PORTING AND TESTING THE DESMOND MOLECULAR DYNAMICS CODE

移植和测试 DEMOND 分子动力学代码

基本信息

  • 批准号:
    8171894
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 0.11万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2010
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2010-08-01 至 2013-07-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

This subproject is one of many research subprojects utilizing the resources provided by a Center grant funded by NIH/NCRR. The subproject and investigator (PI) may have received primary funding from another NIH source, and thus could be represented in other CRISP entries. The institution listed is for the Center, which is not necessarily the institution for the investigator. With our current Startup allocation we have completed the initial port of Desmond 2.2 to the Cray XT3 and Altix 4700 (Bigben and Pople) and made these available to users at the PSC. We now request a renewal of this Startup allocation to continue our efforts to develop Desmond on these platforms. The initial implementation of Desmond on the XT3 uses native MPI. We would now like to look at the possibility of creating an even more efficient implementation of Desmond on the low-level Portals network interface, as had been done with Infiniband networks. In addition, as users at PSC start using Desmond we anticipate that there will be some as yet undiscovered performance issues that will have to be addressed. Also, Desmond is under active development and will likely include improved or additional capabilities that we will want to provide to users of PSC resources.
该子项目是利用该技术的众多研究子项目之一 资源由 NIH/NCRR 资助的中心拨款提供。子项目和 研究者 (PI) 可能已从 NIH 的另一个来源获得主要资金, 因此可以在其他 CRISP 条目中表示。列出的机构是 对于中心来说,它不一定是研究者的机构。 通过当前的启动分配,我们已经完成了 Desmond 2.2 到 Cray XT3 和 Altix 4700(Bigben 和 Pople)的初始移植,并将其提供给 PSC 的用户。我们现在请求更新此启动分配,以继续努力在这些平台上开发 Desmond。 Desmond 在 XT3 上的初始实现使用本机 MPI。我们现在想看看是否有可能在低级 Portals 网络接口上创建更高效​​的 Desmond 实现,就像 Infiniband 网络所做的那样。此外,随着 PSC 的用户开始使用 Desmond,我们预计将存在一些尚未发现的性能问题需要解决。此外,Desmond 正在积极开发中,可能会包括我们希望向 PSC 资源用户提供的改进或附加功能。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

JOEL R. STILES其他文献

JOEL R. STILES的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('JOEL R. STILES', 18)}}的其他基金

PSCC : MCELL/DREAMM DEVELOPMENT FOR MICROPHYSIOLOGICAL SIMULATIONS
PSCC:微生理模拟的 MCELL/DREAMM 开发
  • 批准号:
    8364276
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
MONTE CARLO SIMULATION OF PRESYNAPTIC CALCIUM DYNAMICS AND NEUROTRANSMITTER REL
突触前钙动力学和神经递质相关性的蒙特卡罗模拟
  • 批准号:
    8364252
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
COLLABORATION: PARALLELIZATION OF MCELL3
协作:MCELL3 的并行化
  • 批准号:
    8364277
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
CORE 2006-2011: SCALABLE, INTERACTIVE MESH GENERATION AND ANNOTATION FOR SPATIA
CORE 2006-2011:可扩展、交互式网格生成和 Spatia 注释
  • 批准号:
    8364272
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
PORTING AND TESTING THE DESMOND MOLECULAR DYNAMICS CODE
移植和测试 DEMOND 分子动力学代码
  • 批准号:
    8364288
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
COLLABORATION: PARALLELIZATION OF MCELL3
协作:MCELL3 的并行化
  • 批准号:
    8171856
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
CORE 2006-2011: SCALABLE, INTERACTIVE MESH GENERATION AND ANNOTATION FOR SPATIA
CORE 2006-2011:可扩展、交互式网格生成和 Spatia 注释
  • 批准号:
    8171851
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
TECH R&D CORE SUPPORT FOR AIDS RESEARCH
技术研发
  • 批准号:
    8171966
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
MONTE CARLO SIMULATION OF PRESYNAPTIC CALCIUM DYNAMICS AND NEUROTRANSMITTER REL
突触前钙动力学和神经递质相关性的蒙特卡罗模拟
  • 批准号:
    8171830
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
PSCC : MCELL/DREAMM DEVELOPMENT FOR MICROPHYSIOLOGICAL SIMULATIONS
PSCC:微生理模拟的 MCELL/DREAMM 开发
  • 批准号:
    8171855
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:

相似国自然基金

基于Big Code深度背景增强的Android应用代码反混淆研究
  • 批准号:
    61972290
  • 批准年份:
    2019
  • 资助金额:
    60.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于强自旋轨道耦合纳米线自旋量子比特的Surface code量子计算实验研究
  • 批准号:
    11574379
  • 批准年份:
    2015
  • 资助金额:
    73.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
提高网络存储可靠性- P2P文件Erasure Code机制研究
  • 批准号:
    60303002
  • 批准年份:
    2003
  • 资助金额:
    24.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
新一代乘积编码(Product Code)及解码方法的研究
  • 批准号:
    60372070
  • 批准年份:
    2003
  • 资助金额:
    22.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似海外基金

Attribution of Machine-generated Code for Accountability
机器生成代码的责任归属
  • 批准号:
    DP240102164
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Discovery Projects
CAREER: Rank Metric Codes from Drinfeld Modules and New Primitives in Code Based Cryptography
职业:对来自 Drinfeld 模块的度量代码和基于代码的密码学中的新原语进行排名
  • 批准号:
    2338424
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
EAGER/Collaborative Research: An LLM-Powered Framework for G-Code Comprehension and Retrieval
EAGER/协作研究:LLM 支持的 G 代码理解和检索框架
  • 批准号:
    2347624
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Standard Grant
EAGER/Collaborative Research: An LLM-Powered Framework for G-Code Comprehension and Retrieval
EAGER/协作研究:LLM 支持的 G 代码理解和检索框架
  • 批准号:
    2347623
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Standard Grant
CAREER: Decoding the Code of Glycan-Collectin Interactions: Computational Engineering of Surfactant Proteins for Tailored Glycan Recognition
职业:解码聚糖-收集素相互作用的密码:用于定制聚糖识别的表面活性剂蛋白的计算工程
  • 批准号:
    2338401
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
Collaborative Research: SHF: Medium: Toward Understandability and Interpretability for Neural Language Models of Source Code
合作研究:SHF:媒介:实现源代码神经语言模型的可理解性和可解释性
  • 批准号:
    2423813
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Standard Grant
EAGER: Proof-Carrying Code Completions
EAGER:携带证明的代码完成
  • 批准号:
    2403762
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Standard Grant
CAREER: Transforming Peer Code Review Environments for Code Learning and High-Quality Feedback
职业:转变同行代码审查环境以实现代码学习和高质量反馈
  • 批准号:
    2340389
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
NSF-NSERC: SaTC: CORE: Small: Managing Risks of AI-generated Code in the Software Supply Chain
NSF-NSERC:SaTC:核心:小型:管理软件供应链中人工智能生成代码的风险
  • 批准号:
    2341206
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Scalable Production of Precisely Engineered Proteins Using an Expanded Genetic Code
使用扩展的遗传密码大规模生产精确工程蛋白质
  • 批准号:
    BB/Y00812X/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 0.11万
  • 项目类别:
    Research Grant
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了