Immune Monitoring and Analysis of Cancer at Stanford (IMACS)

斯坦福大学癌症免疫监测和分析 (IMACS)

• 批准号: 9456826
• 负责人: Sean Curtis Bendall
• 金额: $ 1256万
• 依托单位: STANFORD UNIVERSITY
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 2017-09-30 至 2023-06-30
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/9456826
• 关键词: Adaptive Immune System; Algorithms; Alpha Cell; Archives; Bioinformatics; Biological Assay; Cancer Control; Cells; Chromatin; Citrus; Clinical; Clinical Trials; Complex; Custom; Data; Data Files; Data Set; Databases; Development; Disease; Ensure; Epigenetic Process; Flow Cytometry; Genomics; Health; Human; Image; Immune; Immunologic Monitoring; Immunologics; Immunology procedure; Informatics; Longevity; Machine Learning; Malignant Neoplasms; Measures; Methods; Mining; Multiplexed Ion Beam Imaging; Nature; Network-based; Outcome; Phenotype; Population; Quality Control; Reporting; Research; Research Personnel; Sampling; Specimen; Standardization; Structure; Technology; Tissues; Work; cancer clinical trial; cytokine; design; experience; high dimensionality; image reconstruction; innovation; interest; new technology; next generation; novel; operation; predictive marker; programs; response; transcriptome sequencing; treatment response

IMMUNE MONITORING AND ANALYSIS OF CANCER AT STANFORD (IMACS)    Abstract  The  Center  for  Immune  Monitoring  and  Analysis  of  Cancer  at  Stanford  (IMACS)  will  perform  highly  comprehensive assays of immune phenotype and function for NCI-­identified clinical trials.  These will include  standardized  assays  already  developed  on  CyTOF,  high-­dimensional  flow  cytometry,  Luminex,  TCRseq,  and  RNAseq  platforms.    As  part  of  the  program  we  will  also  standardize  and  offer  as  assays  Stanford-­invented  technologies under development, including Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) and Assays of Transposon-­ Accessible Chromatin (ATAC-­seq).  We have designed our center structure to work with investigators to define  the assays best suited to the immunological questions being posed, and match these with the required sample  types.  We will perform quality control measures on all assays, as well as generate a standard report for each  assay  and  project.    Data  will  be  organized  via  our  online  database,  Stanford  Data  Miner,  to  ensure  data  longevity and transferability, as well as access to both raw data files and analyzed results.  Finally, we will work  with investigators on novel bioinformatics approaches to mining these high-­dimensional data sets.  These will  include  approaches  designed  for  a  single  data  type  (e.g.,  viSNE  and  Citrus  for  CyTOF  and  flow  cytometry  data), as well as approaches for integrating data across assays, using appropriate machine learning algorithms  to aid NCI researchers in identifying immune hallmarks central to their trials.    Relevance:  The IMACS center will provide access to a suite of state-­of-­the-­art immune assays, many of them  developed  or  refined  at  Stanford.    This  unmatched  set  of  technologies  will  facilitate  the  discovery  of  new  biomarkers  for  predicting  cancer  outcome  or  therapeutic  response,  as  well  as  defining  potential  new  mechanisms of immune control of cancer.

斯坦福癌症免疫监测和分析 (IMACS)    抽象的  斯坦福大学癌症免疫监测和分析中心 (IMACS) 将表现出色  针对 NCI 确定的临床试验的免疫表型和功能的综合分析。  这些将包括  已在 CyTOF、高维流式细胞术、Luminex、TCRseq 和  RNAseq 平台。    作为该计划的一部分，我们还将标准化并提供斯坦福大学发明的检测方法  正在开发的技术，包括多重离子束成像 (MIBI) 和转座子检测 - 可及染色质 (ATAC-seq)。  我们设计了我们的中心结构，以便与研究人员合作来定义  最适合所提出的免疫学问题的测定，并将其与所需的样品相匹配  类型。  我们将对所有检测执行质量控制措施，并为每个检测生成标准报告  分析和项目。    数据将通过我们的在线数据库斯坦福数据挖掘器进行组织，以确保数据  寿命和可转移性，以及对原始数据文件和分析结果的访问。  最后，我们将努力  与研究人员一起开发新的生物信息学方法来挖掘这些高维数据集。  这些将  包括为单一数据类型设计的方法（例如用于 CyTOF 和流式细胞术的 viSNE 和 Citrus）  数据），以及使用适当的机器学习算法在分析中整合数据的方法  帮助 NCI 研究人员识别其试验的核心免疫标志。    相关性：IMACS 中心将提供一套最先进的免疫测定方法，其中有许多方法  在斯坦福大学开发或完善。    这套无与伦比的技术将有助于发现新的  用于预测癌症结果或治疗反应以及定义潜在的新生物标志物  癌症的免疫控制机制。