PORTING AND TESTING THE DESMOND MOLECULAR DYNAMICS CODE
移植和测试 DEMOND 分子动力学代码
基本信息
- 批准号:8364288
- 负责人:
- 金额:$ 0.11万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2011
- 资助国家:美国
- 起止时间:2011-09-15 至 2013-07-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
This subproject is one of many research subprojects utilizing the resources
provided by a Center grant funded by NIH/NCRR. Primary support for the subproject
and the subproject's principal investigator may have been provided by other sources,
including other NIH sources. The Total Cost listed for the subproject likely
represents the estimated amount of Center infrastructure utilized by the subproject,
not direct funding provided by the NCRR grant to the subproject or subproject staff.
With our current Startup allocation we have completed the initial port of Desmond 2.2 to the Cray XT3 and Altix 4700 (Bigben and Pople) and made these available to users at the PSC. We now request a renewal of this Startup allocation to continue our efforts to develop Desmond on these platforms. The initial implementation of Desmond on the XT3 uses native MPI. We would now like to look at the possibility of creating an even more efficient implementation of Desmond on the low-level Portals network interface, as had been done with Infiniband networks. In addition, as users at PSC start using Desmond we anticipate that there will be some as yet undiscovered performance issues that will have to be addressed. Also, Desmond is under active development and will likely include improved or additional capabilities that we will want to provide to users of PSC resources.
该子项目是利用资源的众多研究子项目之一
由 NIH/NCRR 资助的中心拨款提供。子项目的主要支持
并且子项目的主要研究者可能是由其他来源提供的,
包括其他 NIH 来源。 子项目可能列出的总成本
代表子项目使用的中心基础设施的估计数量,
NCRR 赠款不直接向子项目或子项目工作人员提供资金。
通过当前的启动分配,我们已经完成了 Desmond 2.2 到 Cray XT3 和 Altix 4700(Bigben 和 Pople)的初始移植,并将其提供给 PSC 的用户。我们现在请求更新此启动分配,以继续努力在这些平台上开发 Desmond。 Desmond 在 XT3 上的初始实现使用本机 MPI。我们现在想看看是否有可能在低级 Portals 网络接口上创建更高效的 Desmond 实现,就像 Infiniband 网络所做的那样。此外,随着 PSC 的用户开始使用 Desmond,我们预计将存在一些尚未发现的性能问题需要解决。此外,Desmond 正在积极开发中,可能会包括我们希望向 PSC 资源用户提供的改进或附加功能。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
JOEL R. STILES其他文献
JOEL R. STILES的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('JOEL R. STILES', 18)}}的其他基金
PSCC : MCELL/DREAMM DEVELOPMENT FOR MICROPHYSIOLOGICAL SIMULATIONS
PSCC:微生理模拟的 MCELL/DREAMM 开发
- 批准号:
8364276 - 财政年份:2011
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
MONTE CARLO SIMULATION OF PRESYNAPTIC CALCIUM DYNAMICS AND NEUROTRANSMITTER REL
突触前钙动力学和神经递质相关性的蒙特卡罗模拟
- 批准号:
8364252 - 财政年份:2011
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
CORE 2006-2011: SCALABLE, INTERACTIVE MESH GENERATION AND ANNOTATION FOR SPATIA
CORE 2006-2011:可扩展、交互式网格生成和 Spatia 注释
- 批准号:
8364272 - 财政年份:2011
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
CORE 2006-2011: SCALABLE, INTERACTIVE MESH GENERATION AND ANNOTATION FOR SPATIA
CORE 2006-2011:可扩展、交互式网格生成和 Spatia 注释
- 批准号:
8171851 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
MONTE CARLO SIMULATION OF PRESYNAPTIC CALCIUM DYNAMICS AND NEUROTRANSMITTER REL
突触前钙动力学和神经递质相关性的蒙特卡罗模拟
- 批准号:
8171830 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
PORTING AND TESTING THE DESMOND MOLECULAR DYNAMICS CODE
移植和测试 DEMOND 分子动力学代码
- 批准号:
8171894 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
PSCC : MCELL/DREAMM DEVELOPMENT FOR MICROPHYSIOLOGICAL SIMULATIONS
PSCC:微生理模拟的 MCELL/DREAMM 开发
- 批准号:
8171855 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
相似海外基金
Systems Lipidomics tools and resources for biomedical research; LIPID MAPS.
用于生物医学研究的系统脂质组学工具和资源;
- 批准号:
MR/Y000064/1 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
Research Grant
The Common Fund Knowledge Center (CFKC): providing scientifically valid knowledge from the Common Fund Data Ecosystem to a diverse biomedical research community.
共同基金知识中心(CFKC):从共同基金数据生态系统向多元化的生物医学研究社区提供科学有效的知识。
- 批准号:
10851461 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
1st year MSc (Interdisciplinary Biomedical Research). The student will be assigned to a PhD project prior to the 2nd year of study.
第一年理学硕士(跨学科生物医学研究)。
- 批准号:
2881457 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
Studentship
1st year MSc (Interdisciplinary Biomedical Research). The student will be assigned to a PhD project prior to the 2nd year of study.
第一年理学硕士(跨学科生物医学研究)。
- 批准号:
2881508 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
Studentship
1st year MSc (Interdisciplinary Biomedical Research). The student will be assigned to a PhD project prior to the 2nd year of study.
第一年理学硕士(跨学科生物医学研究)。
- 批准号:
2883713 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
Studentship
Training Biomedical Research Teams for Rigor and Reproducibility in Data Science
培训生物医学研究团队以确保数据科学的严谨性和可重复性
- 批准号:
10723223 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
1st year MSc (Interdisciplinary Biomedical Research). The student will be assigned to a PhD project prior to the 2nd year of study.
第一年理学硕士(跨学科生物医学研究)。
- 批准号:
2881331 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
Studentship
1st year MSc (Interdisciplinary Biomedical Research). The student will be assigned to a PhD project prior to the 2nd year of study.
第一年理学硕士(跨学科生物医学研究)。
- 批准号:
2881518 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:
Studentship
Combining Separation, Digestion, and Ionization on a Mass Spectrometry Cartridge to Enable Biomedical Research on Proteoforms
在质谱柱上结合分离、消化和电离,以实现蛋白质形式的生物医学研究
- 批准号:
10637225 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.11万 - 项目类别:














{{item.name}}会员




