细胞,如
以及它们分化为各种特殊细胞类型的能力,如吸收细胞、杯状细胞和
肠内分泌细胞,构成结肠的内层。结肠隐窝干细胞的异常可能导致
人类的许多胃肠道疾病的发展。我们有一种新的方法可以预测分化
应用无偏系统生物学观点和大患者衍生基因的数学模型的层次结构
表达式数据集。我们有可以预测终末分化细胞的数学模型。这个
我们使用的数学原理是基于布尔蕴涵逻辑的,而布尔蕴涵逻辑并没有被普遍应用于
研究组织细胞群体。布尔分析只将一个参数(例如,基因的RNA水平)分配给两个参数
值,即高/低、1/0或正/负。该建议的主要目标是使用布尔隐含
破译人类结肠组织结构的关系。根据我们的初步数据,总体上
假设布尔原理可以用来具体描述细胞类型的群体。
人体结肠组织。在这份提案中,我们要求提供资金,用于购买
Bio-Rad CFX Opus实时聚合酶链式反应系统将显著提高基因表达分析的有效性。
这些研究有望提供有关细胞分化、诊断和预后生物标志物的信息。
因此,它们有可能影响目前关于如何治疗和管理人类的指南
此外,它还有助于确定未来潜在的治疗靶点。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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